蛋白质数据库

Ⅰ 蛋白质序列数据库包含哪些内容

蛋白质数据库

1. PIR和PSDPIR国际蛋白质序列数据库(PSD)是由蛋白质信息资源(PIR)、慕尼黑蛋白质序列信息中心(MIPS)和日本国际蛋白质序列数据库(JIPID)共同维护的国际上最大的公共蛋白质序列数据库。这是一个全面的、经过注释的、非冗余的蛋白质序列数据库，包含超过142,000条蛋白质序列(至99年9月)，其中包括来自几十个完整基因组的蛋白质序列。所有序列数据都经过整理，超过99%的序列已按蛋白质家族分类，一半以上还按蛋白质超家族进行了分类。PSD的注释中还包括对许多序列、结构、基因组和文献数据库的交叉索引，以及数据库内部条目之间的索引，这些内部索引帮助用户在包括复合物、酶－底物相互作用、活化和调控级联和具有共同特征的条目之间方便的检索。每季度都发行一次完整的数据库，每周可以得到更新部分。

PSD数据库有几个辅助数据库，如基于超家族的非冗余库等。PIR提供三类序列搜索服务：基于文本的交互式检索；标准的序列相似性搜索，包括BLAST、FASTA等；结合序列相似性、注释信息和蛋白质家族信息的高级搜索，包括按注释分类的相似性搜索、结构域搜索GeneFIND等。

PIR和PSD的网址是：http://pir.georgetown.e/。

数据库下载地址是：ftp://nbrfa.georgetown.e/pir/。

2. SWISS-PROT

SWISS-PROT是经过注释的蛋白质序列数据库，由欧洲生物信息学研究所(EBI)维护。数据库由蛋白质序列条目构成，每个条目包含蛋白质序列、引用文献信息、分类学信息、注释等，注释中包括蛋白质的功能、转录后修饰、特殊位点和区域、二级结构、四级结构、与其它序列的相似性、序列残缺与疾病的关系、序列变异体和冲突等信息。SWISS-PROT中尽可能减少了冗余序列，并与其它30多个数据建立了交叉引用，其中包括核酸序列库、蛋白质序列库和蛋白质结构库等。

利用序列提取系统(SRS)可以方便地检索SWISS-PROT和其它EBI的数据库。

SWISS-PROT只接受直接测序获得的蛋白质序列，序列提交可以在其Web页面上完成。

SWISS-PROT的网址是：http://www.ebi.ac.uk/swissprot/。

3. PROSITE

PROSITE数据库收集了生物学有显着意义的蛋白质位点和序列模式，并能根据这些位点和模式快速和可靠地鉴别一个未知功能的蛋白质序列应该属于哪一个蛋白质家族。有的情况下，某个蛋白质与已知功能蛋白质的整体序列相似性很低，但由于功能的需要保留了与功能密切相关的序列模式，这样就可能通过PROSITE的搜索找到隐含的功能motif，因此是序列分析的有效工具。PROSITE中涉及的序列模式包括酶的催化位点、配体结合位点、与金属离子结合的残基、二硫键的半胱氨酸、与小分子或其它蛋白质结合的区域等；除了序列模式之外，PROSITE还包括由多序列比对构建的profile，能更敏感地发现序列与profile的相似性。PROSITE的主页上提供各种相关检索服务。

PROSITE的网址是：http://www.expasy.ch/prosite/。

4. PDB

蛋白质数据仓库(PDB)是国际上唯一的生物大分子结构数据档案库，由美国Brookhaven国家实验室建立。PDB收集的数据来源于X光晶体衍射和核磁共振(NMR)的数据，经过整理和确认后存档而成。目前PDB数据库的维护由结构生物信息学研究合作组织(RCSB)负责。RCSB的主服务器和世界各地的镜像服务器提供数据库的检索和下载服务，以及关于PDB数据文件格式和其它文档的说明，PDB数据还可以从发行的光盘获得。使用Rasmol等软件可以在计算机上按PDB文件显示生物大分子的三维结构。

RCSB的PDB数据库网址是：http://www.rcsb.org/pdb/。

5. SCOP

蛋白质结构分类(SCOP)数据库详细描述了已知的蛋白质结构之间的关系。分类基于若干层次：家族，描述相近的进化关系；超家族，描述远源的进化关系；折叠子(fold)，描述空间几何结构的关系；折叠类，所有折叠子被归于全α、全β、α/β、α＋β和多结构域等几个大类。SCOP还提供一个非冗余的ASTRAIL序列库，这个库通常被用来评估各种序列比对算法。此外，SCOP还提供一个PDB-ISL中介序列库，通过与这个库中序列的两两比对，可以找到与未知结构序列远缘的已知结构序列。

