pythongraphlab
① GraphX类似的软件有哪些
图计算领域除了GraphX, 还有GraphScope, GraphLab, PowerGraph, Giraph, NetworkX等等。GraphScope,目前在GitHub上有开源的。
② 图计算软件GeaBase和Graphscope有什么区别
一个是图数据库,一个是图数据分析,可以理解为GeaBase是存储数据的柜子,GraphScope就是在这个柜子里找东西的整个过程。但是GraphScope号称是一站式的平台,所以它里面应该也有些图数据库基础的功能。
③ 如何安装GraphLab Create
可以从官网下载安装包安装,或者使用pip自动安装 参考: python | 如何用pip安装模块和包
④ 如何安装GraphLab Create
可以从官网下载安装包安装,或者使用pip自动安装参考:Python|如何用pip安装模块和包
⑤ windows怎么安装 graphlab-create python package
可以从官网下载安装包安装,或者使用pip自动安装
参考:
Python | 如何用pip安装模块和包
http://jingyan..com/article/466506583fec5af549e5f825.html
⑥ 图计算引擎Neo4j和Graphscope有什么区别
Neo4j是单机系统,主要做图数据库。GraphScope是由阿里巴巴达摩院智能计算实验室研发的图计算平台,是全球首个一站式超大规模分布式图计算平台,并且还入选了中 国科学技术协会“科创中 国”平台。Graphscope的代码在github.com/alibaba/graphscope上开源。SSSP算法上,GraphScope单机模式下平均要比Neo4j快176.38倍,最快在datagen-9.2_zf数据集上快了292.2倍。
⑦ 数据分析工具有哪些 python
IPython
IPython 是一个在多种编程语言之间进行交互计算的命令行 shell,最开始是用 python 开发的,提供增强的内省,富媒体,扩展的 shell
语法,tab 补全,丰富的历史等功能。IPython 提供了如下特性:
更强的交互 shell(基于 Qt 的终端)
一个基于浏览器的记事本,支持代码,纯文本,数学公式,内置图表和其他富媒体
支持交互数据可视化和图形界面工具
灵活,可嵌入解释器加载到任意一个自有工程里
简单易用,用于并行计算的高性能工具
由数据分析总监,Galvanize 专家 Nir Kaldero 提供。
GraphLab Greate 是一个 Python 库,由 C++ 引擎支持,可以快速构建大型高性能数据产品。
这有一些关于 GraphLab Greate 的特点:
可以在您的计算机上以交互的速度分析以 T 为计量单位的数据量。
在单一平台上可以分析表格数据、曲线、文字、图像。
最新的机器学习算法包括深度学习,进化树和 factorization machines 理论。
可以用 Hadoop Yarn 或者 EC2 聚类在你的笔记本或者分布系统上运行同样的代码。
借助于灵活的 API 函数专注于任务或者机器学习。
在云上用预测服务便捷地配置数据产品。
为探索和产品监测创建可视化的数据。
由 Galvanize 数据科学家 Benjamin Skrainka 提供。
Pandas
pandas 是一个开源的软件,它具有 BSD 的开源许可,为 Python
编程语言提供高性能,易用数据结构和数据分析工具。在数据改动和数据预处理方面,Python 早已名声显赫,但是在数据分析与建模方面,Python
是个短板。Pands 软件就填补了这个空白,能让你用 Python 方便地进行你所有数据的处理,而不用转而选择更主流的专业语言,例如 R 语言。
整合了劲爆的 IPyton 工具包和其他的库,它在 Python 中进行数据分析的开发环境在处理性能,速度,和兼容方面都性能卓越。Pands
不会执行重要的建模函数超出线性回归和面板回归;对于这些,参考 statsmodel 统计建模工具和 scikit-learn 库。为了把 Python
打造成顶级的统计建模分析环境,我们需要进一步努力,但是我们已经奋斗在这条路上了。
由 Galvanize 专家,数据科学家 Nir Kaldero 提供。
PuLP
线性编程是一种优化,其中一个对象函数被最大程度地限制了。PuLP 是一个用 Python
编写的线性编程模型。它能产生线性文件,能调用高度优化的求解器,GLPK,COIN CLP/CBC,CPLEX,和GUROBI,来求解这些线性问题。
由 Galvanize 数据科学家 Isaac Laughlin 提供
Matplotlib
matplotlib 是基于 Python 的
2D(数据)绘图库,它产生(输出)出版级质量的图表,用于各种打印纸质的原件格式和跨平台的交互式环境。matplotlib 既可以用在 python 脚本,
