上海有机所数据库

❶ 请问如何测定和计算化合物的脂水分配系数（Log P)

摘要：介绍了网上数据库查询接口的实现方法以及上网的log P数据库的库结构和查询方法。
关键词：Web，数据库，log P
中图分类号：O 639

Construction of log P Database on Web

LI Jian-Feng YANG Shuo YUAN Shen-Gang ZHENG Chong-Zhi
(Laboratory of Computer Chemistry, Shanghai Institute of Organic Chemistry, Chinese Academy of Sciences, Shanghai 200032)

Abstract：Some methods to implement query on Web are compared. A log P database and its query interfaces are introced.
Key words：Web, database, log P

1 前言

随着数据采集和测试技术的进步，科学家拥有大量数据，但这仍然不能满足所有数据需要，于是共享数据就成为人们的要求。由于Internet的普及，借助网络来实现数据共享成为一种现实可行的方法。这里我们介绍将lop P数据通过ASP编程实现共享的工作。

2 网上查询的实现

实现网上查询的方法不只一种，常用的有公共网关接口（Common Gateway Interface, CGI），Internet服务应用程序接口（Internet Server Application Program Interface,ISAPI）〔1〕以及活动服务页面（Active Server Page，ASP）。CGI历史久，开发快，但功能简单，运行效率低。ISAPI功能强，运行效率高，但开发和调试复杂。因此本数据库的查询选择ASP编程实现，并在服务器上运行查询脚本完成查询。ASP是微软将标准的HTML文件拓展了一些附加特征形成的，它可以象标准的HTML文件一样包含HTML对象并且在任何一个浏览器上解释并显示。较之其它WWW网络接口编程方法，如CGI，ISAPI等，ASP具有简单易实现，并且功能强，可扩展性好的特点。任何可以放在HTML中的对象如客户端脚本甚至客户端ActiveX控件等等都可以放在ASP中，同时一个ASP可以包括服务器端脚本，利用它可以动态地创建网页。为了加强功能，方便开发，ASP提供了一些组件对象。除此而外，ASP还可以用另外的元素来扩展。例如当标准的ActiveX组件不能满足需求，程序员可以不加限制的拓展ActiveX组件。
ASP与传统的客户/服务器模型不同之处在于它属于三层结构，除了客户端和服务器端的数据库外，还包含了一个中间件，图1是该模型的示意图。引入中间件的优势在于客户端的查询界面开发可以作到开发一次普遍适用，减少客户端软件的开发工作，统一不同客户端的查询界面。在数据库应用中，中间件通过在Web服务器上用ADO编程实现功能。ADO提供了多种数据库连接接口，其中OLE DB是适用性最强的接口，适用于多数数据库，并且具有较好的性能。

图1 三层结构模型

3 数据库介绍

有机化合物在正辛醇和水两相间的分配系数的对数lop P是被普遍接受的有机化合物疏水性的量度，在QSAR研究中扮演了重要的角色，已经被广泛地应用于生物化学、药学以及环境化学等领域。将lop P数据共享是有意义的。

图2 log P数据库的精确查询界面
Fig.2 The general query interface of log P database

图3 log P数据库的模糊查询界
Fig.3 Condition query interface of log P detabase

该log P数据库建在ACCESS数据库上，包括LogPBase和Reference两张表。在Log P Base表中包含字段主要有：化合物名、分子式、CA序列号、log P值、pH值、分子量、参考文献号、备注等，共16773条记录。这是该数据库的核心表。Reference表是参考文献表，包含的字段有：参考文献号，参考文献描述，共1960条记录。在一般的查询中，人们所知道的往往是化合物名，CA序列号，以及关心的log P值，pH值和分子量，因此对这几个字段提供精确查询，程序将严格根据输入的数据进行查询。而在另外一些时候，人们关心log P值、pH值或分子量在某一范围的化合物，对此，本数据库还提供了另一种查询方式——模糊查询。使用这种查询方法时，查询输入值可以是log P值、pH值和分子量3个指标的一个值的范围，并且对于这3个指标的查询条件可以进行与、或、非组合查询，限制查询。在两种查询方式下，程序提供了良好的容错机制，允许部分查询条件为空。考虑到国内网络速度较慢的情况，如果查询结果较多时，可以选择分页显示，减少一次数据的传输量，减少用户的等待时间。

