biolinux

⑴ putty连接不上

请提供你的linux 版本，以及你linux /etc/hosts.allow 的内容
network error: connection refused
不是你使用putty的问题,连接被拒绝可能是因为你要ssh/telnet的系统做过安全设置,比如限定某些特定IP才能登录,最好先在linux系统中查查有没有类似的设定

有没有试过从linux ping xp，，不知道能不能通？

首先检查系统ssh服务是否启动
#ps -ef |grep sshd 看看有没有进程,没有的话就
#/etc/rc.d/init.d/sshd start
如果没有被启动说明没有装载，需要重新下载并安装

在/etc/目录下设置hosts.allow与hosts.deny
优先级为先检查hosts.deny，再检查hosts.allow,后者设定可越过前者限制，
你既然是一个电脑上的，你就设置hosts.allow就可以了
在文尾添加
ALL:ALL

再试一试，还不行的话-----再说

⑵ 学习生物信息学，需要配置怎样的电脑呢

首先的问题的是，我们需要什么样的计算机。

关于硬件：

需要至少4G内存，最好可以达到16G以上内存；

至少500G硬盘空间。通常一个RNA-seq的数据量为20G左右，如果再加上分析之后的结果，可能达到50G，所以即使你有500G的空间，也分析不了几组数据。所以硬盘空间越多越好，比如说2TB或者使用高速网络存贮界质。

CPU，至少2核。因为你在运行程序时，通常100%占到CPU，如果没有2核，计算机多半会假死在那里。如果有8核，或者以上更好。

GPU，很多程序开始使用GPU运算，如果能有好的GPU显卡，也是推荐的，但不是必须的。

为了达到以上的条件，入门极的比如说Mac Pro。进阶级的就是独立server，高级的是supercomputer clusters，支持qsub之类的。或者可以购买云计算服务。

对于操作系统，在工作站方面，推荐Mac OS。它运行稳定，与LINUX同源。需要下载安装Xcode和wget就可以了。当然你还可以很方便的安装office办公软件，以及photoshop，AI等工具。最后安装好R/Bioconctor，就可以开始工作了。如果买了兼容机，可以安装上Linux/UNIX系统。它在安装上R/Bioconctor之后基本上就可以了。它的缺点是办公软件，绘图软件的安装。最差的就是Windows了。需要安装比如GCC编译器，make工具,mingw64, perl, zip/unzip, tar, wget, ghostscript等等。

有了软件及硬件，接下来的工作就是了解一些常识以武装你的大脑，这是整个运行环境中最重要的一环。首先，你需要学习了掌握UNIX常用命令，并且不反感字符界面。其次学会安装，设置及构建网络服务，比如apache的websever，以及mysql的数据库服务。第三安装及设置一个Galaxy。当然，第二步及第三步可能会有难度，可以先使用Galaxy本身的服务，但是它有很多限制，所以最好还是自己安装一个比较好。第四步，学习一门计算机语言，比如c, python, ruby, java等，还有一门脚本式语言工具，比如perl。第五步，学习使用R/Bioconctor。第六步，统计学。

至此，你的NGS分析环境就设置完成了。如果快的话，你可以两三个月就设置完成，达到起步的阶段，之后就是漫长的学习过程。慢的话，四年本科也不一定学到多少。

⑶ linux 2.6的shell脚本中如何kill掉 sleep进程

你是说找到系统中所有名字为sleep的进程ID，并且杀死它们，是吗？

我没有LINUX平台测试，我使用的HP-UX，下面的代码你可能需要适当调整才可以使用。

下面的命令可以找出系统中的所有进程：
ps -e

要查找所有名称为sleep的经常，有的系统可以给ps使用-n参数，例如：
ps -n sleep

但是通用一点的办法是在ps -e的结果里面grep，下面的命令即可：
ps -e | grep sleep

前面的ps命令输出了进程的ID、终端等信息，如果只需要ID内容，可以使用cut -c来获取，例如：
ps -e | cut -c1-6

获取上面输出的所有PID到内存变量的shell语句是：
pids=`ps -e | cut -c1-6`

⑷ 不用Windows系统可以使用biolinux吗

可以呀
你想用什么都行。
只不过win使用人数比较多，普及比较广。

⑸ colinux用putty登陆失败

把SSH装上试试
具体如何装我也不清楚,因为不同版本的linux的安装方式是不一样的,不过具休的步骤都可以上网找得到的.
安装之后一般是不需要做什么修改的.但听说有的版本还是要进行配置的,因为它不允许root用户进行远程登录

