代谢通路数据库

❶ 植物代谢的主要通路有哪些

代谢的方式肯定不一样，因为代谢所需要的酶类都不尽相同

❷ 如何查找一个基因参与的代谢通路

一般现在的科技服务公司如果做了kegg pathway数据库注释的话，都会做代谢通路图的注释，可以从结果文件中的代谢通路图查找，找到想要的代谢通路图后，再分析哪些基因在基因组上存在。

谢通路是kegg数据库里的pathway数据库。可以通过全基因组预测了编码基因后，进行pathway数据库注释，从注释结果的功能信息中通过关键字查找。一般都能找到。如果找不到，有可能是关键字不对或者基因组中没有这样的代谢通路功能基因。

❸ 怎么做基于KEGG的生物通路富集分析

如何利用KEGG定位基因属于哪个代谢通路
代谢通路：目前在通路数据库(PATHWAY database) 中代谢通路是建立得最好的，有大约90个参考代谢途径的图形。每个参考代谢途径是一个由酶或EC号组成的网粻丁纲股蕺噶告拴梗茎络。
利用如下方法可通过计算机构建出生物体特有 的代谢通路：
先根据基因的序列相似性和位置相关性确定基因组中酶的基因。
然后合理地安排EC号。
最后将基因组中的基因和参照通路中用EC号编号的基因产物 结合起来。

❹ 代谢组学 如何查找代谢通路

帮您查了一个编程代码可以解决：
use my package clusterProfiler
http://bioconctor.org/packages/devel/bioc/html/clusterProfiler.html

> require(clusterProfiler)
> data(gcSample)
> gcSample[[3]]
[1] "4905" "10383" "10953" "645958" "7280" "10381" "5869" "5985"
[9] "23197" "290" "309" "10577" "23071" "121504" "2495" "653226"
[17] "84617"
> x <- enrichKEGG(gcSample[[3]])
Warning messages:
1: 'l2e' is deprecated, use 'list2env' instead
2: 'l2e' is deprecated, use 'list2env' instead
> summary(x)
pathwayID Description GeneRatio BgRatio
05130 hsa05130 Pathogenic Escherichia coli infection 4/17 59/5504
04145 hsa04145 Phagosome 5/17 159/5504
04540 hsa04540 Gap junction 4/17 90/5504
04962 hsa04962 Vasopressin-regulated water reabsorption 2/17 44/5504
pvalue qvalue geneID Count
05130 2.554952e-05 0.005397106 10383/7280/10381/84617 4
04145 8.823916e-05 0.009219728 10383/7280/10381/5869/84617 5
04540 1.352278e-04 0.010247594 10383/7280/10381/84617 4
04962 7.871612e-03 0.376048432 4905/5869 2

❺ kegg数据库包括哪些代谢通路

基因功能定位这个很复杂，可以专门开一篇文章了，暂且到此。
假设我们现在有了基因序列及其功能，我们接下来也会知道该基因合成了哪些蛋白，参与了哪些化学反应。
代谢是细胞内各种化学反应的总称，一个代谢途径包括代谢的前提、产物和酶。

❻ 转录组分析怎样寻找代谢通路基因

般的转录组测序可以得到大量差异表达基因和调控代谢通路，但由于基因与表型难以直接关联，导致关键信号通路难以确定，因此往往达不到预期研究目的。相信很多做过转录组测序的老师都深有体会。总感觉中间缺少了一步？没错，就是代谢物！代谢物是基因型与表型之间的桥梁，代谢物的变化更能直接揭示基因的功能，因此能够更有效地揭示生物学及其生化、分子机理。在植物研究中，目前代谢组+转录组的策略已经被广泛运用于植物生理、生长发育、及逆境胁迫研究中。
那么如何进行代谢组与转录组的关联分析？总的来说，是基于“参与同一生物过程中的基因或代谢物具有相同或相似的变化规律”这一原理进行分析的。举个例子，研究不同颜色品种的菊花颜色差异的原因，首先通过代谢物检测，发现不同颜色品种的菊花积累的花青素类型和含量并不一致；然后进行转录组测序，在众多差异基因及代谢通路中，我们可以重点研究与花青素合成相关的代谢通路上的基因，从而一方面快狠准地找到导致颜色差异的功能基因，另一方面代谢组的结果也相当于是对转录组结果的验证。

❼ 植物代谢的主要通路有哪些有没有文献链接英文中文都可以，急！

植物代谢的主要通路有哪些
植物水分代谢包括植物对水分的吸收、运输、利用和散失的过程。
植物对水分的吸收方式包括吸胀作用和渗透作用。其中渗透性吸水是植物细胞吸水的主要方式。吸收水分的主要部位是根尖成熟区表皮细胞。
水在植物体内的运输途径主要是通过根和茎的导管来进行的，水分从土壤进入植物体内后进入大气的主要途径是：土壤-根毛-皮层-内皮层-中柱鞘-根木质部-茎、叶木质部-叶肉细胞-气孔-大气。
植物吸收的水分90%以上通过上述的蒸腾作用散失到大气中去，只有少量的水分在植物体内参与光合作用、呼吸作用等生命活动。

❽ 紧急求助，代谢组学的代谢通路富集分析和MYROLE该怎么用

代谢组学的代谢通路富集分析和MYROLE该怎么用
代谢组学是对一系列相似的生物样本中的代谢物进行比较分析的学科。代谢物在生物系统中起着至关重要的作用，因此代谢组学可用于发现和鉴定生物标志物，或更好地了解药物或疾病对已知和未知生物通路的影响。成功的代谢物组学研究依赖于有效的代谢物提取。对于非靶向代谢组学研究，需要提取细胞和体液中的多种代谢物，并去除无需分析的蛋白质等成分。再加上代谢物的理化性质多样，丰度动辄相差若干数量级，更进一步增加了提取的难度。液液萃取这种两相分离方法常被用于代谢物的提取。液液萃取中有机溶剂和水溶液的性质、体积、溶剂比例、水溶液的pH 值都必须仔细考虑。这些因素会显着影响提取的代谢物数量和实验的重现性。本应用报告介绍了采用液液萃取提取红细胞代谢物的方法。结果表明，调整水相/有机相的比例对于两相分离非常重要。同时水相pH 值对提取的代谢物数量也有很大影响，为了提取尽可能多的代谢物，需要采用多个pH 值进行提取。

❾ 怎么利用kegg数据库分析基因组分析代谢途径

最简单，但是未必最有效的办法，但是最快
抽个样本，把你的目标基因打上标记，然后建立一个模型，比如决策树等等
模型质量不错的情况下跑全库，然后找出分类结果为你目标分类的记录

❿ 预测硫循环代谢通路的网址有哪些

代谢通路：目前在通路数据库(PATHWAY database) 中代谢通路是建立得最好的，有大约90个参考代谢途径的图形。每个参考代谢途径是一个由酶或EC号组成的网络。利用如下方法可通过计算建出生物体特有 的代谢通路：
先根据基因的序列相似性和位置相关性确定基因组中酶的基因。
然后合理地安排EC号。
最后将基因组中的基因和参照通路中用EC号编号的基因产物 结合起来。