SCOP的网址是：http://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop/。

6. COG

蛋白质直系同源簇(COGs)数据库是对细菌、藻类和真核生物的21个完整基因组的编码蛋白，根据系统进化关系分类构建而成。COG库对于预测单个蛋白质的功能和整个新基因组中蛋白质的功能都很有用。利用COGNITOR程序，可以把某个蛋白质与所有COGs中的蛋白质进行比对，并把它归入适当的COG簇。COG库提供了对COG分类数据的检索和查询，基于Web的COGNITOR服务，系统进化模式的查询服务等。

COG库的网址是：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/COG。

下载COG库和COGNITOR程序在：ftp://ncbi.nlm.nih.gov/pub/COG。

Ⅱ 我们生物化学讲到蛋白质的内容，想问一下一个名词，什么叫“蛋白质三级结构的数据库”

蛋白质结构可以进行预测。通过已知氨基酸序列，利用计算的手段预测蛋白质的二级结构和空间三维结构。
目前蛋白质结构数据库 PDB中所存储的蛋白质三维结构主要通过X 射线晶体衍射和核磁共振成像技术，蛋白质的结构检测比序列检测要难得多。

Ⅲ 蛋白质序列数据库的数据库分类

PIR数据库按照数据的性质和注释层次分四个不同部分，分别为PIR1、PIR2、PIR3和PIR4。PIR1中的序列已经验证，注释最为详尽；PIR2中包含尚未确定的冗余序列；PIR3中的序列尚未加以检验，也未加注释; 而PIR4中则包括了其它各种渠道获得的序列，既未验证，也无注释。除了PIR外，另一个重要的蛋白质序列数据库则是SwissProt。该数据库由瑞士日内瓦大学于1986年创建，目前由瑞士生物信息学研究所(Swiss Institute of Bioinformatics，简称SIB)和欧洲生物信息学研究所 EBI共同维护和管理。瑞士生物信息研究所下属的蛋白质分析专家系统(Expert Protein Analysis System,，简称ExPASy)的Web服务器除了开发和维护SwissProt数据库外，也是国际上蛋白质组和蛋白质分子模型研究的中心，为用户提供大量蛋白质信息资源。北京大学生物信息中心设有ExPASy的镜象。PIR和SwissProt是创建最早、使用最为广泛的两个蛋白质数据库。随着各种模式生物基因组计划的进展，DNA序列特别是EST序列大量进入核酸序列数据库。蛋白质序列数据库TrEMBL是从EMBL中的cDNA序列翻译得到的。TrEMBL数据库创建是于1996年[Bairoch, 2000]，意为“Translation of EMBL”。该数据库采用SwissProt数据库格式，包含EMBL数据库中所有编码序列的翻译。TrEMBL数据库分两部分，SP-TrEMBL和 REM-TrEMBL。SP-TrEMBL中的条目最终将归并到SwissProt数据库中。而Rem-TrEMBL则包括其它剩余序列，包括免疫球蛋白、T细胞受体、少于8个氨基酸残基的小肽、合成序列、专利序列等。与TrEMBL类似，GenPept是由GenBank翻译得到的蛋白质序列。由于TrEMBL和GenPept均是由核酸序列通过计算机程序翻译生成，这两个数据库中的序列错误率较大，均有较大的冗余度。另一个常用的蛋白质序列数据库是已知三维结构蛋白质的一级结构序列数据库NRL-3D[Namboodiri, 1990]。该数据库的序列是从三维结构数据库PDB中提取出来。

Ⅳ 蛋白质数据库包括哪四种

PIR：蛋白质信息资源
SWISS-PROT：蛋白质序列和注解
PDB：国家实验室蛋白质数据库
MMDB:蛋白质分子模型数据库

Ⅳ 蛋白质序列数据库的介绍

指应用计算机功能分析生物学信息的数据库。应用计算机的运算法则，比较DNA和蛋白质序列而检测结构、功能和序列之间的进化关系。各种基因组的序列产生大量的DNA序列数据和生物信息，已经被应用于研究基因的功能，预测以前未知的基因功能。现在人们的注意力主要集中在从仅有的氨基酸序列预测蛋白质结构和功能。

