生物数据库

❶ 什么是生物信息学中的二级数据库

一、生物信息学数据库的种类

分子生物信息数据库种类繁多。归纳起来，大体可以分为4个大类：

基因组数据库

核酸和蛋白质一级结构数据库

生物大分子(主要是蛋白质)三维空间结构数据库

由上述3类数据库和文献资料为基础构建的二级数据库

一级数据库（一次数据库） ：基因组数据库来自基因组作图，序列数据库来自序列测定，结构数据库来自X射线衍射和核磁共振等结构测定。这些数据库是分子生物学的基本数据资源，通常称为基本数据库、初始数据库，也称一次数据库。

二级数据库（二次数据库） ：是在一级数据库、实验数据、理论分析的基础上，衍生整理而得。它是根据生命科学不同研究领域的实际需要，对基因组图谱、核酸和蛋白质序列、蛋白质结构以及文献等数据进行分析、整理、归纳、注释，构建具有特殊生物学意义和专门用途的数据库。
一般说来，一级数据库的数据量大，更新速度快，用户面广，通常需要高性能的计算机服务器、大容量的磁盘空间和专门的数据库管理系统支撑。

二级数据库的容量则小得多，更新速度也不像一次数据库那样快，也可以不用大型商业数据库软件支持，这类针对不同问题开发的二次数据库的最大特点是使用方便，特别适用于计算机使用经验不太丰富的生物学家。

序列数据库是分子生物信息数据库中最基本的数据库，包括核酸和蛋白质两类，以核苷酸碱基顺序或氨基酸残基顺序为基本内容，并附有注释信息。

GenBank：由美国国家生物技术信息中心(National Center for Biotechnology Information, NCBI)建立(1979-1982)。该中心隶属于美国国家医学图书馆，位于美国家卫生研究院(NIH)内。

EMBL：由欧洲分子生物学实验室(European Molecular Biology Laboratory, 其下有European Bioinformatics Centre)建立（1982），主要位于英国剑桥Cambridge和德国汉堡Hamburg。

DDBJ：日本DNA数据库(DNA Data Bank of Japan）。由the National Institute of Genetics建立（1984-1987）, NIG主管。

二级数据库的形式：大多以web界面为基础，具有文字信息、表格、图形、图表等方式显示数据库内容。

一级数据库与二级数据库之间并无明确的界限。（例如：GDB、AceDB、SCOP、CATH等都已经具有二级数据库的特色）。

❷ 中国知网,中国生物医学数据库和pubmed的优缺点分别有哪些

第一、中国知网的优点收录的中文文献比较全，非常适合做中文文献检索，同时还可以查阅学位论文，非常适合用来做新领域的知识了解，缺点是英文文献收录不全，查阅起来不是很方便，一般不用来查英文文献

第二、中国生物医学数据库的优点，学科涉及基础医学、临床医学、预防医学、药学、中医学以及中药学等生物医学领域的各个方面，是目前国内医学文献的重要检索工具，缺点是文献对医学方面针对性较强，其他学科不够广泛

第三、pubmed的优点，理工类的文章收录可以说非常全了，通过检索目标文献显示的被引文献和类似文献的相关性比较高，参考价值较大。另外PubMed可以接入Scihub和Scholarscope插件。

在第一屏检索结果页面就能看到文献的影响因子、分区以及摘要信息，用来做信息筛选非常方便，还可以直接连接Scihub下载全文，真的非常非常好用，缺点是收且较昂贵。

❸ 生物信息学数据库的主要数据类型

生物信息学数据库的主要数据类型有哪些的呢？
这些数据的类型估计都是一些讲述生物的种类、特性、生长、发育和再生等。

❹ 请推荐几个常用的查生物英文文献的数据库，如springer

Spinger是个不错的数据库,再推荐你几个:

1. NCBI(美国国立生物技术信息中心) 数据库
www.ncbi.nlm.nih.gov
可以查阅的内容丰富,不仅可以查阅文献,还可以检索蛋白质,基因序列,一些已完成测序的生物的全基因组序列等.比如E.coli等.

2. ISIKnowledge
www.isiknowlege.com
专业的英文文献检索系统.

3. 美国化学学会
http://pubs.acs.org

我也是学生物的,呵呵,这些都是精华,与你分享,主要还是要看你所在的单位有没有这些数据库的访问权.

