linuxshell实战
用户登录时，将会取得一个 bash ，这个 bash 在系统中有一个全局唯一的ID，也就是进程的ID，使用命令 ps -ef 并配合 grep 来查看进程ID。 ps -ef|grep bash ，此命令还能查看进程对应的父进程ID，系统中所有进程的祖先进程都是INIT进程（进程ID=1），它是最先启动运行的。
回到 bash 进程，也就是我们的命令行界面，进程的执行都有其附属的执行环境，环境变量就属于其中之一。并且环境变量是可以完全被子进程继承的，也就是说，子进程可以使用父进程的环境变量，但是不能使用父进程的自定义变量。
简而言之： 子进程继承父进程的环境变量，不继承父进程的自定义变量。
shell脚本有4种执行方式，不同的执行方式可能导致结果不一致
四种方式的执行结果如下：
2. Linux Shell 教程——想玩转linux就请一直看下去
Shell 是一个用 C 语言编写的程序，它是用户使用 Linux 的桥梁。Shell 既是一种命令语言，又是一种程序设计语言。
Shell 是指一种应用程序，这个应用程序提供了一个界面，用户通过这个界面访问操作系统内核的服务。
Ken Thompson 的 sh 是第一种 Unix Shell，Windows Explorer 是一个典型的图形界面 Shell。
Shell 在线工具
Shell 脚本（shell script），是一种为 shell 编写的脚本程序。
业界所说的 shell 通常都是指 shell 脚本，但读者朋友要知道，shell 和 shell script 是两个不同的概念。
由于习惯的原因，简洁起见，本文出现的 "shell编程" 都是指 shell 脚本编程，不是指开发 shell 自身。
Shell 编程跟 JavaScript、php 编程一样，只要有一个能编写代码的文本编辑器和一个能解释执行的脚本解释器就可以了。
Linux 的 Shell 种类众多，常见的有：
在一般情况下，人们并不区分 Bourne Shell 和 Bourne Again Shell，所以，像 #!/bin/sh ，它同样也可以改为 #!/bin/bash 。
#! 告诉系统其后路径所指定的程序即是解释此脚本文件的 Shell 程序。
打开文本编辑器(可以使用 vi/vim 命令来创建文件)，新建一个文件 test.sh，扩展名为 sh（sh代表shell），扩展名并不影响脚本执行，见名知意就好，如果你用 php 写 shell 脚本，扩展名就用 php 好了。
输入一些代码，第一行一般是这样：
#!/bin/bash
echo "Hello World !"
运行实例 »
#! 是一个约定的标记，它告诉系统这个脚本需要什么解释器来执行，即使用哪一种 Shell。
echo 命令用于向窗口输出文本。
1、作为可执行程序
将上面的代码保存为 test.sh，并 cd 到相应目录：
注意，一定要写成 ./test.sh ，而不是 test.sh ，运行其它二进制的程序也一样，直接写 test.sh，linux 系统会去 PATH 里寻找有没有叫 test.sh 的，而只有 /bin, /sbin, /usr/bin，/usr/sbin 等在 PATH 里，你的当前目录通常不在 PATH 里，所以写成 test.sh 是会找不到命令的，要用 ./test.sh 告诉系统说，就在当前目录找。
2、作为解释器参数
这种运行方式是，直接运行解释器，其参数就是 shell 脚本的文件名，如：
这种方式运行的脚本，不需要在第一行指定解释器信息，写了也没用。
3. 每天三分钟搞定linux shell脚本24 后台模式运行
当运行脚本的时候在最后加上符号 & ，则对应的脚本在 后台运行 。建立脚本为，
输入 ./test.sh & 运行
运行后1.txt文件会不断增加内容，但是脚本以后台运行不会在终端占用。运行结果为：
输入 jobs 可以看到这个后台进程：
这个时候如果输入exit，不会提示有后台进程在运行，而且后台进程也会退出。因为终端会话退出的时候会给这个后台进程发送一个 SIGHUP信号 。如果想要终端退出之后，进程不退出，可以让进程捕获SIGHUP信号。当然还有另一个方法，使用 nohup 指令运行脚本，比如输入：
当用 nohup 并使用后台模式运行之后，即使退出终端，进程也不会收到SIGHUP信号。并且nohup会自动把标准输出和标准错误重定向到nohup.out的文件中。
一个 运行的进程或者暂停的进程 都是一个作业，使用 jobs 命令可以查看当前的作业状态。输入：
我当前的输出为：
（上面的作业2是输入 ctrl+z 后暂停的进程）
其中， + 号被当作是默认作业，每个作业的前面有自己的序号。如果后续操作不加序号，那么就被当做是在操作默认作业。比如使用 fg 指令前台运行作业，就是把27652这个进程前台运行，如果输入 fg 1 ，那么就是操作作业 1 了。带-号的表示下一个默认作业。
输入 bg 1 把 1号作业 后台运行，输入 fg 2 把 2号作业 前台运行。
4. linux shell脚本执行命令详解
在Linux下，如果你需要执行shell脚本，那么应该使用那个命令呢?下面由我为大家整理了linux shell脚本执行命令的相关知识，希望对大家有帮助!