国家计委“九五”攻关项目(96-547-01-01)、国家自然科学基金会(29573148，29872048)资助
作者单位：荔建锋（上海有机化学研究所，中国科学院计算机化学开放实验室 上海 200032）
杨铄（上海有机化学研究所，中国科学院计算机化学开放实验室 上海 200032）
袁身刚（上海有机化学研究所，中国科学院计算机化学开放实验室 上海 200032）
郑崇直（上海有机化学研究所，中国科学院计算机化学开放实验室 上海 200032）

参考文献

〔1〕Trent J. Clemens J. ISAPI实用技术指南. 朱玉山，王晓冬, 译. 北京:清华大学出版社，1998
〔2〕Mark Swank,Drew Kittel.王建华，高杏生，等译.World Wide Web 数据库开放人员指南.北京：机械工业出版社，1998

❷ 查合成有机化合物的数据库有哪些

收费的两个（具有主动直接性，目标很明确，呵呵）：
Scifinder 和 Beilstein
可以互联网上看的推荐几个（有点大海捞针咯）：
上海有机所专业数据库
drug furture
小木虫

希望有所帮助

❸ 姚建华的上海有机所研究员

1981年9月至1984年7月：上海科技大学分部（现上海大学），计算机技术系。
1984年12月至1993年3月：技术员，助理工程师(中科院上海有机所，第八、十研究室)，主要从事仪器智能化工作。
1993年3月至目前：工程师，副研究员(中科院上海有机化学研究所，计算机化学和化学信息学实验室)主要从事计算机化学方法和应用研究工作。
1997年10月至2000年7月：法国巴黎第七大学，拓扑及系统动力学研究所，攻读并取得计算机和理论化学专业博士学位。 Publications（1989）
盛怀禹，何永海，王执中，陈耀焕，刘仁忠，屠铁城，王岐中，袁身刚，“磷酸酯及膦酸酯化学键的辐射稳定性研究”，辐射研究与辐射工艺学报，7（1989），42。
王曙光，潘道皑，袁身刚，“氢氰酸、异氰酸与水氢键的量子化学研究”，物理化学学报，5（1989），438。 Publications（1990）
袁身刚，赵霞，曾繁友，郑崇直，“一种新的化学结构拓扑编码方法”，化学通报，1990，No.7，60。
彭琛，袁身刚，郑崇直，“一种化学结构中碳骨架与官能团的高效识别方法”，科学通报，35（1990），1241。 Publications（1999）
袁琼，袁身刚，柴鸽庆，张世相，郑崇直，含氟新农药的构效关系研究I.经典QSAR分析，化学学报，1999，57，100-107
袁琼，袁身刚，柴鸽庆，张世相，郑崇直，含氟新农药的构效关系研究II.三维定量构效关系分析，化学学报，1999，57，108-116
王可，袁身刚，范波涛，郑崇直，A.PANAYE，J.P.DOUCET，反应知识的层次模型，计算机与应用化学，16(1999)，49-53
王映红，姚建华，袁身刚，徐常富，1H与13CNMR谱图模拟程序，ibid.，61-66
袁琼，郑崇直，袁身刚，结构扫描器-化学结构的光学识别输入，ibid.，74-76
袁身刚，姚建华，陈海峰，郑崇直，建立三维分子结构检索系统的总体设计，ibid.，77-80
何敏，姚建华，袁身刚，郑崇直，环状分子结构规范化编号中伪树码的产生方法，计算机与应用化学，16（1999），93-96
姚建华，袁身刚，陈海峰，郑崇直，杨铄，范波涛，A.Panaye，J.P.Doucet，三维分子结构检索系统的结构索引与匹配，ibid.，97-100
陈海峰，姚建华，袁身刚，荔建锋，杨铄，郑崇直，范波涛，A.Panaye，J.P.Doucet，三维分子结构检索系统的柔性构象检索，ibid.，101-104
罗时玮，姚建华，化学结构的计算机处理（V）-几种重要歧义化学结构的解决方案，计算机与应用化学，16（1999），161-167
陈旭东，王利莎，袁身刚，郑崇直，可用合成原料数据库的建立，ibid，171-174
何敏，姚建华，袁身刚，郑崇直，环状分子结构规范化编号中伪树码的产生方法，计算机与应用化学，16（1999），93-96
姚建华，袁身刚，陈海峰，郑崇直，杨铄，范波涛，A·Panaye，J。P。Doucet，三维分子结构检索系统的结构索引与匹配，ibid，97-100
陈海峰，姚建华，袁身刚，荔建锋，杨铄，郑崇直，范波涛，A·Panaye，J。P。Doucet，三维分子结构检索系统的柔性构象检索，ibid，101-104
陈旭东，王利莎，袁身刚，郑崇直，可用合成原料数据库的建立，ibid，171-174
袁身刚，迎接数字化新世纪的计算机化学，ibid，401-402
柴鸽庆，董喜城，陈海峰，陈敏伯，张世相，袁身刚，郑崇直，用CoMFA设计含氟农药，世界农药，21（2）增刊，1-3
肖文华，袁孟红，金惠芬，袁身刚，彭琛，用计算机分峰法研究复合超细纤维的结晶结构，合成纤维，28（1999），3-6
袁承业；李树森；袁身刚，-，Phosphorus，SulfurSilicon1999，146/147，765-768。

