菌株数据库

1. 怎么在EBI数据库上批量下载搜索到的某个菌的不同亚种的某个基因的序列

我记得ensembl有个comparative genomics，可以找到不同物种同一个基因或是同系物或旁系物的序列，然后直接进行比对，找到保守区域，感觉跟题主的需求相似，就是需要看一下ensembl是否包含你感兴趣的那些细菌亚种的基因组数据

2. 自然界分离出一个新菌株怎么确定一个菌株是新种

16S rDNA测序，某些保守序列测序，在NCBI上比对确定属。

与属内的每个种的标准菌株进行DNA杂交，杂交率小于70%，还有测复性温度

全细胞可溶性蛋白SDS—PAGE，碳源使用，氮源使用，酶图谱

很多东西。。。。

3. 如何查找细菌的基因库位置

菌蛋白负责重组无数的生化过程，而这些过程对病原体的有效传播至关重要。最近的研究发现体内细菌的丰度与体外研究的数据并不相关。这是发现抗菌靶标的一个主要缺点，因为许多体外假阴性都没有进行进一步测试。因此，了解细菌感染是如何在体内发生的，以及感染宿主需要哪些细菌基因是至关重要的。

BacFITBase是一个手工管理的细菌基因数据库，通过转座子突变测量，整理宿主感染期间的体内相关信息。其包含横跨10个不同组织的15种病原细菌和5个宿主脊椎动物的信息。

4. 如何查询细菌基因的编号

根据你现在已有的核苷酸序列，前往NCBI（在google里面搜索），点击右侧栏目里面的blast，找不到，自己ctrl+F查，然后选择nucleictide blast我记得貌似是的，然后输入相关序列，后面选择数据库，选择你要的，然后blast就能获得你的序列对应的细菌基因，然后再点那个基因就能够知道编号

5. NCBI数据库有多少完整的细菌基因组序列该如何查阅

如果是基因组信息的话，选择框里先选择：Nucleotide
然后，输入序列号或者输入你要找的基因的名称
找到以后，点击FASTA，可以下载，也可以直接复制。
一般都是存TXT格式，这样用软件分析才能载入

6. 如何建立细菌数据库

找个箱子 多找几个 都消消毒 箱子上贴上标签 ok了 如果是资料的话 就建一个 access数据库 或 sql server 2000 或 2003 如果数据量大的话 建议用 sql server的数据库

7. 日本细菌战资源库有哪些史料资源

“日本细菌战资源库”以国家图书馆从海外征集的日本细菌战档案为基本素材，对原始文件进行逐页整理标引后建成。内容包括日本细菌武器研究与试验、日本对华实施细菌战、日本使用活人进行人体试验、日军针对战俘及平民的暴行、盟军对日本涉细菌战科研人员和军人进行调查、盟军关于组织战争罪行审判等方面的史料1万余页。

这些档案还系统揭示了远东国际军事法庭审判期间，美国为获取日本细菌战所谓“研究成果”，阻碍司法公正，牺牲中国人民追究日本细菌战罪责的权利，与日本达成秘密交易的内幕,是研究日本细菌战罪行重要的一手史料。

数据库下设日本细菌战档案、人物索引、地名索引、机构索引、疾病索引、相关报告、伯力审判庭审记录、相关历史事件8个子库，并为每份档案撰写了中文提要，实现了原始档案页级深度标引和全库知识点检索定位。

(7)菌株数据库扩展阅读

“日本细菌战资源库”上线

9月2日，国家图书馆发布“日本细菌战资源库”、《侵华日军细菌战档案汇编》等文献整理成果。今起，数据库面向全社会免费公益使用。

配合“日本细菌战资源库”发布，国家图书馆还推出《侵华日军细菌战档案汇编》，将这些一手史料原汁原味影印出版，以方便专业学者研究使用。同时，发布会现场还陈列了“抗日战争文献史料丛编”“对日战犯审判文献资料丛刊”“近代日本对华调查资料丛编”等系列抗战史料1000余册。

这些成果涉及军事、政治、经济、社会、交通、国际、抗战损失、战犯审判等方面，集中全面反映抗日战争时期中国社会各方面真实状况，具有极高的史料价值和文献研究价值。

8. 菌株的序列已提交给genbank数据库还能申请专利吗

GenBank 是一个有来自于70,000多种生物的核苷酸序列的数据库。每条纪录都有编码区（CDS）特征的注释，还包括氨基酸的翻译。GenBank属于一个序列数据库的国际合作组织，包括EMBL和DDBJ。