linux shell脚本执行
linux shell脚本执行方法一： 切换到shell脚本所在的目录(此时，称为工作目录)执行shell脚本：
cd /data/shell
./hello.sh
./的意思是说在当前的工作目录下执行hello.sh。如果不加上./，bash可能会响应找到不到hello.sh的错误信息。因为目前的工作目录(/data/shell)可能不在执行程序默认的搜索路径之列,也就是说，不在环境变量PASH的内容之中。查看PATH的内容可用 echo $PASH 命令。现在的/data/shell就不在环境变量PASH中的，所以必须加上./才可执行。
linux shell脚本执行方法二： 以绝对路径的方式去执行bash shell脚本：
/data/shell/hello.sh
linux shell脚本执行方法三： 直接使用bash 或sh 来执行bash shell脚本：
cd /data/shell
bash hello.sh
或
cd /data/shell
sh hello.sh
注意，若是以方法三的方式来执行，那么，可以不必事先设定shell的执行权限，甚至都不用写shell文件中的第一行(指定bash路径)。因为方法三是将hello.sh作为参数传给sh(bash)命令来执行的。这时不是hello.sh自己来执行，而是被人家调用执行，所以不要执行权限。那么不用指定bash路径自然也好理解了啊。
linux shell脚本执行方法四： 在当前的shell环境中执行bash shell脚本：
cd /data/shell
. hello.sh
或
cd /data/shell
source hello.sh
前三种方法执行shell脚本时都是在当前shell(称为父shell)开启一个子shell环境，此shell脚本就在这个子shell环境中执行。shell脚本执行完后子shell环境随即关闭，然后又回到父shell中。而方法四则是在当前shell中执行的。
5. 如何学好linux中的shell编程
1、首先建立一个内容如下的文件，名字为date,将其存放在目录下的bin子目录中。
#Program date
#usageto ::show the date in this way (注释)
echo “Mr.$USER,Today is:”
echo date “+%B%d%A”
echo “Whish you a lucky day !”
2、编辑完该文件之后它还不能执行，我们需要给它设置可执行权限。使用如下命令：
chmod +x date
通过以上过程之后，我们就可以像使用ls命令一样执行这个shell程序.
[beichen@localhost bin]$ date
Mr.beichen,Today is:
January 13 Friday
Whish you a lucky day !
为了在任何目录里都可以执行这个程序，可以将bin的这个目录添加到路径中去。
[beichen@localhost bin]$ PATH=$PATH:$HOME/bin
(注：这里的$HOME代替的是/home/beichen,而bin目录是自己建的一个目录)
另外一种执行date的方法就是把它作为一个参数传给shell命令:
[beichen@localhost /]$ bash date
Mr.beichen,Today is:
January 13 Friday
Whish you a lucky day !
尽管在前面我们使用chmod +x date将date设置为可执行，其实不设置也没有关系，但在Linux里执行它，需要先告诉系统它是一个可执行的脚本。
[beichen@localhost /]$ .date
Mr.beichen,Today is:
January 13 Friday
Whish you a lucky day !