❹ 上海有机化学研究所天然有机化学专业要考哪些课程

先参照07年的
中国科学院上海有机化学研究所
2007年硕士研究生招生简章

上海有机所成立于1950年5月，是新中国诞生后中国科学院最早组建的研究所之一，至今已有半个多世纪的历史。1950年5月，在前中央研究院化学所和前北平研究院化学所与药物所合并的基础上成立了中国科学院有机化学研究所。1952年中科院生理生化研究所的有机化学组调入；1953年药物研究室调出，组建药物研究所；1956年高分子化学组和物理组调迁北京，参建中科院化学所。1970年易名为中国科学院上海有机化学研究所。
所本部主要有3个开放实验室：《生命有机国家级重点实验室》、《金属有机化学国家重点实验室》、《中国科学院有机氟化学开放实验室》；和6个研究室：现代有机合成研究室、元素有机化学研究室、物理有机化学研究室、高分子研究室、分析化学研究室、计算机化学和化学信息学研究室。此外，建有国家技术监督局计量认证和中国实验室国家认可委员会认可的分析测试中心，与上海三维制药公司联合成立的三维药物研究中心，与香港大学、香港中文大学等联合组建的沪港化学合成实验室。受中国化学会委托，负责编辑并出版《化学学报》、《有机化学》和《Chinese Journal of Chemistry》三种刊物。
上海有机所现有高级科研人员92人，其中中国科学院院士9位，研究员48名，入选中科院“百人计划”26 人，获国家杰出青年科学基金17人；有研究生指导教师70名，其中上岗的博士生导师48人和18名海外合作导师。
上海有机所为科研人员和研究生提供了一流的实验条件、先进的仪器设备和创新的科研工作环境。现有7500M2的实验室。目前一幢建筑面积为15325 M2，9层高的现代化化学实验大楼已经使用。实验大楼的1层为分析测试室，安放大型仪器；2-8层为化学合成实验室。拥有价值4000余万元的仪器设备，其中10万元以上的设备24台（件），百万元以上设备14台包括有核磁共振仪8台(600兆、500兆和400兆各一台，300兆5台)，超高分辨付里叶变换质谱仪、气相-质谱联用仪和液相-质谱联用仪各2台，高分辨磁质谱仪和MALDI-TOF 质谱仪各1台，付里叶变换红外光谱仪 （包括红外拉曼光谱仪）， X光四园单晶衍射仪，X光单晶衍射仪，元素分析仪3台，毛细管电泳仪2台，液相色谱仪4台，全自动组合化学合成仪和生物分子相互作用分析仪各一台，旋光分光光度计，热重分析仪，差热分析仪，离子色谱仪，凝胶色谱仪，荧光分光光度计各一台， SGI ORIGIN 300 16cpu超级服务器和OCTANE 2等14台高档图形工作站以及MDL、Tripos和Accelrys公司的各种数据库与软件组成的计算化学平台。300兆核磁共振仪，红外光谱仪及计算机，均供研究生自己独立上机操作使用。