有什么问题可以Email:[email protected]

⑹ win8 环境下安装biolinux双系统

Step 1
在Windows操作系统下，清空某个硬盘分区，或从已有的分区中分割出新分区。Ubuntu将安装在这个分区中。可以使用一些知名磁盘工具软件（分区助手、DiskGenius等）来分割新区。
示例：

如上图所示，C盘是Win8.1的系统盘，E盘是我从原本的C盘中分割出的新分区（在使用工具进行分割时，可以不把分割出的空间作为新分区，因为我们要获得的是一块未被使用的空间）。
Step 2
确定空白分区后，删除该分区，使其在Windows资源管理器中不可见。
可以通过右键点击“这台电脑”图标，进入“管理”功能的“磁盘管理”界面，选择空白分区，右键“删除卷”。

上图是对E盘执行“删除卷”操作前的磁盘状态。
下图是对E盘执行“删除卷”操作后的磁盘状态：

现在，在Windows操作系统下，原先的E盘已不可见，且不可使用。资源管理器中只剩下C盘：

Step 3
在Windows操作系统下安装EasyBCD这款软件。安装成功后，打开软件，显示语言选择“简体中文”。
在左侧工具列表中选择“添加新条目”，在右侧功能区选择右上角的“NeoGrub”选项卡，点击“安装”按钮。如下图所示：

安装后，点击“配置”按钮，会打开一个名为“menu.lst”的记事本文件。清空文件内容，写入下面的文字：
title Install Ububtu
root (hd0,0)
kernel (hd0,0)/vmlinuz.efi boot=casper iso-scan/filename=/ubuntu-14.04-desktop-amd64.iso ro quiet splash locale=zh_CN.UTF-8
initrd (hd0,0)/initrd.lz
如下图所示，注意空格：

注意1：文件第2、3、4行出现的“(hd0,0)”指向的是当前系统盘的位置，我这里是C盘。但假如C盘并非首个分区，而是第二个，需要修改为“(hd0,1)”，依此类推。
注意2：文件第三行，“ubuntu-14.04-desktop-amd64.iso”是我的Ubuntu系统镜像的文件名，将其修改为你的。
注意3：文件第三行出现了“vmlinuz.efi”，由于我安装的Ubuntu是64位操作系统，此处必须是“vmlinuz.efi”，不能缺少扩展名。
Step 4
使用压缩工具打开Ubuntu镜像文件，将“.disk”文件夹和casper文件夹内的“initrd.lz”和“vmlinuz.efi”文件复制到C盘根目录，再将Ubuntu系统镜像文件复制到C盘根目录：

Step 5
重启计算机，在启动界面看到操作系统选择项，选择“NeoGrub引导加载器”：

之后出现Ubuntu选择界面，选择“Install Ubuntu”。

注意：此处有可能出现“File not found”错误：

原因一般是在之前的“menu.lst”文件内的参数没有配置好，但不需要重启计算机进行设置，因为启动界面已经给我们临时修改参数的方法：

依然选择“InstallUbuntu”，按键盘e进入修改界面：

对上图中的三处“(hd0,0)”进行修改，前面的0代表是第几块硬盘，“0”代表第一块；后面的0代表是某块硬盘内的第几个分区。此处的修改方法也已经给出，键盘e修改，键盘d删除，键盘b确认并启动：

注意：Win7、Win8系统在安装时，默认会在系统盘之前创建一个几百兆大小的系统专用分区，所以如果C盘是系统盘，此处参数一般是“hd(0,1)”
Step 6
成功进入Ubuntu试用界面后，桌面上有两个文件。
按Ctrl+Alt+T打开终端，输入“sudo umount –l /isodevice”，取消光盘驱动器挂载，否则在后面安装过程中可能会无限卡进度：