即在date前面加上一个点”.”，并且用空格与后面的shell脚本的文件名隔开。当然，不推荐这样做。
二、shell参数
如同ls 命令可以接受目录等作为它的参数一样，在shell编程时同样可以使用参数。Shell有位置参数和内部参数。
1、 位置参数
由系统提供的参数称为位置参数。位置参数的值可以用$N得到，N是一个数字，如果为1，即$1.类似C语言中的数组，Linux会把输入的命令字符串分段并给每段进行标号，标号从0开始。第0号为程序名字，从1开始就表示传递给程序的参数。如$0表示程序的名字，$1表示传递给程序的第一个参数，以此类推。
2、 内部参数
上述过程中的$0是一个内部变量，它是必须的，而$1则可有可无。和$0一样的内部变量还有以下几个。
$# ----传递给程序的总的参数数目
$? ----上一个代码或者shell程序在shell中退出的情况，如果正常退出则返回0，反之为非0值。
$* ----传递给程序的所有参数组成的字符串。
下面举例进行说明：
建立一个内容为如下的程序P1:
echo “Program name is $0”
echo “There are totally $# parameters passed to this program”
echo “The last is $?”
echo “The parameters are $*”
执行后的结果如下：
[beichen@localhost bin]$ P1 this is a test program //传递5个参数
Program name is /home/beichen/bin/P1 //给出程序的完整路径和名字
There are totally 5 parameters passed to this program //参数的总数
The last is 0 //程序执行结果
The parameters are this is a test program //返回有参数组成的字符串
下面我们利用内部变量和位置参数编写一个名为del的简单删除程序：
#name: del
#author: liangnian
#this program to compress a file to the stbin
if test $# -eq 0
then
echo “Please specify a file!”
else
gzip $1 //先对文件进行压缩
mv $1.gz $HOME/stbin //移动到回收站
echo “File $1 is deleted !”
fi
三、变量表达式
在上面我们编写的小程序中我们用到了一个关键字test，其实它是shell程序中的一个表达式?D?D比较(test)。通过和shell提供的if等条件语句(后面我们会介绍)相结合我们可以方便的完判断。
其用法如下：
test 表达式
表达式所代表的操作符有字符串操作符、数字操作符、逻辑操作符以及文件操作符。其中文件操作符是一种shell独特的操作符，因为shell里的变量都是字符串，为了达到对文件进行操作的目的，于是才提供了这样的一种操作符。
1、 字符串比较
作用：测试字符串是否相等、长度是否为零，字符串是否为NULL(注：bash区分零长度字符串和空字符串)
常用的字符穿操作符有：
= 比较两个字符串是否相同，同则为“是”!= 比较两个字符串是否相同，不同则为“是”
-n 比较字符串长度是否大于零，如果大于零则为“是”
-z 比较字符串的穿度是否等于零，如果等于则为“是”
2、 数字比较
这里区别于其他编程语言，test语句不使用>?类似的符号来表达大小的比较，而是用整数式来表示这些。
-eq 相等
-ge 大于等于
-le 小于等于
-ne 不等于
-gt 大于
-lt 小于
3、 逻辑操作! 反：与一个逻辑值相反的逻辑值
-a 与(and)：两个逻辑值为“是”返回值才为“是”，反之为“否”
-o 或(or)：两个逻辑值有一个为“是”，返回值就为“是”
4、 文件操作
文件测试表达式通常是为了测试文件的信息，一般由脚本来决定文件是否应该备份、复制或删除。由于test关于文件的操作符有很多，我们只列举一些常用的。
-d 对象存在且为目录返回值为“是”
-f 对象存在且为文件返回值为“是”
-L 对象存在且为符号连接返回值为“是”
-r 对象存在且可读则返回值为“是”
-s 对象存在且长度非零则返回值为“是”
-w 对象存在且可写则返回值为“是”
-x 对象存在且可执行则返回值为“是”
file1 ?Cnt(-ot) file2 文件1比文件2新(旧)
四、循环结构语句
shell常见的循环语句有for循环、while循环、until循环
for 循环
语法：for 变量 in 列表
do
操作
done
注：变量是要在循环内部用来指代当前所指代的列表中的那个对象的。
列表是在for 循环的内部要操作的对象，可以是字符串也可以是文件，如果是文件则为文件名。
例：删除垃圾箱中的所有.gz文件
#delete all file with extension of “gz” in the stbin
for I in $HOME/stbin/*.gz
do
rm ?Cf $i
echo “$i has been deleted!”
done
执行结果如下：
[beichen@localhost bin]$.f_rmgz
/home/beichen/stbin/nessus-4.0.0.2.tar.gz has been deleted!
