染色体数据库

‘壹’ 请教千人基因组数据库中的一些问题~~~~~求前辈详细指教

vega:vertebrate genome annotation database;
HUGO:Human Genome Organization;
HGNC:The HUGO Gene Nomenclature Committee;
ENSEMBL:http://ke..com/view/2028023.htm;
CCDS:The consensus coding sequence;
括号里注明的是该基因诠释的来源----不同的数据库。
图中最左边的是Y染色体，右面的三列应该是做的统计。
第一列，genes和known genes表示在Y染色体对应的位置基因的数量，已知基因用红色柱，所有基因用空心柱，红色柱越长表示该区域的基因我们了解的越精细。
第二列，是统计DNA的GC含量和重复序列的比例，各有符号表示，根据颜色可辨别。
第三列，是统计突变位点，柱的长短代表了该区域的DNA的突变几率的大小。

‘贰’ 染色体检查 46,XY,Yqh+是什么意思

1、46：46条染色体。

2、XY：男性。

3、Yqh+：表示Y染色体长臂异常增大。

46,XY,Yqh+：表示Y染色体长臂异常增大的有46条染色体的男性。

人类染色体可分为两种类型：常染色体（体染色体）和性染色体（异体染色体）。某些遗传特征与一个人的性别有关，并通过性染色体传播。常染色体因此包含其余部分的遗传信息。常染色体和性染色体的复制、有丝分裂和减数分裂过程一致。

(2)染色体数据库扩展阅读

人类细胞有23对染色体（22对常染色体和一对性染色体），即每个细胞共有46个染色单体。除此之外，人类细胞还有数百个线粒体染色体拷贝。人类基因组的测序提供了关于每条染色体的大量信息。下表是根据Sanger Institute在脊椎动物基因组注释（VEGA）数据库中的人类基因组信息编制的染色体统计数据。基因数量是估计值，因为它部分基于基因预测。总染色体长度也是估计值，是基于未测序异染色质区域的大小估计的。

一、常用正常和异常染色体代号：

1、A-G成染色体组。

2、1-22常染色体序号。

3、X，Y性染色体。

4、+，二放在常染色体号或组的符号之前时，表示整个染色体的增加或丢失；放在染色体壁、结构或其它符号之后时，表示染色体长度的增加或减少。

5、：表示断裂。

6、∷断裂和连接。

7、q染色体长臂。

二、注意事项：

一般是直接到医院检查即可，没有特殊的注意的。

‘叁’ 为什么同一个基因两个数据库里面的染色体定位不一样到底用哪一个呢

你看一下他们的参考文献和录入时间。如果都一样，那说明其中一个数据库出错了。发信去询问。如果参考文献和录入时间不一样，一般要新的那个。
还有就是你确定是同一个基因，发来我看看

‘肆’ 目前染色体多态性数据库全覆盖该区域什么意思

可能是该片段重复没见报道，且非遗传自父母，故胎儿发生自身突变可能性大。因没有文献报道，故建议让芯片检测单位再次确认该重复区域存在哪些功能基因，请他们列出。再次搜索数据库。否则难以决定胎儿是否可以保留。芯片报告单还提示：大多数遗传自父母，外显率低；你的情况是自发突变，外显率也低？这是一个非常扰人的问题。建议进一步求助与芯片检测方。

‘伍’ y染色体数据库的建设，怎样才能做好这项工作

Y染色体的功能和演化研究一直是科研热点，由此也引发过Y染色体是否会退化、消失的争论。日前，夏威夷大学生物发生研究所的副教授莫妮卡·沃德（Monika Ward）发现，只要2个Y染色体基因Sry和Eif2s3y，就能代替整条Y染色体，令小鼠产生可使卵细胞受精的精细胞，并培育出可成活后代。研究结果今天发表在《科学》上。

‘陆’ 有没有可以直接查植物染色体数目的数据库谢谢解答！

网页链接

CCDB server - Chromosome Counts Database

‘柒’ 胎儿15号染色体长臂存在大小约2.38mb的拷贝数重复，查询公共数据库#显示:15号染色体重复区

指导意见： 现在的情况考虑是不正常，需要根据你的情况在医生指导下来确定具体的情况的。再进行调理。

‘捌’ 怎么查到一条染色体上的着丝粒以及端粒所在位置,例如酿酒酵母的,给个数据库的,最好包括多个物种的.

额。。。。

‘玖’ unigene，gene和homologene数据库有何不同

前者收录相对完整的genome或chromosome序列及其图谱信息，并作了可视化处理。
后者的数据一部分来自前者，但是序列提交者需要先在NCBI注册一个project，经认可后序列被收录。后者既可以是完整的基因组/染色体序列，也可以是该project中所获得的序列片断或者拼接。除此之外，后者还包含一些和project相关的链接。

‘拾’ NCBI选择数据库

原理很简单后者是前者的子集。chromosome只包含所有已经测序的基因组数据。估计你的序列可能只是在高等生物中保守，所以才会出现选择chromosome数据库时相似数量下降非常多。

在做BLAST的时候，我们通常需要根据不同的目的选择不同的数据库。例如，要看一下测的序列是不是子集所期望的序列，以及，那nr数据库是最好的选择。至于以谁为准，因需要解决的问题而异。读一下blast每个数据库的定义，对于你选择数据库最有帮助。有一个基本原则是：nr数据库可以满足绝大多数的需求。少数特殊需求可以通过其他数据库完成，例如最近30天内的更新序列，搜索新基因这是必查的；题目中的chromosome数据库是只包含了全基因组或全染色体的数据。详参NCBI Blast说明。

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/blastcgihelp.shtml#nucleotide_databases