pbs脚本

① ANSYS cfx 在linux系统上的命令行

在.def文件所在的同一个文件夹里编辑.pbs文件，然后键入或者粘贴以下.pbs代码中的命令（把我添加的注释删掉）进去，然后运行qsub test.pbs即可。

#!/bin/sh-f
#PBS-Ncfx_test%作业名称
#PBS-qbatch%作业序列
#PBS-lnodes=cu01:ppn=2+cu05:ppn=2%使用的节点和每个节点使用的核数，cu01需要换成实际的节点名称
#PBS-lwalltime=00:02:00%作业运行时间

##################################################################
#具体路径根据实际情况修改，或者（亲测）直接删掉这几行应该也能运行
source/opt/intel/composer_xe_2015/bin/compilervars.shintel64
source/opt/intel/composer_xe_2015.1.133/mkl/bin/intel64/mklvars_intel64.sh
source/opt/intel/impi/5.0.2.044/intel64/bin/mpivars.sh
########################################################cd$PBS_O_WORKDIR
cat$PBS_NODEFILE>/$PBS_O_WORKDIR/nodefile

input=test.def%所在目录下的.def文件

#注意修改cfx5solve的实际路径
date
#并行运行，串行将-start-method后改成"Serial",后面删掉。
nohup/opt/ansys_inc/v150/CFX/bin/cfx5solve-def$input-double-start-method"HPMPIDistributedParallel"-par-distcu01*2,cu05*2
date

exit

② WBS与PBS的区别

WBS：Work Breakdown Structure ,即工作分解结构。是通过将细分化了的所有项目要素统一编码，使其代码化，WBS还可以充当一个共同的信息交换语言，为项目的所有信息建立一个共同的定义。这样，将所有的要素在一个共同的基础上相关联，在此基础上建立信息系统之间的所有信息沟通。应用WBS作为信息的共同基础的最大优点是，为监控及预测费用、进度、实施不同的项目信息，WBS的应用给所有的项目管理人员提供了一个均可以与之作对比的一致基准，并且在大型项目中，由于参加者众多及人员可能发生的变化，使所用的全部名词对所有的参加者都具有相同意义是很重要的，而WBS通过代码和代码字典的编制可使这一点得到保证。

PBS是一个批处理作业和计算机系统资源管理软件包。它原本是按照POSIX 1003.2d批处理环境来开发的。这样，它就可以接受批处理作业、shell脚本和控制属性，作业运行前对其储存并保护，然后运行作业，并且把输出转发回提交者。

PBS可以被安装并配置运行在单机系统或多个系统组来支持作业处理。由于PBS的灵活性，多个系统可以以多种方式组合。

③ 什么是PBS

1. 介绍
此文档用来为系统管理员提供构建、安装、配置并且管理PBS所需的一些信息。很可能有一些重要的信息项被漏掉了。这类文档中没有更加完善的了，到目前为止，它已经被好几个不同的管理员在不同的站点进行了更新，当然仍是比较欠缺。

1.1. 什么是PBS?
PBS是一个批处理作业和计算机系统资源管理软件包。它原本是按照POSIX 1003.2d批处理环境来开发的。这样，它就可以接受批处理作业、shell脚本和控制属性，作业运行前对其储存并保护，然后运行作业，并且把输出转发回提交者。

PBS可以被安装并配置运行在单机系统或多个系统组来支持作业处理。由于PBS的灵活性，多个系统可以以多种方式组合。

1.2. PBS的组件
PBS包括四个主要的组件：命令组件、作业服务器、作业执行组件和作业调度器。这里给出每一部分的简要描述来帮助你在安装过程中做出决定。

命令组件：

PBS支持与POSIX1003.2d相一致的命令行和图形接口两种命令方式。这些命令用于提交、监视、修改和删除作业。命令可以被安装在任何PBS支持的系统类型上，并且不需要在本地安装任何其它的PBS组件。共有三种类型的命令：任何已授权用户可以使用的命令；操作员命令；管理员命令；操作员和管理员命令需要不同的访问权限。

作业服务器：

作业服务器是PBS的中心。在本文档中，它一般被称作服务器或被称为可执行文件的名字pbs_server。所有命令和其它守护进程都通过IP网络和服务器通信。服务器的主要功能就是提供基本的批处理服务，例如接收/创建一个批处理作业，修改作业，保护作业免受系统宕机的影响并运行作业。

作业执行器：

作业执行器是一个守护进程，它真正地把作业放入执行队列。这一进程，pbs_mon，被非正式地命名为Mom，正如它是所有正在执行的作业的母亲（mother）一样。当Mom从一个服务器那里接收一个作业拷贝时就将它放入执行队列。Mom创建一个和用户登陆会话尽可能一致的新的会话。例如，如果用户的登陆shell是csh，那么Mom就创建一个会话，在此会话中.login和.cshrc一样运行。当服务器指示需要那么做时，Mom也负责把作业的输出返回给用户。