/home/beichen/stbin/gftp-2.2.1.tar.gz has been deleted!
6. 学生信的那些事儿之七 - Linux基础之Shell脚本编程
沿着前面的轨迹，接下来是Linux中shell脚本的学习。这对于生信工程师后续处理大量 (海量更合适些) 数据是非常非常重要的，但是同样的，作为一个有点古板的人，对于"脚本"是什么意思我都死磕了好久。主要觉得有些抽象，尤其是跟生信的同事讨论项目分析部分的问题时，他们经常会说道这个词，在他们意识里这是个不言自明的术语，殊不知对外行人而言 (比如我)，那简直就是无情的"知识的诅咒"。经常是我假装听懂了，然后继续讨论下面的问题，形成一个模糊的印象。
网络上的解释是：脚本（Script）是一种批处理文件的延伸，是一种纯文本保存的程序，一般来说的计算机脚本程序是确定的一系列控制计算机进行运算操作动作的组合，在其中可以实现一定的逻辑分支等。不知道你能不能看懂，反正我开始的时候真是一知半解。
鸟哥私房菜的解释是：shell script是利用 shell 的功能所写的一个"程序"，这个程序是使用纯文本文件，将一些shell的语法与命令(含外部命令)写在里面，搭配正则表达式、管道命令与数据流重定向等功能，以达到我们所想要的处理的目的。不明觉厉，好像更看不懂了···
Jude 的简单粗暴大白话解释是：脚本就是Linux中很多命令按照一定规则的组合，以实现某个特定的功能。Linux中有很多简单的命令，往往只是进行了简单的对话，比如 cd 就是进入到某个目录，简单直接。但是如果我想进入某个目录A，然后在目录A中创建目录B，再在目录B中创建文本C呢？当然可以一步一步操作，如果想要一步到位呢，那就可以用脚本，把三个命令写在一起，一起执行。好像有点啰嗦···
或者从英语的角度去理解，脚本的对应英文是Script，而这个单词的中文释义中还有剧本的意思。剧本就好理解了啊，剧本就是导演(生信工程师)基于某个主旨(要实现的目标)按照一定的手法(规则)所写的一个故事。不管是哪个演员，都得按照剧本演。所以，学好英语对于生信也是有帮助的~
按照脚本的复杂程度可以分为：
这个无需多说，其实就是若干个简单命令的顺序排列，执行脚本后会按照命令的前后关系从前往后一一执行。
相对于简单的基本脚本，结构化的命令脚本可以施加逻辑流程控制，从而改变程序(命令)执行的顺序。基本脚本中的命令就是从上往下执行，但是结构化的命令脚本可以根据逻辑判断重复或者跳过某些命令。
常用的结构化命令(语句)有：
后面还有什么嵌套循环啊啥的，不过我觉得上面的7中命令学到家了，应该可以应付大部分在生信分析里面的应用了。
记得高中的时候，物理老师(也是班主任)在给我们讲解习题时有个有意思的套路：不管什么难题现在下面写个"答："，以示自己解决问题的决心，也是一种正向的心理暗示。脚本编写也是有套路的，不过总的来说还是比较简单。
对于简单的脚本(超级简单的那种)，直接几个命令连在一起即可，中间用"；"隔开。
对于更长更复杂的脚本，一般需要创建一个文本，并在里面编辑。这就涉及到了文本编辑器，比较常用和简单的一般有nano和vim，实在很简单，规则也容易理解，教程随手可得，不多说。
比如用vim创建了一个脚本之后，具体的语法(套路)：
ok，脚本写完了，怎么让脚本开始工作呢？这有涉及到之前讲过的环境变量和相对路径、绝对路径了。方法有三：
就这么多吧，应该有点感觉到了，剩下的就是狂练狂练了~
7. Linux Shell 脚本编程最佳实践
IT路边社
前言
与其它的编码规范一样，这里所讨论的不仅仅是编码格式美不美观的问题， 同时也讨论一些约定及编码标准。这份文档主要侧重于我们所普遍遵循的规则，对于那些不是明确强制要求的，我们尽量避免提供意见。
编码规范对于程序员而言尤为重要，有以下几个原因：
本文档中的准则致力于最大限度达到以下原则：
尽管本文档涵盖了许多基础知识，但应注意的是，没有编码规范可以为我们回答所有问题，开发人员始终需要再编写完代码后，对上述原则做出正确的判断。
注 ：未明确指明的则默认为必须（Mandatory）
主要参考如下文档:
仅建议Shell用作相对简单的实用工具或者包装脚本。因此单个shell脚本内容不宜太过复杂。