❺ 生物学数据库都有哪些

分子生物学数据库大全：核酸数据库、基因表达数据库、蛋白数据库、糖数据库、专利数据库等国际顶尖数据库列表可以在生物帮那里找到的，我一般找资料，最新资讯都是到那里的，他们比较专业，权威，也比较全面，技术文档，视频，产品都蛮丰富的。年来大量生物学实验的数据积累，形成了当前数以百计的生物信息数据库。它们各自按一定的目标收集和整理生物学实验数据，并提供相关的数据查询、数据处理的服务。

❻ 有哪些关于生物物种的数据库

基因bank
还有些其他的。你上小木虫去找找，上面主要是生物相关的。

❼ 中国生物类的数据库是在哪个网站

如果是想找相关论文的话，推荐中国知网。
http://www.cnki.net

❽ gcbi数据库可以查找生物类的基因信息吗

gcbi数据库可以查找生物类的基因信息
序列比对的基本问题是比较两个或两个以上符号序列的相似性或不相似性.从生物学的初衷来看,这一问题包含了以下几个意义:从相互重叠的序列片断中重构DNA的完整序列.在各种试验条件下从探测数据(probe data)中决定物理和基因图存贮,遍历和比较数据库中的DNA序列比较两个或多个序列的相似性在数据库中搜索相关序列和子序列寻找核苷酸(nucleotides)的连续产生模式找出蛋白质和DNA序列中的信息成分序列比对考虑了DNA序列的生物学特性,如序列局部发生的插入,删除(前两种简称为indel)和替代,序列的目标函数获得序列之间突变集最小距离加权和或最大相似性和,对齐的方法包括全局对齐,局部对齐,代沟惩罚等.两个序列比对常采用动态规划算法,这种算法在序列长度较小时适用,然而对于海量基因序列(如人的DNA序列高达109bp),这一方法就不太适用,甚至采用算法复杂性为线性的也难以奏效.因此,启发式方法的引入势在必然,着名的BALST和FASTA算法及相应的改进方法均是从此前提出发的.

❾ 生物催化和生物降解的数据库及网址有哪些

生物催化和生物降解的数据库及网址有哪些
生物降解作用
生物降解是引起有机污染物分解的最重要的环境过程之一.水环境中化合物的生物降解依赖于微生物通过酶催化反应分解有机物.当微生物代谢时,一些有机污染物作为食物源提供能量和提供细胞生长所需的碳；另一些有机物,不能作为微生物的唯一碳源和能源,必须由另外的化合物提供.因此,有机物生物降解存在两种代谢模式：生长代谢(Growth metabolism)和共代谢(Cometabolism).这两种代谢特征和降解速率极不相同,下面分别进行讨论.
1．生长代谢
许多有毒物质可以像天然有机化合物那样作为微生物的生长基质.只要用这些有毒物质作为微生物培养的唯一碳源便可鉴定是否属生长代谢.在生长代谢过程中微生物可对有毒物质进行较彻底的降解或矿化,因而是解毒生长基质去毒效应和相当快的生长基质代谢意味着与那些不能用这种方法降解的化合物相比,对环境威胁小.
一个化合物在开始使用之前,必须使微生物群落适应这种化学物质,在野外和室内试验表明,一般需要2—50天的滞后期,一旦微生物群体适应了它,生长基质的降解是相当快的.由于生长基质和生长浓度均随时间而变化,因而其动力学表达式相当复杂.Monod方程是用来描述当化合物作为唯一碳源时,化合物的降解速率：
式中：c——污染物浓度；
B——细菌浓度；
Y——消耗一个单位碳所产生的生物量；
μmax——最大的比生长速率；
Ks——半饱和常数,即在最大比生长速率μmax一半时的基质浓度.
Monod方程式在实验中已成功地应用于唯一碳源的基质转化速率,而不论细菌菌株是单一种还是天然的混合的种群.Paris等用不同来源的菌株,以马拉硫磷作唯一碳源进行生物降解(如图3—34所示).分析菌株生长的情况和马拉硫磷的转化速率,可以得到Monod方程中的各种参数：μmax =0.37h－1,Ks=2.17μmol／L(0.716mg／L),Y=4.1×1010cell／μmol(1.2 ×1011cell／mg)
Monod方程是非线性的,但是在污染物浓度很低时,即Ks>>c,则式可简化为：
－dc／dt=Kb2·B·c’
式中：Kb2——二级生物降解速率常数.

❿ 生物信息数据库分为哪四大类

按大小可以分为1.公共数据库
2. 从公共数据库中取数据做进一步处理的专业数据库，提供更多的分析工具
按功能分可以有
基因库GENEBANK，蛋白库UNIPROT, 结构库PDB, 功能分类 GO库，通路库 KEGG。

不用专注于4这个数字。随着科研的进步还会有更多的数据库出来。