g03源码
A. linux gaussian怎么安装linda
一、 背景介绍
Gaussian是目前计算化学领域内最流行、应用范围最广的商业化量子化学计算程序包。它最早是由美国卡内基梅隆大学的约翰·波普（John A Pople, 1998年诺贝尔化学奖）在60年度末、70年代初主导开发的。其名称来自于该软件中所使用的高斯型基组。最初，Gaussian的着作权属于约翰·波普供职的卡内基梅隆大学；1986年，约翰·波普进入美国西北大学后，其版权由Gaussian,Inc.公司所持有。Gaussian软件的出现降低了量子化学计算的门槛，使得从头计算方法可以广泛使用，从而极大地推动了其在方法学上的进展。
到目前为止，Gaussian已经推出了12个版本，包括Gaussian70、Gaussian76、Gaussian80、Gaussian82、Gaussian86、Gaussian88、Gaussian90、Gaussian92、Gaussian92/DFT、Gaussian94、Gaussian98、Gaussian03等，其版本数字也是该版本发布的年份。其中，每个版本发布后，还陆续发布了一些这些版本的修订版。目前最新的版本是Gaussian03 Revision D.01/D.02。
Gaussian程序是用FORTRAN语言编写的，它从量子力学的基本原理出发，可计算能量、分子结构、分子体系的振动频率以及大量从这些基本计算方法中导出的分子性质。它能用于研究不同条件下的分子和反应，包括稳定的粒子和实验上难以观测的化合物，例如瞬时的反应中间物和过渡结构。
Gaussian的并行模式是采用OpenMP来实现的。OPENMP的并行实现是针对共享内存的机器的，实现方法简单。因此Gaussian在共享内存的机器上，能获得很好的性能。对于跨节点的计算，Gaussian使用TCP Linda软件来实现。TCP Linda是一个虚拟共享内存的并行执行环境，它可以把一个通过网络连接的分布式内存的机群或工作站虚拟成共享内存环境，从而使像Gaussian这样的用OPENMP实现并行的程序能够在分布式内存的机器上运行。
二、 软件的安装设置
1、将压缩包解开
# tar zxf OPT-900N.taz //g03 E01以上版本支持上海处理器 （可以查看文件日期在2007年以后的）
2、准备环境变量文件g03.sh
放入g03源代码目录，如/home/users/mjhe/g03/
#cat g03.sh
g03root="/home/users/mjhe"
GAUSS_SCRDIR="/scratch"
export g03root GAUSS_SCRDIR
. $g03root/g03/bsd/g03.profile
3、准备运行脚本
放入算例目录，如g03test
> cat g03.pbs
###########################################################################
# Script for submitting parallel Gaussian 03 jobs to Dawning cluster.
# Lines that begin with #PBS are PBS directives (not comments).
# True comments begin with "# " (i,e., # followed by a space).
###########################################################################
#PBS -S /bin/bash
#PBS -N gaussian
#PBS -j oe
#PBS -l nodes=1:ppn=8
##PBS -l walltime=860:00:00
#PBS -V
##PBS -q middle
#############################################################################
# -S: shell the job will run under
# -o: name of the queue error filename
# -j: merges stdout and stderr to the same file
# -l: resources required by the job: number of nodes and processors per node
# -l: resources required by the job: maximun job time length
#############################################################################
INFILE=$file
# Define variable "jobname".
jobname=`echo $INFILE | awk -F. '{printf $1}'`
username=`whoami`
# Define the location where Gaussian was installed and run a setup script, g03.profile.
g03root="/data/users/ceszhcy/"
GAUSS_SCRDIR="/state/partition1/tmp/"
export g03root GAUSS_SCRDIR
. $g03root/g03/bsd/g03.profile
# Make a directory in scr and .com and .g03 file to there.
GAUSS_RUNDIR=${GAUSS_SCRDIR}/${username}.${PBS_JOBID}
if [ ! -a $GAUSS_RUNDIR ]; then
echo "Scratch directory $GAUSS_RUNDIR created."