上海有机所研究生的住宿条件也有进一步改善。除现有的研究生公寓宿舍外，一幢建筑面积为16601 M2、15层高的研究生公寓大楼，已于2004年4月交付使用，入住研究生。研究生公寓大楼有151间研究生宿舍，可供302名研究生入住；50套带厅的套房，安排50位博士后或访问学者。研究生公寓大楼除提供研究生住宿外，还提供有研究生开展文体活动、自修学习、课余生活的活动场所。
上海有机所的图书馆拥有齐全的化学学科书刊，藏书40余万册，其中外文书刊占80％以上，订阅期刊近600种，其中外文版期刊约占60％。每年均以一定比例投入经费增加书刊藏量，至2005年用于购置外文书刊和数据库的经费已达285万元/年。近年来，又引进了一系列专业数据库系统，如：SciFincer, CrossFire, Web of Science, ACS, RSC等。我所图书馆书刊的新、全特色在国内化学界享有盛誉。1997年启用的4000 M2新图书馆，还能提供丰富的计算机化的信息资源和文献检索，实行书库阅览一体化和文献检索计算机化的管理，极大地改善了研究生阅览和查阅文献的条件。
上海有机所的研究生培养工作始于1955年，1965年以前招收过7届50名研究生。1978年恢复研究生培养制度以后，国务院学位委员会于1981年首批批准我所为有机化学专业硕士、博士学位授予单位。1985年国务院学位委员会批准设立化学博士后科研流动站。1990年批准设立高分子专业、分析化学专业硕士学位授予点。1990年批准增设分析化学、高分子化学与物理硕士学位授予点。1992年5月批准我所为授予在职人员申请硕士、博士学位的免检单位。1993年国务院学位办把我所选作全国首批开展自行审定博士生指导教师的试点单位之一。1996年我所被中国科学院评为首批中国科学院博士研究生重点培养基地。1998年国务院学位办批准我所为化学一级学科授权单位。2000年6月我所再次被中国科学院评为中国科学院博士研究生重点培养基地。2001年3月，中国科学院研究生院成立后，由中国科学院研究生院统一授予学位。
上海有机所采取硕、博连读方式，学制一般为五年。研究生入学后第一年集中进行学位课程学习，第二学年起在导师处进行学位论文研究。在录取入学后第二学期末，以“师生互选、统筹兼顾，领导决定”的原则分配导师。入学第五个学期经资格考核，通过后转入博士阶段学习。
报考上海有机所的硕士研究生考生，一律不填导师，只填专业，参加全国硕士研究生统一的入学考试，专业课试题由中科大命题，按当年国家教委规定的录取分数线，根据入学考试初试成绩的高低、及差额复试的成绩，以及综合在校的情况等，择优录取。本所各专业每年可按教育部规定，接收一定数量的推荐免试生。
我们热忱欢迎各校获得免试推荐资格的应届本科生、和应历届本科毕业生踊跃报考我所研究生。