9. 生物催化和生物降解的数据库及网址有哪些

生物催化和生物降解的数据库及网址有哪些
生物降解作用
生物降解是引起有机污染物分解的最重要的环境过程之一.水环境中化合物的生物降解依赖于微生物通过酶催化反应分解有机物.当微生物代谢时,一些有机污染物作为食物源提供能量和提供细胞生长所需的碳；另一些有机物,不能作为微生物的唯一碳源和能源,必须由另外的化合物提供.因此,有机物生物降解存在两种代谢模式：生长代谢(Growth metabolism)和共代谢(Cometabolism).这两种代谢特征和降解速率极不相同,下面分别进行讨论.
1．生长代谢
许多有毒物质可以像天然有机化合物那样作为微生物的生长基质.只要用这些有毒物质作为微生物培养的唯一碳源便可鉴定是否属生长代谢.在生长代谢过程中微生物可对有毒物质进行较彻底的降解或矿化,因而是解毒生长基质去毒效应和相当快的生长基质代谢意味着与那些不能用这种方法降解的化合物相比,对环境威胁小.
一个化合物在开始使用之前,必须使微生物群落适应这种化学物质,在野外和室内试验表明,一般需要2—50天的滞后期,一旦微生物群体适应了它,生长基质的降解是相当快的.由于生长基质和生长浓度均随时间而变化,因而其动力学表达式相当复杂.Monod方程是用来描述当化合物作为唯一碳源时,化合物的降解速率：
式中：c——污染物浓度；
B——细菌浓度；
Y——消耗一个单位碳所产生的生物量；
μmax——最大的比生长速率；
Ks——半饱和常数,即在最大比生长速率μmax一半时的基质浓度.
Monod方程式在实验中已成功地应用于唯一碳源的基质转化速率,而不论细菌菌株是单一种还是天然的混合的种群.Paris等用不同来源的菌株,以马拉硫磷作唯一碳源进行生物降解(如图3—34所示).分析菌株生长的情况和马拉硫磷的转化速率,可以得到Monod方程中的各种参数：μmax =0.37h－1,Ks=2.17μmol／L(0.716mg／L),Y=4.1×1010cell／μmol(1.2 ×1011cell／mg)
Monod方程是非线性的,但是在污染物浓度很低时,即Ks>>c,则式可简化为：
－dc／dt=Kb2·B·c’
式中：Kb2——二级生物降解速率常数.

10. “日本细菌战资源库”是什么

“日本细菌战资源库”是以国家图书馆从海外征集的日本细菌战档案为基本素材，对原始文件进行逐页整理标引后建成的数据库。

内容包括日本细菌武器研究与试验、日本对华实施细菌战、日本使用活人进行人体试验、日军针对战俘及平民的暴行、盟军对日本涉细菌战科研人员和军人进行调查、盟军关于组织战争罪行审判等方面的史料1万余页。

日本细菌战档案还系统揭示了远东国际军事法庭审判期间，美国为获取日本细菌战所谓“研究成果”，阻碍司法公正，牺牲中国人民追究日本细菌战罪责的权利，与日本达成秘密交易，最终导致几乎所有细菌战部队成员逃脱了法律起诉的内幕，是研究日本细菌战罪行重要的一手史料。

(10)菌株数据库扩展阅读：

日本细菌战资源库向社会免费开放

从9月2日起，数据库面向全社会提供免费公益使用，展示史实史证，助力学术研究，“让历史说话，用史实发言”。

配合“日本细菌战资源库”发布,国家图书馆还推出《侵华日军细菌战档案汇编》，将这些一手史料原汁原味影印出版，以方便专业学者研究使用。同时，发布会现场还陈列了“抗日战争文献史料丛编”“对日战犯审判文献资料丛刊”“近代日本对华调查资料丛编”等系列抗战史料1000余册。

这些成果涉及军事、政治、经济、社会、交通、国际、抗战损失、战犯审判等方面，集中全面反映抗日战争时期中国社会各方面真实状况，具有极高的史料价值和文献研究价值。