python 和 ipython 的 shell 界面 (ala MATLAB? 或 Mathematica?),web 应用服务器,和6类 GUI
工具箱。
matplotlib 尝试使容易事情变得更容易,使困难事情变为可能。你只需要少量几行代码,就可以生成图表,直方图,能量光谱(power
spectra),柱状图,errorcharts,散点图(scatterplots)等,。
为简化数据绘图,pyplot 提供一个类 MATLAB 的接口界面,尤其是它与 IPython
共同使用时。对于高级用户,你可以完全定制包括线型,字体属性,坐标属性等,借助面向对象接口界面,或项 MATLAB 用户提供类似(MATLAB)的界面。
Galvanize 公司的首席科学官 Mike Tamir 供稿。
Scikit-Learn
Scikit-Learn 是一个简单有效地数据挖掘和数据分析工具(库)。关于最值得一提的是,它人人可用,重复用于多种语境。它基于
NumPy,SciPy 和 mathplotlib 等构建。Scikit 采用开源的 BSD 授权协议,同时也可用于商业。Scikit-Learn
具备如下特性:
分类(Classification) – 识别鉴定一个对象属于哪一类别
回归(Regression) – 预测对象关联的连续值属性
聚类(Clustering) – 类似对象自动分组集合
降维(Dimensionality Rection) – 减少需要考虑的随机变量数量
模型选择(Model Selection) –比较、验证和选择参数和模型
预处理(Preprocessing) – 特征提取和规范化
Galvanize 公司数据科学讲师,Isaac Laughlin提供
Spark
Spark 由一个驱动程序构成,它运行用户的 main 函数并在聚类上执行多个并行操作。Spark
最吸引人的地方在于它提供的弹性分布数据集(RDD),那是一个按照聚类的节点进行分区的元素的集合,它可以在并行计算中使用。RDDs 可以从一个 Hadoop
文件系统中的文件(或者其他的 Hadoop 支持的文件系统的文件)来创建,或者是驱动程序中其他的已经存在的标量数据集合,把它进行变换。用户也许想要 Spark
在内存中永久保存 RDD,来通过并行操作有效地对 RDD 进行复用。最终,RDDs 无法从节点中自动复原。
Spark 中第二个吸引人的地方在并行操作中变量的共享。默认情况下,当 Spark
在并行情况下运行一个函数作为一组不同节点上的任务时,它把每一个函数中用到的变量拷贝一份送到每一任务。有时,一个变量需要被许多任务和驱动程序共享。Spark
支持两种方式的共享变量:广播变量,它可以用来在所有的节点上缓存数据。另一种方式是累加器,这是一种只能用作执行加法的变量,例如在计数器中和加法运算中。
⑧ NetworkX和Graphscope哪个运算速度更快
近年来,全球大数据进入加速发展时期,数据量呈现指数级爆发式增长,而这些大量数据中不同个体间交互产生的数据以图的形式表现,如何高效地处理这些图数据成为了业界及其关心的问题。很过用普通关系数据无法跑出来的结果,用图数据进行关联分析会显得异常高效。
提到处理图数据,我们首先想到NetworkX,这是网络计算上常用的Python包,可提供灵活的图构建、分析功能。但是我们使用NetworkX跑大规模图数据时,不仅经常碰到内存不足的问题,而且分析速度很慢,究其原因,是NetworkX只支持单机运行。通过网上搜索,新发现了一个名为GraphScope的系统不仅号称兼容NetworkX的API,而且支持分布式部署运行,性能更优。针对GraphScope和NetworkX的处理能力,我们参考图计算中常用的测试框架LDBC,通过一组实验来对比下二者的性能。
一、实验介绍
为了比较两者的计算效率,先用阿里云拉起了配置为8核CPU,32GB内存的四台ECS,设计了三组比较实验,分别是NetworkX单机下的计算性能,GraphScope单机多worker的计算性能以及GraphScope分布式多机多worer的计算性能。
数据上,我们选取了SNAP开源的图数据集twitter,来自 LDBC数据集的datagen-7_5-fb,datagen-7_7-zf和datagen-8_0-fb作为实验数据,以下是数据集的基本信息:
· Twitter: 81,307个顶点,1,768,135条边
· Datagen-7_5-fb: 633,432个顶点,34,185,747条边,稠密图
· Datagen-7_7-zf: 13,180,508个顶点,32,791,267条边,稀疏图
· Datagen-8_0-fb: 1,706,561个顶点,107,507,376条边,这个数据集主要测试两个系统可处理的图规模能力