在选择何时使用shell脚本时时应遵循以下原则：
可执行文件不建议有扩展名，库文件必须使用 .sh 作为扩展名，且应是不可执行的。
执行一个程序时，无需知道其编写语言，且shell脚本并不要求具有扩展名，所以更倾向可执行文件没有扩展名。
而库文件知道其编写语言十分重要，使用 .sh 作为特定语言后缀的扩展名，可以和其他语言编写的库文件加以区分。
文件名要求全部小写, 可以包含下划线 _ 或连字符 - , 建议可执行文件使用连字符，库文件使用下划线。
正例:
反例：
源文件编码格式为UTF-8。避免不同操作系统对文件换行处理的方式不同，一律使用 LF 。
每行最多不超过120个字符。每行代码最大长度限制的根本原因是过长的行会导致阅读障碍，使得缩进失效。
除了以下两种情况例外：
如出现长度必须超过120个字符的字符串，应尽量使用here document或者嵌入的换行符等合适的方法使其变短。
示例：
除了在行结束使用换行符，空格是源文件中唯一允许出现的空白字符。
对从来没有用到的或者被注释的方法、变量等要坚决从代码中清理出去，避免过多垃圾造成干扰。
Bash 是唯一被允许使用的可执行脚本shell。
可执行文件必须以 #!/bin/bash 开始。请使用 set 来设置shell的选项，使得用 bash echo "Process $: Done making $$$."
# 示例7：命令参数及路径不需要引号 grep -li Hugo /dev/ "$1"
# 示例8：常规变量用双引号，ccs可能为空的特殊情况可不用引号 git send-email --to "${reviewers}" ${ccs:+"--cc" "${ccs}"}
# 示例9：正则用单引号，$1可能为空的特殊情况可不用引号 grep -cP '([Ss]pecial||?characters*) ${1:+"$1"}
# 示例10：位置参数传递推荐带引号的"$@"，所有参数作为单字符串传递用带引号的"$*" # content of t.sh func_t { echo num: $# echo args: 1:$1 2:$2 3:$3 }
func_t "$@" func_t "$*" # 当执行 ./t.sh a b c 时输出如下： num: 3 args: 1:a 2:b 3:c num: 1 args: 1:a b c 2: 3:
使用 $(command) 而不是反引号。
因反引号如果要嵌套则要求用反斜杠转义内部的反引号。而 $(command) 形式的嵌套无需转义，且可读性更高。
正例：
反例：
条件测试
使用 [[ ... ]] ，而不是 [ , test , 和 /usr/bin/[ 。
因为在 [[ 和 ]] 之间不会出现路径扩展或单词切分，所以使用 [[ ... ]] 能够减少犯错。且 [[ ... ]] 支持正则表达式匹配，而 [ ... ] 不支持。参考以下示例：
尽可能使用变量引用，而非字符串过滤。
Bash可以很好的处理空字符串测试，请使用空/非空字符串测试方法，而不是过滤字符，让代码具有更高的可读性。正例：
反例：
正例：
反例：
正例：
反例：
文件名扩展
当进行文件名的通配符扩展时，请指定明确的路径。
当目录中有特殊文件名如以 - 开头的文件时，使用带路径的扩展通配符 ./* 比不带路径的 * 要安全很多。
应该避免使用eval。
Eval在用于分配变量时会修改输入内容，但设置变量的同时并不能检查这些变量是什么。反例：
请使用进程替换或者for循环，而不是通过管道连接while循环。
这是因为在管道之后的while循环中，命令是在一个子shell中运行的，因此对变量的修改是不能传递给父shell的。
这种管道连接while循环中的隐式子shell使得bug定位非常困难。反例：
如果你确定输入中不包含空格或者其他特殊符号（通常不是来自用户输入），则可以用for循环代替。例如：
使用进程替换可实现重定向输出，但是请将命令放入显式子 shell，而非 while 循环创建的隐式子 shell。例如：
总是检查返回值，且提供有用的返回值。
对于非管道命令，使用 $? 或直接通过 if 语句来检查以保持其简洁。