有机化学专业(070303)
一、专业介绍：
以天然有机产物和生物活性分子、金属与元素有机化合物为主要研究对象，从研究有机合成化学和物理有机化学着手，发展有机化学的反应、合成、方法和理论；对有机化合物的分离分析、质谱分析和核磁共振分析研究；以现代有机化学理论为背景，结合计算机技术、研究和解决复杂化学问题的原创性方法和算法；功能性大分子以及有机功能软物质材料的结构设计、合成制备、物理化学性能表征以及应用相关研究。
二、研究方向：
1、天然有机化学：主要从事结构复杂及具有高生理活性的天然产物合成。诸如具有植物生长调节作用的油菜甾醇及其类似物、抗疟药物鹰爪素类天然产物、前列腺素类似物、白三烯、昆虫信息素和具有抗癌活性的埃坡霉素、吡嗪双甾体等的合成研究和在复杂分子合成中应用改良的Sharpless反应，光氧化反应，反Diels-Alder反应等立体选择性方法学的研究；以及复杂分子的分离，结构鉴定方法的研究等。
2、生物有机化学：以现代有机合成、结构分析、物理有机化学、分子生物学、细胞生物学、分子药理学为手段，发展具有重要生物活性的有机小分子并研究其与生物大分子的相互作用。具体研究内容包括：1）对具有抗癌、抗炎、抗菌以及神经活性的生物碱、环肽、甾体及糖类天然产物进行全合成，结构-活性关系，及其与靶分子的作用机制研究。2）针对在细胞内外信号传导过程中的一些关键因子如G-蛋白偶联的受体、蛋白激酶以及细胞凋亡过程，发展高活性、高选择性的小分子调节剂并应用于了解生物大分子功能的研究。3）利用单晶－衍射或NMR 技术，研究生物大分子，以及活性小分子与生物大分子复合物的结构和构象，从而探讨活性小分子如药物分子作用的内在机制。4）研究酶，细胞或微生物催化的新反应，酶催化反应的机理，酶的改性等。研究酶或微生物参与的复杂分子的合成机理。
3、元素有机化学：有机氟化学、有机磷化学、有机硼化学等研究。有机氟化学领域：主要开展有机氟化合物的合成方法学的研究（如将一氟、二氟亚甲基、三氟甲基及全氟烷基引入有机分子），有机氟化学反应的研究（如亚磺化脱卤反应、电子转移反应等），含氟生物活性物质的分子设计与合成，含氟功能材料的分子设计与合成，氟化方法（其中包括高价金属氟化，电化氟化和气体直接氟化的手段改进和更新）；有机磷化学方面，开展生命有机磷化合物的研究，有机磷化学反应的研究和有机磷萃取剂的研究；有机硼化学方面，开展了过渡金属及其他元素化合物催化促进下的有机硼的高选择性新反应的研究。
4、金属有机化学：主要开展金属有机化学方面的基础研究：设计并合成新型的金属有机化合物，研究其结构及反应性能，研究金属—碳键和金属—氢键等的形成，化学转化和碳—金属键的淬灭，重点发展导向有机合成反应的金属有机化学；强调发展高选择性的催化反应，金属催化的材料化学。
5、物理有机化学：从事有机分子聚集体、非生物分子折叠和螺旋体、分子识别、纳米分子组装和分子器件、卟啉化学、仿生和超分子催化等方面的研究；在水或极性促簇性溶剂体系中进行疏水亲脂相互作用导致的分子簇集或分子自卷曲的研究；生命过程中有机分子的疏水亲脂相互作用与其生理作用关系等以及解簇剂的研究等。
6、有机分析化学：色谱与毛细管电泳分析方法、质谱分析方法及其应用。
7、有机计算机化学：以发现生物活性化合物和新型功能材料的先导结构为目的，应用现代信息与计算技术从事计算机辅助波谱数据分析、化学信息学、中药信息学、计算机辅助分子设计、计算机辅助合成路线设计等方面的方法研究与系统开发；应用先进的化学计算和分子模拟方法研究化学反应机理、发现生物活性化合物的先导结构以及新型功能材料的分子设计。
8、材料化学：导向新型有机小分子、大分子功能新材料的新型结构分子以及单体的分子设计、合成化学，发展高效率、高选择性的新型大分子聚合反应催化剂以及聚合反应机理（活性自由基聚合、配位聚合反应、生物转化等）。围绕环境友好高分子材料（环境生物降解材料）、导电高分子以及有机光电子功能材料（光致发光、电致发光、薄膜显示、传感器等）、生物功能大分子材料（生物相容性药物及基因载体、响应性智能材料、仿生软物质材料）、含氟特种高分子材料等研究方向，进行有机及大分子合成化学、材料物理化学以及应用相关研究。