实验设计上我选择常用的SSSP、BFS、PageRank、WCC算法,以及较高复杂度的All Pair shortest Path length算法,以载图时间,内存占用和计算时间这三个指标为依据,对两个系统进行计算性能的比较。
NetworkX是一个单机系统,在实验中只考虑NetworkX在单机环境下的运行时间;GraphScope支持分布式运行,故进行两个配置,一个是单机4worker,另外一个配置是4台机器,每台机器4个worker。
二、实验结果
首先,GraphScope的载图速度比NetworkX显着提升。
在前三个图数据集中,无论是GraphScope的单机多worker模式,还是GraphScope的分布式模式,载图速度都比NetworkX快:
GraphScope单机模式载图速度平均比NetworkX快5倍,最高纪录——在datagen-7_5-fb上比NetworkX快了6倍。
分布式模式下GraphScope的载图时间比NetworkX平均快了27倍,最高纪录——在datagen-7_7-zf数据集上比NetworkX快了63倍。
在datagen-8_0-fb数据集上,NetworkX因内存溢出无法载图,GraphScope单机多worker和GraphScope分布式载图时间分别为142秒和13.6秒。
表一:载图时间对比
载图时间
NetworkX
GraphScope单机
GraphScope分布式
twitter
11.2
3.1
1.8
datagen-7_5-fb
256
45.6
36.6
datagen-7_7-zf
316
71.3
50
datagen-8_0-fb
OOM
142
13.6
其次,GraphScope的内存使用效率比NetworkX显着提升。
在datagen-8_0-fb数据集上,NetworkX在32G的内存上无法载完图,而GraphScope仅需要24G的内存即可载入在datagen-8_0-fb数据集。
表二:内存占用对比
内存占用
NetworkX
GraphScope
datagen-7_5-fb
14G
6G
datagen-7_7-zf
28G
18G
datagen-8_0-fb
OOM
24G
再次,GraphScope的计算速度比NetworkX显着提升。
SSSP算法上,GraphScope单机多worker模式平均要比NetworkX快22倍,最快在datagen-7_7-zf数据集上快了32倍。GraphScope分布式模式下平均要比NetworkX快103倍,最快datagen-7_5-fb数据集上快了182倍。
表三: SSSP计算时间对比(单位:秒)
SSSP
NetworkX
GraphScope单机
GraphScope分布式
twitter
2.45
1.32
0.28
datagen-7_5-fb
37.9
1.21
0.31
datagen-7_7-zf
5.84
0.18
0.03
datagen-8_0-fb
OOM
2.76
0.82
BFS算法上,GraphScope单机多worker模式平均要比NetworkX快13倍,最快datagen-7_5-fb数据集上快了22倍。GraphScope分布式模式下平均要比NetworkX快16倍,最快在datagen-7_5-fb数据集上快了28倍。
表四: BFS计算时间对比(单位:秒)
BFS
NetworkX
GraphScope单机
GraphScope分布式
twitter
1.53
0.16
0.17
datagen-7_5-fb
44.68
2.52
1.56
datagen-7_7-zf
7.98
0.75
0.72
datagen-8_0-fb
OOM
11.02
5.73
PageRank算法上,GraphScope单机多worker模式平均要比NetworkX快62倍,最快twitter数据集上快了80倍。GraphScope分布式模式下平均要比NetworkX快65倍,最快在twitter数据集上快了71倍。
另外,PageRank计算过程中,NetworkX在datagen-7_7-zf上内存溢出,没有完成计算,GraphScope单机多worker模式和分布式模式计算时间分别为25秒和22秒;
表五:PageRank计算时间对比(单位:秒)
PageRank
NetworkX
GraphScope单机
GraphScope分布式
twitter
24.01
0.37
0.33
datagen-7_5-fb
300
6.73
5.17
datagen-7_7-zf
OOM
19.31
7.79
datagen-8_0-fb
OOM
24.96
21.88
WCC算法上,GraphScope单机多worker模式平均要比NetworkX快44倍,最快在datagen-7_7-zf数据集上快了104倍。GraphScope分布式模式下平均要比NetworkX快76倍,最快datagen-7_5-fb数据集上快了194倍。
表六: WCC计算时间对比(单位:秒)
WCC