mkdir -p $GAUSS_RUNDIR
fi
cp $PBS_O_WORKDIR/${jobname}.* $GAUSS_RUNDIR
ORIG_PBS_O_WORKDIR=${PBS_O_WORKDIR}
cd $PBS_O_WORKDIR
# Setup for Gaussian 03:
# =======================
# Make a scratch directory if it doesn't already exist.
GAUSS_SCRDIR=${GAUSS_SCRDIR}/${username}.${PBS_JOBID}/${jobname}
if [ ! -a $GAUSS_SCRDIR ]; then
echo "Scratch directory $GAUSS_SCRDIR created."
mkdir -p $GAUSS_SCRDIR
fi
export GAUSS_SCRDIR
echo "Using $GAUSS_SCRDIR for temporary Gaussian 03 files."
# Define node list
cat $PBS_NODEFILE|uniq > $GAUSS_SCRDIR/tsnet.nodes
NODE_NUM=`cat $PBS_NODEFILE|uniq |wc -l`
NP=`cat $PBS_NODEFILE|wc -l`
nodes=`cat $PBS_NODEFILE |uniq| awk '{printf("%s,",$1)}'`
sharecpu=`expr $NP / $NODE_NUM`
G03_NODEFILE="$GAUSS_SCRDIR/tsnet.nodes"
GAUSS_LFLAGS=" -mp 2 -nodefile $G03_NODEFILE"
export GAUSS_LFLAGS
echo pbs nodefile:
cat $G03_NODEFILE
#Run a Gaussian command file, water03.com, redirecting output to a file, water03.log
cd $GAUSS_RUNDIR
echo "%NProcShared=$sharecpu" > ${jobname}.Input.${PBS_JOBID}
if [ $NODE_NUM -ne 1 ];
then
echo "%LindaWorker=$nodes" >> ${jobname}.Input.${PBS_JOBID}
fi
grep -v nproc $INFILE |grep -v NProcShared |grep -v LindaWorker >>${jobname}.Input.${PBS_JOBID}
echo "Starting Gaussian run at" `date`
if [ $NODE_NUM -eq 1 ];
then
time g03 < ${jobname}.Input.${PBS_JOBID} > $GAUSS_RUNDIR/${jobname}.log
fi
else
time g03l < ${jobname}.Input.${PBS_JOBID} > $GAUSS_RUNDIR/${jobname}.log
fi
#time g03 < ${jobname}.Input.${PBS_JOBID} > ${jobname}.log
echo "Finished Gaussian run at" `date`
PBS_O_WORKDIR=${ORIG_PBS_O_WORKDIR}
echo $PBS_O_WORKDIR
mv $GAUSS_RUNDIR/${jobname}.* $PBS_O_WORKDIR
mv $GAUSS_SCRDIR/*.chk $PBS_O_WORKDIR
echo "$GAUSS_SCRDIR"
rm -Rf $GAUSS_SCRDIR
4、测试安装是否成功
准备算例test397.com
在算例目录下修改g03.pbs，然后执行qsub g03.pbs -v file=test397.com
cd ~/g03test
qsub g03.pbs -v file=test397.com
5、其他
三、 注意事项
1、本文命令、代码和超链接采用斜体五号字表示
2、算例文件名必须有两部分组成，前缀+后缀，中间用 . 隔开
3、需要修改一下两个文件以适应linda并行时的配置情况：
#vi /data2/home/test/g03/linda7.2/opteron-linux-I8/bin/LindaLauncher
/mf/giovanni/static/g03/linda7.2/opteron-linux-I8/bin/cLindaLauncher
#vi /data2/home/test//g03/ntsnet
/mf/giovanni/static/g03/linda7.2/opteron-linux-I8/bin/true_ntsnet
4、在所以参与计算的节点根目录上增加/scratch/，并设置开放的权限
mkdir /scratch
chmod 777 /scratch
5、其他
四、 参考文献
1 量子化学计算程序包GAUSSIAN 王涛 上海超级计算中心 上海 201203 [email protected]
B. 编程和源代码有什么区别
G02是顺时针圆弧插补。圆弧插补有两种编程方法：1. R 编程：G02/G03 X--Y-- R--; X--Y-- 表示圆弧终点位置，R--表示圆弧半径。2. I ,J,K编程： G02/G03 X--Y-- I-- J-- ; X--Y-- 表示圆弧终点位置，I--表示圆心相对圆弧起点在X轴上的增量值（圆心X值减圆弧起点X值的代数差），J--表示圆心相对圆弧起点在Y轴上的增量值（圆心X值减圆弧起点X值的代数差）。
C. 哪里能搞到Gaussian09的源代码 source code
正对自己的平台，使用源码编译，执行效率比较高。
我对比测试的是G09A01 和G03D02 目前流出的D02是别同通过source code编译的，
D02计算速度明显快很多的...
