生物分子数据库

❶ NCBI是什么主要是做什么

NCBI (National Center for Biotechnology Information )是指美国国立生物技术信息中心。

理解自然无声但精妙的关于生命细胞的语言是现代分子生物学的要求。通过只有四个字母来代表DNA化学亚基的字母表，出现了生命过程的语法，其最复杂形式就是人类。

阐明和使用这些字母来组成新的"单词和短语"是分子生物学领域的中心焦点。数目巨大的分子数据和这些数据的隐秘而精细的模式使得计算机化的数据库和分析方法成为绝对的必须。挑战在于发现新的手段去处理这些数据的容量和复杂性，并且为研究人员提供更好的便利来获得分析和计算的工具，以便推动对我们遗传之物和其在健康和疾病中角色的理解。

基本研究

它的使命包括四项任务:

建立关于分子生物学，生物化学，和遗传学知识的存储和分析的自动系统。

实行关于用于分析生物学重要分子和复合物的结构和功能的基于计算机的信息处理的，先进方法的研究。

加速生物技术研究者和医药治疗人员对数据库和软件的使用。

全世界范围内的生物技术信息收集的合作努力。

NCBI通过下面的计划来实现它的四项目的:

NCBI有一个多学科的研究小组包括计算机科学家，分子生物学家，数学家，生物化学家，实验物理学家，和结构生物学家，集中于计算分子生物学的基本的和应用的研究。这些研究者不仅仅在基础科学上做出重要贡献，而且往往成为应用研究活动产生新方法的源泉。

他们一起用数学和计算的方法研究在分子水平上的基本的生物医学问题。

这些问题包括基因的组织，序列的分析，和结构的预测。目前研究计划的一些代表是:检测和分析基因组织，重复序列形式，蛋白domain和结构单元，建立人类基因组的基因图谱，HIV感染的动力学数学模型，数据库搜索中的序列错误影响的分析，开发新的数据库搜索和多重序列对齐算法，建立非冗余序列数据库，序列相似性的统计显着性评估的数学模型和文本检索的矢量模型。

另外，NCBI研究者还坚持推动与NIH内部其他研究所及许多科学院和政府的研究实验室的合作。

❷ 分子生物信息数据库的二次数据库

二次数据库种类繁多，以核酸数据库为基础构建的二次数据库有基因调控转录因子数据库TransFac，真核生物启动子数据库EPD，克隆载体数据库Vector，密码子使用表数据库CUTG等。以蛋白质序列数据库为基础构建的二次数据库有蛋白质功能位点数据库Prosite，蛋白质功能位点序列片段数据库Prints，同源蛋白家族数据库Pfam，同源蛋白结构域数据库Blocks。以具有特殊功能的蛋白为基础构建的二次数据库有免疫球蛋白数据库Kabat，蛋白激酶数据库PKinase等。以三维结构原子坐标为基础构建的数据库为结构分子生物学研究提供了有效的工具，如蛋白质二级结构构象参数数据库DSSP，已知空间结构的蛋白质家族数据库FSSP，已知空间结构的蛋白质及其同源蛋白数据库HSSP等。蛋白质回环分类数据库则是用于蛋白质结构、功能和分子设计研究的专门数据库。此外，酶、限制性内切酶、辐射杂交、氨基酸特性表、序列分析文献等，也属于二次数据库或专门数据库。 法国生物信息研究中心Infobiogen生物信息数据库目录DBCat搜集了主要400多个数据库的名称、内容、数据格式、联系地址、网址等详细信息，使用户对目前生物信息数据库有一个详尽的了解。

❸ 怎样从生物大分子数据库PDB批量下载pdb文件

点击download selected 后，应该是又出来一个网页，分成三部分：Structure Download，FASTA File Download，RCSB PDB File Download Services。你是你是想下载structure，你可以在Download Type处，选择PDB Format 就行了，然后再下载。
不知道对你有没有帮助。

❹ 分子生物信息数据库的分子生物信息数据库分类

基因组数据库来自基因组作图，序列数据库来自序列测定，结构数据库来自X-衍射和核磁共振结构测定。这些数据库是分子生物信息学的基本数据资源，通常称为基本数据库，初始数据库，也称一次数据库。根据生命科学不同研究领域的实际需要，对基因组图谱、核酸和蛋白质序列、蛋白质结构以及文献等数据进行分析、整理、归纳、注释，构建具有特殊生物学意义和专门用途的二次数据库，是数据库开发的有效途径。近年来，世界各国的生物学家和计算机科学家合作，已经开发了几百个二次数据库和复合数据库，也称专门数据库、专业数据库、专用数据库。