NetworkX
GraphScope单机
GraphScope分布式
twitter
0.6392
0.0296
0.0233
datagen-7_5-fb
26.03
0.25
0.13
datagen-7_7-zf
83.19
14.57
12.98
datagen-8_0-fb
OOM
0.34
0.4991
在复杂度极高的All pair shortest path length算法上,NetworkX在twitter图上即内存溢出,无法计算。GraphScope在分布式模式下完成了twitter图的All pair shortest path length计算,耗时76分钟。
表七: All Pair Shortest Path Length(单位:秒)
APSP
NetworkX
GraphScope单机
GraphScope分布式
twitter
OOM
OOM
4575.87
三、总结
从实验结果可以看到,在同等条件下,无论在载图时间、内存占用和计算时间上,GraphScope都要大大优于NetworkX,性能优化可以达到几十倍甚至上百倍。
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原文链接:https://blog.csdn.net/tanekf6979/article/details/120067176
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Matplotlib
matplotlib 是基于 Python 的
2D(数据)绘图库,它产生(输出)出版级质量的图表,用于各种打印纸质的原件格式和跨平台的交互式环境。matplotlib 既可以用在 python 脚本,
python 和 ipython 的 shell 界面 (ala MATLAB? 或 Mathematica?),web 应用服务器,和6类 GUI
工具箱。
matplotlib 尝试使容易事情变得更容易,使困难事情变为可能。你只需要少量几行代码,就可以生成图表,直方图,能量光谱(power
spectra),柱状图,errorcharts,散点图(scatterplots)等,。
为简化数据绘图,pyplot 提供一个类 MATLAB 的接口界面,尤其是它与 IPython
共同使用时。对于高级用户,你可以完全定制包括线型,字体属性,坐标属性等,借助面向对象接口界面,或项 MATLAB 用户提供类似(MATLAB)的界面。
Galvanize 公司的首席科学官 Mike Tamir 供稿。
Scikit-Learn
Scikit-Learn 是一个简单有效地数据挖掘和数据分析工具(库)。关于最值得一提的是,它人人可用,重复用于多种语境。它基于
NumPy,SciPy 和 mathplotlib 等构建。Scikit 采用开源的 BSD 授权协议,同时也可用于商业。Scikit-Learn
具备如下特性:
分类(Classification) – 识别鉴定一个对象属于哪一类别
回归(Regression) – 预测对象关联的连续值属性
聚类(Clustering) – 类似对象自动分组集合
降维(Dimensionality Rection) – 减少需要考虑的随机变量数量
模型选择(Model Selection) –比较、验证和选择参数和模型
预处理(Preprocessing) – 特征提取和规范化
Galvanize 公司数据科学讲师,Isaac Laughlin提供
Spark
Spark 由一个驱动程序构成,它运行用户的 main 函数并在聚类上执行多个并行操作。Spark
最吸引人的地方在于它提供的弹性分布数据集(RDD),那是一个按照聚类的节点进行分区的元素的集合,它可以在并行计算中使用。RDDs 可以从一个 Hadoop
文件系统中的文件(或者其他的 Hadoop 支持的文件系统的文件)来创建,或者是驱动程序中其他的已经存在的标量数据集合,把它进行变换。用户也许想要 Spark
在内存中永久保存 RDD,来通过并行操作有效地对 RDD 进行复用。最终,RDDs 无法从节点中自动复原。
Spark 中第二个吸引人的地方在并行操作中变量的共享。默认情况下,当 Spark
在并行情况下运行一个函数作为一组不同节点上的任务时,它把每一个函数中用到的变量拷贝一份送到每一任务。有时,一个变量需要被许多任务和驱动程序共享。Spark
支持两种方式的共享变量:广播变量,它可以用来在所有的节点上缓存数据。另一种方式是累加器,这是一种只能用作执行加法的变量,例如在计数器中和加法运算中。
⑩ 图计算框架有哪些Graphscope怎么样
1.一切的起源:Pregel 虽然图计算本身的历史比计算机的还要长,但如果说要找一个现代图计算框架的起源的话,由 Google 在 10 年的 SIGMOD 上公开的 Pregel 系统应该是众望所归的。 ...