ncbi序列上传
㈠ 如何向NCBI提交序列
1.整理序列信息：包括病原采集地、病原的寄主、寄主症状、采集人等基本信息;还有序列分析结果，包括序列全长大小，开放阅读框(ORF)的长度、位置及特定ORF序列翻译的氨基酸 序列等基因水平的信息，这对于接下来的快速准确提交序列及提交成功后为全世界其他作者准确全面分享此类信息很重要;
2.登陆BackIt站点，注意到页面右边的“Sign in to use BankIt”标签，点击登录进入。如果没有账号就注册一个(注意，此账号与ncbi 账号不通用)。
附 注册账号步骤，需要填写的项目为：
Title：你的职位或头衔
First name：名
last name：姓
login：登陆名
Affiliation：所属机构地址，一般填写自己学校地址
E-mail Address：通信电邮，填完后会发随机密码到此电邮地址，使用随机密码进行登陆，当然登陆后可对密码进行重置;
3.登陆BankIt，看到如下图所示界面，此时NCBI会自动分配一个SubmissionID，但不是最终的提交序列ID：
接下来共有九个步骤(好事多磨)：
3.1 Contact Information
填写个人姓名、机构、电邮等资料集联系方式，如果错误该页会有ERROR提示直到正确填写，填写完毕点击CONTINUE;
3.2 Reference
填写参考作者信息(Reference author)及序列相关信息，比如该序列是否对应有文章，如单纯提交序列则只需选择Unpublished即可(Reference title项可以填入“Direct Submission”)，有的话就填写已发表文章的信息(卷、期等)，接下来会问你该序列的提交者是否是序列的发现者等信息，填写完毕点击CONTINUE;
※提示：新版的BankIt中，接下来会有“Sequencing Technology”一项，呈现有454、Illumina、SOLiD及Other等测序方法选择，目前为“Sanger dideoxy sequencing”即一代测序方法测序，并且所提交的序列均为“assembled sequences”，目前的“assembly program”为“Lasergene，version 7.0”。
㈡ 如何将基因序列上传到Genebank
有两中方法可以提交你的序列：1、进入NCBI网站，左侧有sequence submissions ，点击进入Submit to GenBank利用BankIt在线投递，特点是比较方便，你按照程序的说明一步步跟着操作就可以了，满简单的。2、从NCBI的ftp上下载提交序列的软件sequin,利用软件进行提交。NCBI的ftp地址是ftp.ncbi.nih.gov如果只提交单条序列，可以到NCBI站点用方法1直接提交。如果批量提交很多条序列，建议用sequin软件，这样更具有效率。
㈢ ncbi提交序列问题
这封邮件是告诉你已经提交序列成功了，查找这个序列的ID （也就是 Genbank accession number
）是
BankIt1691102 BankIt1691102 KJ195333 （Genbank accession number一般是2位字母+6位数字，即KJ195333， 前面那一串不知道是什么东东）
你或者别人写文章的时候引用你提交的序列时需要注明这个Genbank accession number。
你可以在Genbank向公众释放这些序列前提交你的文章。
你上传的结果并不会自动录入Genbank。Genbank有专门的工作人员会检查你上传的序列以及做好注释。
由于你没有指定你提交的序列什么时候向公众发表，所以NCBI那边的人默认是他们把这些数据处理好就自动向公众发表（也就是大家都可以查得到），若果你不想这样，请发邮件给他们（[email protected]）。更多内容请见他们帖出来网址。
大概就是这样。
㈣ 细菌基因组上传NCBI（一）（GenBank）
进行细菌基因组测序项目的科研工作者在提交研究时，经常会遇到编辑要求上传基因组序列至NCBI，并提供基因组数据登录号的指示。对于初次涉及此过程的学者来说，确实会感到困惑。上传基因组至NCBI主要涉及三个步骤：BioProject、BioSample、GenBank。
BioProject主要用于描述测序基因组所属的研究背景。在这个环节，你需填写项目背景信息，包括联系人基本信息、项目数据类型、物种名称、项目基本信息等。
BioSample则用于描述测序样本的背景信息。具体操作与BioProject相似，只需填写相关信息即可。
GenBank部分是上传组装完成的基因组数据，包括WGS草图或完成图。
开始上传流程之前，需要注册My NCBI账号，通过NCBI主页右上角的“Sign in to NCBI”进行注册。注册过程简单，不再赘述。
在完成BioProject和BioSample的申请后，便可以开始上传基因组至GenBank。
进入上传界面后，首先选择“submitter”和“general info”等基本信息。重点在于准备.sqn文件，这一步骤至关重要。
准备文件需要生成两个主要文件：.sbt文件和genome.fsa文件。.sbt文件包含作者信息，通过指定网站填写完成。genome.fsa文件则包含物种、菌株名称和是否环状的信息。接着，使用tbl2asn工具生成.sqn文件，具体命令如下：
tbl2asn -t genome.sbt -p ./ -a r1k -M n -l paired-ends -V vb -Z discrep
下载tbl2asn工具请访问ftp.ncbi.nih.gov/toolbo...。工具使用方法请参阅ncbi.nlm.nih.gov/genban...
完成.sqn文件的生成后，上传至NCBI指定位置，继续完成后续的上传流程。整个细菌基因组上传过程至此完成。
总的来看，仅仅上传基因组序列并不复杂，而上传包含注释信息的基因组则相对更为复杂。后续将专门探讨这部分内容。