❺ 分子数据库的概述

本条目介绍一下全球免费让公众使用的化合物及药物分子数据库 ，对化学及药物研究特别有用。
（注意： 以下信息来自于美国MedKoo Biosciences， Inc。）
1.美国国家医学图书馆化学身份证（CHEMIDPLUS）数据库
该网页可检索药物化学结构，本网站可以用药物名称查找其化学结构. 此外,本数据库还可以查看毒性, 理化性质, 药品代码等。
2. 美国国家医学图书馆PUBCHEM数据库可检索药物化学结构
本数据库是美 国国家健康研究所（NIH）和美国国家医学图书馆（NLM)的大型药物分子库。NIH 是美国医学研究机构，下设27个机构和中心，也是美国健康与人类服务部的一个组成部分。它是一个重要的联邦机构，执行和支持基础、临床及可转化医学研究， 调查普通及罕见疾病的原因、治疗及治愈情况。PubChem数据库是美国国家卫生署分子库路线图计划的一个组成部分，是由NIH国家生物技术信心中心开发 的一个化学结构及分子生物活性综合数据库.
3。 美国国家癌症研究所（NCI）抗癌药药物词典
该数据收集了4000多条与癌症医学相关的术语和化合物性质。
4. 药物合成数据库（Drug SynthesisDatabase）
该数据是这个药物在线网推出的数据 库.本数据库提供近7000种已上市或在研药物的药物合成相关的信息，如药品名、结构式、化学名、CAS登记号、分子式、分子量、化学活性、开发阶段、研 究机构等。最大的优点是快速检索合成路线，并给出参考文献来源。
检索条件支持模糊查询，各输入条件间的检索关系为逻辑与（即AND关系）。检索条件选择其一即可查询。检索方法包括：
*药物名称：（注：包含通用名、商标名、研发代号、异名等）。如Loratadine、Cefpirome.
*化学名称：（注：包含CA命名、普通命名等）。
*CAS登记号：（注：美国化学文摘登记号）。
5. 有机合成方法数据库
Since 1921, OrganicSyntheses has provided the chemistry community with annual collections ofdetailed, reliable, and carefully checked proceres for the synthesis oforganic compounds. Some proceres describe practical methods for thepreparation of specific compounds of interest, while other proceresillustrate important synthetic methods with general utility. Each procere iswritten in considerably more detail as compared to typical experimentalproceres in other journals, and each reaction and all characterization datahas been carefully checked for reprocibility in the laboratory ofa member of the Board of Editors.
Organic Synthesesproceres may be accessed either via the tables of contents of indivialvolumes (journal mode) or by concting structure and keywordsearches (database mode). Specific in divial proceres can beaccessed via the table of contents for either the original annual volume orcollective volume in which the procere appeared. Database modeallows users to simultaneously search all volumes of Organic Syntheses bykeywords or by inputting structures and substructures. Structure searchingrequires the ChemDraw plugin which can be downloaded according to theinstructions found in the left margin. Articles from future volumes of OrganicSyntheses that are not yet incorporated in the searchable database can beaccessed on the Org Syn Express page.
6. 有机合成人名反应
该数据库是药物在线网推出的数据 库.TheOrganic Name Reactions (ONR) section is intended to serve the professionalchemist and student by describing organic chemical reactions which have come tobe recognized and referred to by name within the chemistry community. A selectgroup has been chosen for addition to this section. Each reaction descriptionis designed to be informative and representative of the pertinent literature;however, it is not meant to be comprehensive. The descriptions are composed ofthe following: (1) name(s) associated with the reaction, (2) the originaland/or primary contributor(s) connected with the discovery and/or developmentof the reaction, (3) a concise description of the transformation, (4) areaction scheme, (5) key references, and (6) cross references to other ONRbased on commonalities. The index included in this section also listssupplementary terms.
7. 有机合成反应库
该数据可是这个药物在线网推出的数据库.含有400多个有机合成人名反应。
8. 化学物质索引数据库（Chemical IndexDatabase）
该数据库是药物在线网推出的数据库。 本数据库为化学物质特性数据库，包含大量具药理活性及生物活性的物质性质信息数据。检索条件支持模糊查询，各输入条件间的检索关系为逻辑与（即AND关 系）。化学结构式为矢量格式图片，可利用系统自带图片预览工具或支持该格式的工具进行无损缩放查看。检索结果包括：（a) 索引信息：如物质名称、化学结构式图、化学文摘登记号(CAS)、CA名称、商标名、化学结构式、分子式、分子量、元素组成等。(b) 参考文献：提供公开物质理化性质、制备方法、分析方法、药理药效、临床研究等的重要期刊、专利、综述等极具参考价值的文献。(c) 物质特性：包括理化特性数据，如熔点、沸点、闪点、溶解性、多晶物质状态、光谱吸收特征数据、药物治疗分类等.
其检索的方法有：
*物质名称(英文名)：（包含化学名、通用名、商标名、异名等的全名或部分(大于3个字符)，如Ceftriaxone,Adefovir.）
*CA登记号(CAS Registry Number)：
*注:美国化学文摘登记号
*参考文献(Literature References)
*药理活性(Keywords)
*用途(Usages)
*治疗分类(Therapeutic Category)
*分子式(Molecular Formula)
*分子量(Molecular Weight)
*熔点(Melting Point)
*注:熔点值,以摄氏度为单位
*沸点(Boiling Point)
*注:沸点值,以摄氏度为单位
*解离常数(pKa)
*比旋度(Optical Rotation)
*油水分配系数(LogP)
*最大吸收值(Absorption Maximum)
*密度(Density)
*折光率(Index of Refraction)
*毒性数据(Toxicity)