三、考试科目：101政治理论、201英语、626物理化学、819有机化学(报考材料化学方向：101政治理论、201英语、626物理化学或642高分子化学与物理、819有机化学)

参 考 书 目
1.物理化学（范围包括热力学、动力学、胶体表面、电化学、统计热力学）
《物理化学》 傅献彩等编 高等教育出版社
《物理化学-概念辨析，解题方法》 范崇政等编 中国科大出版社

2.有机化学（范围包括伍越环编着的《有机化学》全部内容）
《有机化学》 伍越环编 中国科大出版社
《有机化学实验》 兰州大学、复旦大学编 高等教育出版社

3.高分子化学与物理（范围包括高分子化学、高聚物结构与性能基本内容）
《高分子化学》 潘才元编 中国科大出版社
《高聚物结构与性能》 马德柱等编 科学出版社

通讯地址： 上海市枫林路354号； 邮政编码： 200032
单位名称： 中科院上海有机化学研究所； 联系部门： 研究生部
联 系 人： 丁率捷 王娟 Email： [email protected]
[email protected]

电 话： (021) 54925239 54925238 传真：(021)54925239

导师介绍可以在网上查询 网址：http://www.sioc.ac.cn

2007年计划招收硕士生 85 名（含推荐免试生，具体名额将按教育部实际下达数调整）

中国科学院上海有机化学研究所研究生招生办

❺ 数据资源一体化所带来的好处包括

数据资源一体化所带来的好处包括：大数据是大量、高速、多变的信息，它需要新型的处理方式去促成更强的决策能力、洞察力回与最佳答化处理。大数据为企业获得更为深刻、全面的洞察能力提供了前所未有的空间与潜力。

数据资源一体化即对相关数据库内的数据对象去除重复信息的整合方式 ,提供给用户的不单是统一的查询界面，而且是不重复和高质量的信息。组合方式是多个数据库系统的有机优化整合，既是不同数字资源系统中信息量的综合，也体现了数字信息质的优化。

数据资源一体化汇合整合方式：

主要是基于OPAC资源系统的一种整合方式 。OPAC是图书馆重要馆藏数字资源系统 ，对OPAC 资源系统的整合是图书馆数字资源最基本的整合方式 。它的实现主要是通过执行 Z39. 50 协议 ，聚合不同平台上的异构 OPAC 数据库，建立书目整合检索系统 。

用户只要通过一个 OPAC 系统界面即可检索相关图书馆的 OPAC。 如上海交通大学图书馆的“Webpac 检索系统”的“多节点数据库检索”，可在统一检索界面上通过着者 、题名 、主题 、关键词 、标准书号等途径检索上海交通大学图书馆 、华东师范大学图书馆 、复旦大学图书馆。

上海图书馆的 OPAC 书目信息，不需要在各个图书馆不同的 OPAC 界面间来回切换 。 韩国“国立图书馆整合信息统”可以一次性检索到图书 、期刊 、CD-ROM、录像 、音响等所有资料。汇合整合方式实际上是不同 OPAC 系统中数字信息量的综合与合并。

❻ 谁有比较好的紫外光谱数据库

http://chemport.ipe.ac.cn/ListPageC/L67.shtml
http://www.jetting.com.cn/Bio-Rad/Download/Poster-1.pdf
http://qzone.qq.com/blog/84014218-1215243057

❼ 中科院上海有机所得化学数据库最近怎么打不开了呢

因众所周知的原因，最近时期有一些库暂时不对外开放，再过几天就可以开放了。

❽ 上海有机化学研究所化学数据库怎么样

肯定很全 有机所化学多厉害

❾ 如何根据所需要的官能团查找有机物

你先用chemoffice化学软件画出一个你可能想要的化合物的一部分，然后点中科院上海有机所主页左下角一个化工数据库的链接，进入后注册。然后把你画的那个化合物复制到那个数据库里，就可以找到你想要的东西

❿ 化学研究生期间可能用到的期刊和数据库有哪些

化学进展，美国化学会等。
化学是自然科学的一种，在分子、原子层次上研究物质的组成、性质、结构与变化规律，创造新物质的科学。世界由物质组成，化学则是人类用以认识和改造物质世界的主要方法和手段之一。作为一门历史悠久而又富有活力的学科，那么发表该类的论文可投稿的化学期刊有哪些呢。
《化学进展》(月刊)是由中国科学院基科学局、化学部、文献情报中心和国家自然科学基金委员会化学科学部共同主办，以开答化学领域综述与评论性文首为主的学术性期，读者可从中了解化学专业领域国内外研究动向，最新研究成里入发展超势。主要栏目有。综述与评论，专题论坛，科学基金，基础研究论文评介，动态与信息等。该刊可供化学及相关学科领域的科研、教学、决策管理人员及大学生、研究生阅读。《有机化学》(月刊)创刊于1980年，由中国化学会、中国科学院上海有机化学研究所主办，是中国自然科学核心期刊之一。集中反映有机化学领域里各分支学科新的研究成果、研究动态以及发展趋势，主要刊登有机化学领域基础研究和应用基础研究的原始性研究成果。