Ⅵ 列举两个蛋白质次级数据库

oracle数据库
mysql数据库
access数据库
DB2
在大学的计算机教科书中，数据库是被这样解释的：数据库是
计算机应用系统
中的一种专门管理数据资源的系统。数据有多种形式，如文字、数码、符号、图形、图像以及声音等。数据是所有
计算机系统
所要处理的对象。人们所熟知的一种处理办法是制作文件，即将处理过程编成程序文件，将所涉及的数据按程序要求组织成
数据文件
，用程序文件来调用。数据文件与程序文件保持着一定的对应关系。在计算机应用迅速发展的情况下，这种文件式方法便显出不足。比如，它使得数据通用性差，不便于移植，在不同文件中存储大量重复信息、浪费存储空间、更新不便等。
数据库系统
便能解决上述问题。数据库系统不从具体的应用程序出发，而是立足于数据本身的管理，它将所有数据保存在数据库中，进行科学的组织，并借助于
数据库管理系统
，以它为中介，与各种应用程序或应用系统接口，使之能方便地使用数据库中的数据。
这段说明介绍的确非常详细，不过你可能看得头晕眼花了，其实简单地说数据库就是一组经过计算机整理后的数据，存储在一个或多个文件中，而管理这个数据库的软件就称之为数据库管理系统。一般一个数据库系统（Database
System）可分为数据库（Database）与数据管理系统（Database
Management
System，DBMS）两个部分。

Ⅶ 为什么说swiss-prot是重要的蛋白质序列数据库

SWISS-PROT是含有详细注释内容的蛋白质序列数据库，由欧洲生物信息学中心（EBI）维护，目前已合并入 UniProt数据库，旨在帮助基因组和蛋白质组以及相关的分子生物学研究人员提供有关蛋白质氨基酸序列的最新信息。
SWISS-PROT中尽可能减少了冗余序列，并与其它30多个数据建立
了交叉引用，其中包括核酸序列库、蛋白质序列库和蛋白质结构库等。SWISS-PROT数据库包含了EMBL核酸序列数据库中被经过仔细检查和准确注释了
的蛋白质序列，一般地，任何蛋白质序列数据的搜寻和比较都应从SWISS-PROT开始。

SWISS-PROT蛋白质序列数据由大量序列条目组成，每一个序列条目
有其自己的格式。为了标准化的目的，SWISS-PROT的格式与EMBL核酸序列数据库的格式尽可能类似。SWISS-PROT涉及已知蛋白质的序列、
引用文献信息、分类学信息、注释等，注释中包括蛋白质的功能、转录后修饰、特殊位点和区域、二级结构、四级结构、与其它序列的相似性、序列残缺与疾病的关
系、序列变异体和冲突等信息。利用序列提取系统(SRS)可以方便地检索SWISS-PROT和其它EBI的数据库。SWISS-PROT只接受直接测序
获得的蛋白质序列，序列提交可以在其Web页面上完成。

Ⅷ 做蛋白质亚细胞定位分析使用什么数据库

预测蛋白质的亚细胞定位，是通过生物信息学的方法的。
或者你在NCBI数据库中比对到了编码类似蛋白的基因，如果该基因有人做过亚细胞定位的实验，你也可以大概知道其编码的蛋白质在细胞内部的定位。不同物种，不同基因家族成员有可能有区别。最终还是需要实验来验证的。
功能基因研究中，经常会进行基因编码的蛋白质的亚细胞定位的，
如待定位蛋白和GFP、YFP、RFP等融合后，观察融合蛋白在细胞内的定位，
或者将预测部位（如该蛋白可能在液泡膜上）的蛋白提取出来，进行western实验，来验证等。
希望对你有帮助吧

Ⅸ 蛋白质分子量在什么数据库查

敢问楼主是怎么知道蛋白分子量的呢？如果有蛋白样品，可以通过二级质谱获得蛋白的氨基酸序列，然后在蛋白数据中比对就可以知道是什么蛋白了。

Ⅹ 在pdb 数据库上下载蛋白质

你直接在PBD主页上的pbd ID or text 里输入你的蛋白ID，也就是1SA1和1SA0，就能查到你要的蛋白质了。蛋白ID旁边有个Download Files，点击后选择你要下载的文件格式即可下载。