例如：
当内建命令可以完成相同的任务时，在shell内建命令和调用外部命令之间，应尽量选择内建命令。
因内建命令相比外部命令而言会产生更少的依赖，且多数情况调用内建命令比调用外部命令可以获得更好的性能（通常外部命令会产生额外的进程开销）。
正例：
反例：
加载外部库文件不建议用使用.，建议使用source，已提升可阅读性。正例：
反例：
除非必要情况，尽量使用单个命令及其参数组合来完成一项任务，而非多个命令加上管道的不必要组合。常见的不建议的用法例如：cat和grep连用过滤字符串; cat和wc连用统计行数; grep和wc连用统计行数等。
正例：
除特殊情况外，几乎所有函数都不应该使用exit直接退出脚本，而应该使用return进行返回，以便后续逻辑中可以对错误进行处理。正例：
反例：
推荐以下工具帮助我们进行代码的规范：
原文链接：http://itxx00.github.io/blog/2020/01/03/shell-standards/
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一键设置iptbales脚本
8. Linux如何编写shell脚本
一般以#!/bin/sh开头（不是必须要写，但一定要单独一行），指定执行这个脚本的shell程序（也可以用#!/bin/zsh或其他），然后就是堆命令了。
Linux的shell脚本支持很多功能，加上Linux高度模块化的命令，完全可以用shell脚本写出复杂的程序。
以上只是简单介绍如何开始写shell脚本，如果要写复杂的脚本，还需要深入学习相关知识（如if——fi、case——esac等结构）。
当然，还需要给脚本加上可执行权限(chmod +x ./file.sh），否则可以用sh ./file.sh方式执行脚本（这里的sh是执行脚本所需shell，命令也可以是zsh ./file.sh或其他）。
整个shell脚本，其实就相当于你在终端输入的一系列命令，如果想在shell里做什么，就先想想在终端可以做什么吧，字符的的连接，就是直接用 "" 双引号，输出，变量定义无 $ 符号，但是使用时一定要加上 $ 符号。
"=" 赋值符号，两边一定不能有空格，这和其他语言有区别，尤其是你还有自己代码美观风格时特别注意，否则会报语法错误！
for 中的数组内容是以 " " 空格分隔，而非 "," 逗号分格。
条件判断 [ true ] 中括号 后面需要有一个空格，但是两个中括号之间不能有空格如 [[ true ]]。
while 条件判断可以用 () 括号，也可以用 [[ ]] 中括号。
如果用windows写shell,一定要注意换行符格式 而非 ， 需要借助一些编辑器(如notepad++)更改换行符格式！
9. 三个简单Linux的shell脚本程序编写
shell脚本和windows平台上的bat批处理是一样的，简化用户处理重复动作的操作，shell脚本由shell命令组成。
工具/原料
vim
ubuntu
方法/步骤
新建一个文件shell脚本一般用×.sh作为后缀当然勇气他的也可以。打开终端输入touch
first.sh
新建一个名为first的shell脚本。
编写一个简单的linuxshell脚本
使用vim
编辑first.sh也可以用其他的文本编辑器，推荐使用vim
使用命令
vim
first.sh打开，输入i进入编辑模式。
编写一个简单的linuxshell脚本
我们写入一个简单的shell脚本，注意第一行的代码解释器的指定，这里使用的是/bin/bash/
解释器
也可用其他的根据个人情况自己选择。
脚本解释：
echo
//显示一串字符并自动换行
read
NAME
//从屏幕获取一段字符，并赋予NAME
$NAME
//取NAME变量的值
#
//只用一个#表示注释文本
编写一个简单的linuxshell脚本
文件写完后按下esc键
退出插入模式，接着输入：wq
保存文本并退出文本编辑。
编写一个简单的linuxshell脚本
输入sh
+
脚本名称
运行脚本，或给文件可运行权限
chmod
+x
然后输入./first.sh运行脚本。