数据上传工具
① 技术干货:SRA 数据上传指南
SRA,即NCBI的高通量测序数据库,是科学研究中必不可少的数据存储库。对于遵循数据公开原则的论文,上传原始数据和比对信息至关重要。本文将带你一步步完成这个过程,确保数据的顺利提交。
步骤一:准备环境和工具
首先,推荐使用FileZilla FTP客户端(适用于Windows、Mac和Linux平台</),它是一个功能强大且易于操作的工具。
步骤二:整理数据
你的文件类型可能包括fasta/fastq、bam等,为了节省空间,建议使用Linux命令行压缩为.gz格式</,文件名尽量采用英文字符,便于识别。
SRA上传流程
登录SRA提交门户的入口是:https://submit.ncbi.nlm.nih.gov/subs/sra/</,支持第三方账号,中国大陆用户推荐使用微软账户。
- 填写提交信息:从个人信息到项目描述,每一步都细致入微。
- 项目设置:选择“指定日期发布”并设定明确的日期,标题和描述需简洁明了。
- 样本管理:选择样本类型,提供物种拉丁名,必要时使用特定标签。
- 样本详细信息:准备样本属性文件,这是上传成功的关键环节。
填写元数据表格
下载Excel模板,填写生物样品表格,内容包括但不限于:
- 样品名称</(格式自定)
- 物种拉丁名
- 个体标识(无特定格式)
- 年龄(数字+时间单位)
- 单位信息
- 性别(下拉选择项)
- 组织类型
- 自定义填写黄色单元格
SRA元数据填写
在"SRA_data"工作表中,确保信息一致性,填写如下内容:
- 样品名称(与上传保持一致)
- 库ID(格式不限)
- 标题(如“方法:物种:样本描述”)
- 详细描述库策略、来源、筛选等信息,以及文件类型、文件名(R1/R2)、参考基因组(如bam文件)。
上传过程
选择上传方式,推荐FTP或Aspera Command Line。获取预加载文件夹信息后,利用FileZilla完成上传:
- 主机地址、用户名、密码及文件夹路径
- 注意大文件上传可能耗时,避免非ASCII字符,并在上传后检查文件大小和文件夹选择。
提交与审核
将文件上传至SRA服务器后,需通过网页检查,提交后等待人工审核</,审核通过后会收到登录号和邮件通知。
时间规划
为了确保论文顺利发表,建议至少提前一个月开始SRA数据上传的准备工作,以防意外延迟。
② 求一个可以把旧手机软件个数据传到新手机的软件…
若使用的是vivo手机,可以通过在两台机型的应用商店下载“互传”软件。使用互传的一键换机功能,将数据转移到另一部分手机。
一键换机支持传输联系人、通话记录、信息(不支持传输彩信)、日程、便签(仅支持vivo手机)、wifi密码、微信数据(只能vivo手机之间)、系统设置(不包括面部、锁屏密码和指纹)、应用(具体哪些软件支持需要以互传显示的界面为准。)、图片、音乐、视频、录音(目前只支持vivo手机间传输)。
文件传输支持:应用(不包含数据)、图片、文件、视频、联系人。
保密柜:手机保密柜内文件资料一键换机,需文件管理在5.5.1.3及以上版本和互传在5.1.3及以上版本才支持。
③ 有没有批量上传产品到某个网站的工具
要看什么样的产品,网站是否需要产品描述?一般单一文字或者图片是可以批量上传的,但还要看网站对此的具体限制