❻ 生物学数据库都有哪些

分子生物学数据库大全：核酸数据库、基因表达数据库、蛋白数据库、糖数据库、专利数据库等国际顶尖数据库列表可以在生物帮那里找到的，我一般找资料，最新资讯都是到那里的，他们比较专业，权威，也比较全面，技术文档，视频，产品都蛮丰富的。年来大量生物学实验的数据积累，形成了当前数以百计的生物信息数据库。它们各自按一定的目标收集和整理生物学实验数据，并提供相关的数据查询、数据处理的服务。

❼ 分子生物信息数据库的DBCat

DBCat本身也是一个具有一定数据格式的数据库。DBCat按DNA、RNA、蛋白质、基因图谱、结构、文献等分类，其中大部分数据库是可以免费下载的公用数据库。 此外，国际上许多生物信息中心建有生物信息学和基因组信息资源网络导航系统其中美国Oak Ride国家实验室人类基因组信息资源导航系统和英国基因组图谱资源中心(Human Genome Mapping Resource Centere，简称HGMP)的GenomeWeb所列网址最为详尽，搜集了世界各地基因组中心、基因组数据库、基因组图谱、基因组实验材料、基因突变、遗传疾病、以及生物技术公司、实验规程、网络教程、用户手册等几百个网址。

❽ 2. NCBI包含哪些数据库如何检索到所要的信息

日本DNA数据库DDBJ、欧洲分子生物学实验室数据库EMBL以及其它几个知名科研机构
有Entrez、Entrez Programming Utilities、MyNCBI、PubMed、PubMed Central、EntrezGene、NCBI Taxonomy Browser、BLAST、BLAST Link (BLink)、ElectronicPCR等共计36种检索方法
国家生物技术信息中心(National Center for Biotechnology Information, 简称NCBI) 是美国国家医学图书馆(NLM)的一部分(该图书馆是美国国家卫生研究所的一部分).NCBI位于马里兰州的贝塞斯达， 建立于1988年· NCBI保管GenBank的基因测序数据和Medline的生物医学研究论文索引· 所有的这些数据库都可以通过Entrez搜索引擎在线访问·

❾ 什么是生物信息学中的二级数据库

一、生物信息学数据库的种类

分子生物信息数据库种类繁多。归纳起来，大体可以分为4个大类：

基因组数据库

核酸和蛋白质一级结构数据库

生物大分子(主要是蛋白质)三维空间结构数据库

由上述3类数据库和文献资料为基础构建的二级数据库

一级数据库（一次数据库） ：基因组数据库来自基因组作图，序列数据库来自序列测定，结构数据库来自X射线衍射和核磁共振等结构测定。这些数据库是分子生物学的基本数据资源，通常称为基本数据库、初始数据库，也称一次数据库。

二级数据库（二次数据库） ：是在一级数据库、实验数据、理论分析的基础上，衍生整理而得。它是根据生命科学不同研究领域的实际需要，对基因组图谱、核酸和蛋白质序列、蛋白质结构以及文献等数据进行分析、整理、归纳、注释，构建具有特殊生物学意义和专门用途的数据库。
一般说来，一级数据库的数据量大，更新速度快，用户面广，通常需要高性能的计算机服务器、大容量的磁盘空间和专门的数据库管理系统支撑。

二级数据库的容量则小得多，更新速度也不像一次数据库那样快，也可以不用大型商业数据库软件支持，这类针对不同问题开发的二次数据库的最大特点是使用方便，特别适用于计算机使用经验不太丰富的生物学家。

序列数据库是分子生物信息数据库中最基本的数据库，包括核酸和蛋白质两类，以核苷酸碱基顺序或氨基酸残基顺序为基本内容，并附有注释信息。

GenBank：由美国国家生物技术信息中心(National Center for Biotechnology Information, NCBI)建立(1979-1982)。该中心隶属于美国国家医学图书馆，位于美国家卫生研究院(NIH)内。

EMBL：由欧洲分子生物学实验室(European Molecular Biology Laboratory, 其下有European Bioinformatics Centre)建立（1982），主要位于英国剑桥Cambridge和德国汉堡Hamburg。

DDBJ：日本DNA数据库(DNA Data Bank of Japan）。由the National Institute of Genetics建立（1984-1987）, NIG主管。

二级数据库的形式：大多以web界面为基础，具有文字信息、表格、图形、图表等方式显示数据库内容。

一级数据库与二级数据库之间并无明确的界限。（例如：GDB、AceDB、SCOP、CATH等都已经具有二级数据库的特色）。