作业调度器：

作业调度器是另一个守护进程，这一进程包括site’ policy[1]，这一策略控制着哪一个作业被运行，在那个节点运行，什么时候运行。因为每一个site对于什么是好的或者有效的策略都有它自己的想法，PBS允许每一个site来创建它自己的调度器。当运行的时候，调度器就可以和不同的Moms进行通信来获知系统资源的状态；和服务器进行通信来获知要执行的作业的有效性。与服务器之间的接口是通过和命令组件一样的API。实际上，调度器仅仅作为服务器的批处理管理器出现的。

除了上面主要的部分之外，PBS也提供了一个应用编程接口，API，命令组件用它来和服务器进行通信。这一API在和PBS一起完成的第三部分的man pages中描述。A site[1]如果愿意可以利用这些API来实现新的命令。

④ PATH=${OPEN_MPI}/bin:$PATH 是什么意思，在pbs脚本里看到

路径赋值吧

⑤ 如何编写PBS作业的脚本

我就是完全在linux工作的人,包括用matlab 我没有出现楼主出现的情况,相反,我的matlab无论安装,还是运行都要比win下快n多,在win下,硬盘一直闪的情况在linux下没有出现! 我用的是matlab 2006b. 系统archlinux tips:我喜欢用这样的方式打开matlab m...

⑥ pbs排队任务提交后看不到

linux对多核CPU的支持还是不完美，可能是linux系统问题，重装下系统或改别的版本试试

⑦ pbs脚本怎么设置指定节点计算

利用chrome等浏览器的开发者工具，具体如下 1、打开开发者工具 2、切换到Element，并选中你要查看的DOM节点 3、右侧栏切换到Event Listeners并查看

⑧ pbs脚本怎么注释

1 用 #注释
比如
<?php
# 这里是注释
$str = 1;
?>
2 用
/* 里面写注释 */

⑨ pbs提交任务怎样创建一个脚本

1． 打开 MS 界面， 建立相关模型， 并且在 Castep 的 Calculatiton 对话框中设置相关参数； 2． 不要单击 Run 进行 Castep 计算工作，而要在 Calculation 对话框中选择 Files -> Save Files，此时会在 Project Explorer 中出现一个新的目录，其中包括了使用命令行运行 Castep 的输入文件； 3． 使用 Windows 的文件管理器进入该目录(相关 Project 名称.files\Documents 下)， 能够 看到所需要的输入文件。 注意，由于 castep 计算所需的.cell 文件是隐藏文件，因此需要在“工具|文件夹选项” 中选择“显示隐藏文件” 。 将以下文件拷贝到 SGI Prism 的相关路径下， *.cell、*.param。 此外，需要将计算所需的赝势文件拷贝到 SGI Prism 相关路径下。 （在 CASTEP | Calculation | Electronic 的 more 下 Potential 中可以看到所使用的赝 势 文 件 ， 该 文 件 的 路 径 在 Windows 系 统 的 <MS 安 装 路 径 >\MS Modeling 3.2\Data\Resources\Quantum\Castep\Potentials 中，请将所出现的赝势文件全部拷贝到 SGI Prism 机器上，否则会导致计算失败） 4． 使用帐号登陆到 SGI Prism 下，进入相关文件夹（文件夹中包括刚才所有的文件） ， 并执行命令： > chmod 777 *.* > /home/msi/ms/CASTEP/bin/RunCASTEP.sh -np n seedname 注：-np 表示使用多 CPU 进行并行运算； n 表示所使用的 CPU 数目 seedname 表示计算作业的名称， 例如相关参数文件为 Al.param， Seedname 则 为 Al，不带后缀名 5． 计算完成后，请将该目录中所有的文件下载到本地机器上，并放到刚才在 Visualizer 下新建的目录中； 6． 在 Visualizer 的 Project Explorer 中单击右键，选择刷新，即可看到刚才所有计算得 到的结果，并可在 MS 中进行分析。 DMol3 1． 打开 MS 界面， 建立相关模型， 并且在 DMol 的 Calculatiton 对话框中设置相关参数； # 2． 不要单击 Run 进行 DMol 计算工作，而要在 Calculation 对话框中选择 Files -> Save Files，此时会在 Project Explorer 中出现一个新的目录，其中包括了使用命令行运行 DMol3 的输入文件； 3． 使用 Windows 的文件管理器进入该目录(相关 Project 名称.files\Documents 下)， 能够 看到所需要的输入文件。 注意，由于 DMol3 计算所需的.car 和.mdf 文件是隐藏文件，因此需要在“工具|文件 夹选项”中选择“显示隐藏文件” 。