ncbi数据库

❶ NCBI搜索all database看不到各个数据库有多少结果

OMIM数据库之父Victor Almon McKusick先生是位临床医生。该数据库的最原始的版本是一本叫MIM的遗传学书籍，后来挪到了网上，就加了一个“O”称为在线的人类孟德尔遗传学。所以OMIM数据库不同于其他的NCBI数据库。其设计之初是为临床医生提供在线浏览的服务，因此没有相应的序列下载服务。从另外一个角度来说，OMIM的每一条记录讨论的是某一个基因，而与这个基因相关的序列可能有几条，几十条甚至上百条的记录。 要解决你的问题，如果数量不多，例如50以内。建议你手工通过OMIM提供的RefSeq的链接获取。这个方法的优点是，你可以挑选你想要的序列（mRNA， DNA或Protein），消耗的时间上与编程差不多。 如果超过100，或需要反复做，就有编程的必要。你可以参考我提供的链接使用eUtils工具来获取序列。

❷ 浏览NCBI、ENA、DDBJ、BIGD这四个主要数据库,初步比较他们之间区别

浏览嗯，F B C E N D D D B的四个数据库，初步比较他们之间的区别，他们之间的区别是很大的，因为他们数据库之前的设置，不要说你走了之后的话要注意他们自己的。

❸ 整合在NCBI的PubMed、protein和nucleotide等二级数据库存储的对象分别为

文献
蛋白质序列
核苷酸序列

❹ NCBI有多少数据库，分别有什么作用

在生物医学信息学领域，数据库和服务的定义与计算机领域有很大的不同，如果要问NCBI过去，现在或将来会有多少数据库，恐怕连NCBI自己都说不清楚。要是一个一个数据库讲下来，9999个字肯定不够用。这里有一个列表供您参考http://www.ncbi.nlm.nih.gov/guide/all/。

NCBI的产生和发展是在美国和全球生物学高速发展，高通量数据急速产生，而缺乏有效的数据分析方法的背景下产生，起初它主要任务是数据的存储和查询。只不过其存储的数据大多以高通量数据为主，例如基因测序，基因组，SNP, 基因芯片,小分子化合物和GWAS数据等。这些数据的共享，极大地促进了生物信息学发展。

按照数据->样式->知识->智慧的发展模式，NCBI主要起到了一个为生物学家提供数据的角色。不过，NCBI目前也不断地在调整自己的角色。例如，生物医学文献。NCBI在从NLM继承过来的pubmed的基础，提供以PMC数据库为核心的全文文献服务。PubMed数据库应该是全球生物学家使用频率最高的数据库。NCBI最近对pubmed的改版，虽然没有实质性的改变，但其按照用户体验进行的修改，足见其对该数据库的重视。

另外，NCBI目前不断地在引入高学历生物学人才对其数据库的质量进行控制。以dbSNP为例，其正在通过与领域专家的合作将突变数据与人类表型数据进行关联。

总得来讲，NCBI的发展是与生物学高通量数据产生密切相关，它以经不在局限于提供数据存储与查询，其未来的发展必将发展为一个大型的、综合的知识库。到那时NCBI会不会免费，就要另当别论了。很显然没有人会将自己的手稿拱手让人。如果真有那么一天，不知道从中会产生多少专利和知识产权。

❺ ncbi embl和什么并称三大数据库

<a href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/" target="_blank">http://www.ncbi.nlm.nih.gov/</a>,是一个基因库，可以查询已知序列，还可以查找文章，登记序列等等，不管是筛选细菌还是做分子实验，都是很有用的网站

❻ ncbi基因组数据库包括了哪些文件

NCBI对BLAST进行了全新的改版，推出了最新的web BLAST report。在最新的BLAST比对结果页面中，“图形化概要(Graphic Summary)”、“具体描述(Descriptions)”以及“序列比对(Alignments)”等部分页面都可以展开和收起。此外，网页上还提供了“结果输出格式选项(Formatting)”和“结果下载选项(download)”，在下载选项中还新增了CSV格式下载。这样，读者可以轻松地将BLAST的比对结果输入到表格处理软件中去。另外，BLAST比对结果页面上的“Alignments”部分还提供了每一条命中序列在Entrez Gene中的相关信息，这些信息包括基因名称、来源物种以及在PubMed数据库中与该基因有关条目的数目等。

❼ 谁知道怎样在NCBI中找数据库

NCBI 分类学数据库（taxonomy database）不是分类学或系统发育信息的信息源（primary source），而且也没有自己的一套完整的分类学系统，相反它只是努力整合各种各样来源的系统发育和分类学的知识，包括发表的文献、基于网络的数据库、序列提交者的建议以及来自NCBI 外部的分类学专家。因此NCBI 的分类学数据库不是一个系统发育或分类学的“专家数据库”（Wheeler et al., 2000）。
获取序列所对应的分类学信息有两种方法。
一种方法，从NCBI 网站下载gi与taxid 对应表，在Taxonomy 数据库的ftp 地址下载。这个目录下有多个压缩文件，其中针对Windows 操作系统的两个针对蛋白质序列和核苷酸序列的压缩文件分别是gi_taxid_prot.dmp.gz 和gi_taxid_nucl.dmp.gz 文件。这两个文件都只有两列，左边为gi 号，右边为Taxid。由于这些文件非常大，因此用浏览器来打开这些文件几乎是不可能的。随着时间的推移，这两个文件会越来越大，不过速度不会是指数增长的，并且在美国东部时间的每个星期一2：00 am NCBI 会对其进行更新。
对于Windows 用户还有一个文件称为taxmp.zip 文件。文件解压缩后包括1 个*.prt 文件和6 个*.dmp 文件。Gencode.dmp 文件保存有不同的密码子表，与同目录的gc.prt 联合使用；merged.dmp 是保存有合并的taxid 号的对应表；nodes.dmp 是结点信息；division.dmp 是较大的几个分类；names.dmp 结点名称信息，每个id 对应多行。这些数据被Phylogenie 软件包中的blammer 程序用于构建进化树。
利用ftp 地址的连接利用Http 或ftp 方式将文件下载到本地，通过本地程序或脚本搜索文本，来建立gi 号与Taxid 之间的联系（图）。这种方法比较适合于在线服务的Web 形式的程序，通过在本地不断地及时更新程序就可以完成这项工作。
第二种方法是对Taxonomy 数据库进行API 分析。NCBI 用来保存Taxonomy信息的数据库名称为TAXON。

