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数据上传工具

发布时间: 2024-09-26 16:35:40

① 技术干货:SRA 数据上传指南

SRA,即NCBI的高通量测序数据库,是科学研究中必不可少的数据存储库。对于遵循数据公开原则的论文,上传原始数据和比对信息至关重要。本文将带你一步步完成这个过程,确保数据的顺利提交。


步骤一:准备环境和工具


首先,推荐使用FileZilla FTP客户端(适用于Windows、Mac和Linux平台</),它是一个功能强大且易于操作的工具。


步骤二:整理数据


你的文件类型可能包括fasta/fastq、bam等,为了节省空间,建议使用Linux命令行压缩为.gz格式</,文件名尽量采用英文字符,便于识别。


SRA上传流程

登录SRA提交门户的入口是:https://submit.ncbi.nlm.nih.gov/subs/sra/</,支持第三方账号,中国大陆用户推荐使用微软账户。



  • 填写提交信息:从个人信息到项目描述,每一步都细致入微。

  • 项目设置:选择“指定日期发布”并设定明确的日期,标题和描述需简洁明了。

  • 样本管理:选择样本类型,提供物种拉丁名,必要时使用特定标签。

  • 样本详细信息:准备样本属性文件,这是上传成功的关键环节。


填写元数据表格


下载Excel模板,填写生物样品表格,内容包括但不限于:



  • 样品名称</(格式自定)

  • 物种拉丁名

  • 个体标识(无特定格式)

  • 年龄(数字+时间单位)

  • 单位信息

  • 性别(下拉选择项)

  • 组织类型

  • 自定义填写黄色单元格


SRA元数据填写

在"SRA_data"工作表中,确保信息一致性,填写如下内容:



  • 样品名称(与上传保持一致)

  • 库ID(格式不限)

  • 标题(如“方法:物种:样本描述”)

  • 详细描述库策略、来源、筛选等信息,以及文件类型、文件名(R1/R2)、参考基因组(如bam文件)。


上传过程


选择上传方式,推荐FTP或Aspera Command Line。获取预加载文件夹信息后,利用FileZilla完成上传:



  • 主机地址、用户名、密码及文件夹路径

  • 注意大文件上传可能耗时,避免非ASCII字符,并在上传后检查文件大小和文件夹选择。


提交与审核


将文件上传至SRA服务器后,需通过网页检查,提交后等待人工审核</,审核通过后会收到登录号和邮件通知。


时间规划


为了确保论文顺利发表,建议至少提前一个月开始SRA数据上传的准备工作,以防意外延迟。

② 求一个可以把旧手机软件个数据传到新手机的软件…

若使用的是vivo手机,可以通过在两台机型的应用商店下载“互传”软件。使用互传的一键换机功能,将数据转移到另一部分手机。
一键换机支持传输联系人、通话记录、信息(不支持传输彩信)、日程、便签(仅支持vivo手机)、wifi密码、微信数据(只能vivo手机之间)、系统设置(不包括面部、锁屏密码和指纹)、应用(具体哪些软件支持需要以互传显示的界面为准。)、图片、音乐、视频、录音(目前只支持vivo手机间传输)。
文件传输支持:应用(不包含数据)、图片、文件、视频、联系人。
保密柜:手机保密柜内文件资料一键换机,需文件管理在5.5.1.3及以上版本和互传在5.1.3及以上版本才支持。

③ 有没有批量上传产品到某个网站的工具

要看什么样的产品,网站是否需要产品描述?一般单一文字或者图片是可以批量上传的,但还要看网站对此的具体限制

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