ionCube，解密的话有，我曾经也试图找过，但没有找到。如果有高手知道如何解，我也很乐意学习。
E. 国家自然科学基金申报系统的源码中出现ok，代表已中吗
国家自然科学基金 B030505代码 代表的是： 国家自然科学基金委员会项目申请的自然科学分类目录里 （下列部类按照范围从大到小排列，你应该能懂） 化学科学部 的 物理化学（B03） 的 胶体与界面化学（B0305） 的 分子组装与聚集体（B030505） 相关知识拓展如下： 国家自然科学基金学科分类目录是国家自然科学基金委员会项目申请的分类目录。 该分类法将自然科学分为七大类: A、数理科学部： A01 数学、A02 力学、A03 天文学、A04 物理学I、A05 物理学Ⅱ B、化学科学部： B01 无机化学、B02 有机化学、B03 物理化学、B04 高分子化学、 B05 分析化学、B06 化学工程及工业化学、B07 环境化学 C、生命科学部： C01 基础生物学、C02 农业科学、C03 医学与药学 D、地球科学部： D01 地理学、土壤学和遥感 、D02 地质学、D03 地球化学、 D04 地球物理学和空间物理学、D05 大气科学、D06 海洋科学 E、工程与材料科： E01 金属材料学科、E02 无机非金属材料科学、E03 有机高分子材料学科、 E04 冶金与矿业学科、E05 机械工程学科、E06 工程热物理与能源利用学科、 E07 电工学科、E08 建筑环境与结构工程学科、E09 水利学科 F、信息科学部： F01 电子学与信息系统、F02 计算机科学、F03 自动化科学、 F04 半导体科学、F05 光学和光电子学 G、管理科学部： G01 管理科学与工程、G02 工商管理、G03 宏观管理与政策 国家自然科学基金： 20世纪80年代初，为推动我国科技体制改革，变革科研经费拨款方式，中国科学院89位院士(学部委员)致函党中央、国务院，建议设立面向全国的自然科学基金，得到党中央、国务院的首肯。随后，在邓小平同志的亲切关怀下，国务院于1986年2月14日批准成立国家自然科学基金委员会。自然科学基金坚持支持基础研究，逐渐形成和发展了由研究项目、人才项目和环境条件项目三大系列组成的资助格局。二十多年来，自然科学基金在推动我国自然科学基础研究的发展，促进基础学科建设，发现、培养优秀科技人才等方面取得了巨大成绩。 超专业回答，满意请采纳为最佳答案，谢谢！
F. 求gaussian源代码
对blood图像添加均值为0，方差为0.05的Gaussian噪声，代码如下：求采纳
b=rgb2gray(imread('blood.bmp'));
subplot(2,1,1),subimage(b);title('original');
result1=imnoise(b,'Gaussian',0,0.05);
subplot(2,1,2),subimage(result1);title('添加高斯噪声');