❽ NCBI是什么主要是做什么

NCBI (National Center for Biotechnology Information )是指美国国立生物技术信息中心。

理解自然无声但精妙的关于生命细胞的语言是现代分子生物学的要求。通过只有四个字母来代表DNA化学亚基的字母表，出现了生命过程的语法，其最复杂形式就是人类。

阐明和使用这些字母来组成新的"单词和短语"是分子生物学领域的中心焦点。数目巨大的分子数据和这些数据的隐秘而精细的模式使得计算机化的数据库和分析方法成为绝对的必须。挑战在于发现新的手段去处理这些数据的容量和复杂性，并且为研究人员提供更好的便利来获得分析和计算的工具，以便推动对我们遗传之物和其在健康和疾病中角色的理解。

基本研究

它的使命包括四项任务:

建立关于分子生物学，生物化学，和遗传学知识的存储和分析的自动系统。

实行关于用于分析生物学重要分子和复合物的结构和功能的基于计算机的信息处理的，先进方法的研究。

加速生物技术研究者和医药治疗人员对数据库和软件的使用。

全世界范围内的生物技术信息收集的合作努力。

NCBI通过下面的计划来实现它的四项目的:

NCBI有一个多学科的研究小组包括计算机科学家，分子生物学家，数学家，生物化学家，实验物理学家，和结构生物学家，集中于计算分子生物学的基本的和应用的研究。这些研究者不仅仅在基础科学上做出重要贡献，而且往往成为应用研究活动产生新方法的源泉。

他们一起用数学和计算的方法研究在分子水平上的基本的生物医学问题。

这些问题包括基因的组织，序列的分析，和结构的预测。目前研究计划的一些代表是:检测和分析基因组织，重复序列形式，蛋白domain和结构单元，建立人类基因组的基因图谱，HIV感染的动力学数学模型，数据库搜索中的序列错误影响的分析，开发新的数据库搜索和多重序列对齐算法，建立非冗余序列数据库，序列相似性的统计显着性评估的数学模型和文本检索的矢量模型。

另外，NCBI研究者还坚持推动与NIH内部其他研究所及许多科学院和政府的研究实验室的合作。

❾ 如何从ncbi上下载database

因此NCBI 的分类学数据库不是一个系统发育或分类学的“专家数据库”（Wheeler et al., 2000）。 获取序列所对应的分类学信息有两种方法。 一种方法，从NCBI 网站下载gi与taxid 对应表，在Taxonomy 数据库的FTP 地址下载。这个目录下有多个压缩文件，其中针对Windows 操作系统的两个针对蛋白质序列和核苷酸序列的压缩文件分别是gi_taxid_prot.dmp.gz 和gi_taxid_nucl.dmp.gz 文件。这两个文件都只有两列，左边为gi 号，右边为Taxid。由于这些文件非常大，因此用浏览器来打开这些文件几乎是不可能的。随着时间的推移，这两个文件会越来越大，不过速度不会是指数增长的，并且在美国东部时间的每个星期一2：00 am NCBI 会对其进行更新。 对于Windows 用户还有一个文件称为taxmp.zip 文件。文件解压缩后包括1 个*.prt 文件和6 个*.dmp 文件。Gencode.dmp 文件保存有不同的密码子表，与同目录的gc.prt 联合使用；merged.dmp 是保存有合并的taxid 号的对应表；nodes.dmp 是结点信息；division.dmp 是较大的几个分类；names.dmp 结点名称信息，每个id 对应多行。这些数据被Phylogenie 软件包中的blammer 程序用于构建进化树。 利用ftp 地址的连接利用Http 或ftp 方式将文件下载到本地，通过本地程序或脚本搜索文本，来建立gi 号与Taxid 之间的联系（图）。这种方法比较适合于在线服务的Web 形式的程序，通过在本地不断地及时更新程序就可以完成这项工作。 第二种方法是对Taxonomy 数据库进行API 分析。

❿ NCBI选择数据库

原理很简单后者是前者的子集。chromosome只包含所有已经测序的基因组数据。估计你的序列可能只是在高等生物中保守，所以才会出现选择chromosome数据库时相似数量下降非常多。

在做BLAST的时候，我们通常需要根据不同的目的选择不同的数据库。例如，要看一下测的序列是不是子集所期望的序列，以及，那nr数据库是最好的选择。至于以谁为准，因需要解决的问题而异。读一下blast每个数据库的定义，对于你选择数据库最有帮助。有一个基本原则是：nr数据库可以满足绝大多数的需求。少数特殊需求可以通过其他数据库完成，例如最近30天内的更新序列，搜索新基因这是必查的；题目中的chromosome数据库是只包含了全基因组或全染色体的数据。详参NCBI Blast说明。

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/blastcgihelp.shtml#nucleotide_databases