注意：注意空格，而且“-l”中的“l”是大写字母“L”的小写形态。不是数字1，也不是字母“i”。
Step 7
双击桌面图标“安装Ubuntu14.04 LTS”，开始安装Ubuntu。
如果你连接了网络，可以选择“安装中下载更新”，会延长安装时间，也可以在安装完Ubuntu系统后再下载安装更新。
在“安装类型”界面会有多个安装选项：

如果选择第一项，Ubuntu会自动进行分区安装，之后与Windows操作系统共存为双系统。对分区没有细致要求的用户选择此项即可，本教程即可直接跳过步骤Step7、Step8。如果要自定义分区，选择“其它选项”。此处，我选择“其他选项”。
下图显示的是我们整个硬盘的分区状态：

我们要将Ubuntu安装在“空闲”分区内。选择“空闲”分区，再点击左下方红线处的加号，进行分区。
关于Linux的分区挂载，很多带有定势思维的Windows用户还在理解的道路上艰难爬行，分区不是本文重点，此事应当阅读关于Linux分区的专业文章。
根目录“/”是必须存在的，可以分8G给“/”。
交换分区swap不是必须存在的，可以不给其分配空间，这同样意味着，你可以将所有空间分给“/”。
“/boot”不是必须存在的，如果你的硬盘是Ubuntu单系统，推荐为其分配空间，一般小于200M，并且将它设置为第一分区；如果你的硬盘不是单系统，而是像本文所述的双系统，不必分配空间。
“/home”用于保存用户的文件，如果你要向其中保存大量数据，需要分配较多空间。
“/user” 主要用于保存应用程序文件，如果你要安装很多程序，需要分配较多空间。可以考虑为其分配最大空间。
分区时需要选择文件系统类型，选择“Ext4”即可。
注意：如果你的内存较小，交换分区大小应该超过物理内存大小，但要小于物理内存大小乘以2；如果你的内存足够大，交换分区分配1G到2G即可，甚至可以不分配。但如果你要安装一些强制需要交换分区的软件，则必须进行分配，如果你不确定以后安装的某款软件是否强制需要交换分区，最好进行分配，一般1G即可。
Step 8
分区完成后，开始安装。
如果你没有分配交换空间，系统会给出提示，跳过即可。
安装完成后，选择重启。如果一切正常，可以看到如下图所示的Ubuntu样式的启动项选择界面：

上图可以看出，Win8.1已经成功安装。
Step 9 收尾工作
在系统启动界面，Win8.1系统处于最后一项，如果需要让Win8.1处于第一项，可以这样设置：
1、进入Ubuntu系统。
2、Ctrl+Alt+T打开终端，输入“sudo nautilus”，以root权限打开资源管理器。
3、找到“30_os-prober”文件，将其名称修改为“06_os-prober”即可：

进入Windows系统，清除C盘下之前复制的文件。
打开EasyBCD，在之前的“添加新条目”功能中，点击“删除”按钮，清除“NeoGrub”引导。

⑺ 惠普笔记本装ubuntu（win7下；准确的说是一个叫biolinux的系统，基于ubuntu12.04），无法进入ubuntu系统

丫的这用的是grub4dos（基于grub的）啊，ubuntu默认用的都是grub2了啊。问题是没有启动菜单。
解决方法有：
一、grub命令行启动ubuntu（进入上面的命令行）：
kernel (hd0,x)/boot/vmlinuz-xx ro root=/dev/hdax splash
initrd (hd0,x)/boot/initrd-xx
boot

上面的xx可用TAB补齐，x看ubuntu安装在那个分区号中的了（USB启动后挂在ubuntu的分区后可以：ls -l /dev/disk/by-label来查看x号，但这里的x如果小于4应该要-1，sdax不用-1）。
http://blog.csdn.net/computerms/article/details/7453211
二、把grub2作为默认的引导项：
用你的USB启动电脑，挂在ubuntu的系统分区到指定目录（如：/media/ubuntu，目录需要root权限(sudo)手动建立），终端执行（重新安装grub2）：sudo grub-install --root-directory=/media/ubuntu
重启后应该没有问题了。
重启后可在终端执行：sudo update-grub更新grub2启动菜单，自动查找win7的启动项。