生物分子資料庫

❶ NCBI是什麼主要是做什麼

NCBI (National Center for Biotechnology Information )是指美國國立生物技術信息中心。

理解自然無聲但精妙的關於生命細胞的語言是現代分子生物學的要求。通過只有四個字母來代表DNA化學亞基的字母表，出現了生命過程的語法，其最復雜形式就是人類。

闡明和使用這些字母來組成新的"單詞和短語"是分子生物學領域的中心焦點。數目巨大的分子數據和這些數據的隱秘而精細的模式使得計算機化的資料庫和分析方法成為絕對的必須。挑戰在於發現新的手段去處理這些數據的容量和復雜性，並且為研究人員提供更好的便利來獲得分析和計算的工具，以便推動對我們遺傳之物和其在健康和疾病中角色的理解。

基本研究

它的使命包括四項任務:

建立關於分子生物學，生物化學，和遺傳學知識的存儲和分析的自動系統。

實行關於用於分析生物學重要分子和復合物的結構和功能的基於計算機的信息處理的，先進方法的研究。

加速生物技術研究者和醫葯治療人員對資料庫和軟體的使用。

全世界范圍內的生物技術信息收集的合作努力。

NCBI通過下面的計劃來實現它的四項目的:

NCBI有一個多學科的研究小組包括計算機科學家，分子生物學家，數學家，生物化學家，實驗物理學家，和結構生物學家，集中於計算分子生物學的基本的和應用的研究。這些研究者不僅僅在基礎科學上做出重要貢獻，而且往往成為應用研究活動產生新方法的源泉。

他們一起用數學和計算的方法研究在分子水平上的基本的生物醫學問題。

這些問題包括基因的組織，序列的分析，和結構的預測。目前研究計劃的一些代表是:檢測和分析基因組織，重復序列形式，蛋白domain和結構單元，建立人類基因組的基因圖譜，HIV感染的動力學數學模型，資料庫搜索中的序列錯誤影響的分析，開發新的資料庫搜索和多重序列對齊演算法，建立非冗餘序列資料庫，序列相似性的統計顯著性評估的數學模型和文本檢索的矢量模型。

另外，NCBI研究者還堅持推動與NIH內部其他研究所及許多科學院和政府的研究實驗室的合作。

❷ 分子生物信息資料庫的二次資料庫

二次資料庫種類繁多，以核酸資料庫為基礎構建的二次資料庫有基因調控轉錄因子資料庫TransFac，真核生物啟動子資料庫EPD，克隆載體資料庫Vector，密碼子使用表資料庫CUTG等。以蛋白質序列資料庫為基礎構建的二次資料庫有蛋白質功能位點資料庫Prosite，蛋白質功能位點序列片段資料庫Prints，同源蛋白家族資料庫Pfam，同源蛋白結構域資料庫Blocks。以具有特殊功能的蛋白為基礎構建的二次資料庫有免疫球蛋白資料庫Kabat，蛋白激酶資料庫PKinase等。以三維結構原子坐標為基礎構建的資料庫為結構分子生物學研究提供了有效的工具，如蛋白質二級結構構象參數資料庫DSSP，已知空間結構的蛋白質家族資料庫FSSP，已知空間結構的蛋白質及其同源蛋白資料庫HSSP等。蛋白質回環分類資料庫則是用於蛋白質結構、功能和分子設計研究的專門資料庫。此外，酶、限制性內切酶、輻射雜交、氨基酸特性表、序列分析文獻等，也屬於二次資料庫或專門資料庫。 法國生物信息研究中心Infobiogen生物信息資料庫目錄DBCat搜集了主要400多個資料庫的名稱、內容、數據格式、聯系地址、網址等詳細信息，使用戶對目前生物信息資料庫有一個詳盡的了解。

❸ 怎樣從生物大分子資料庫PDB批量下載pdb文件

點擊download selected 後，應該是又出來一個網頁，分成三部分：Structure Download，FASTA File Download，RCSB PDB File Download Services。你是你是想下載structure，你可以在Download Type處，選擇PDB Format 就行了，然後再下載。
不知道對你有沒有幫助。

❹ 分子生物信息資料庫的分子生物信息資料庫分類

基因組資料庫來自基因組作圖，序列資料庫來自序列測定，結構資料庫來自X-衍射和核磁共振結構測定。這些資料庫是分子生物信息學的基本數據資源，通常稱為基本資料庫，初始資料庫，也稱一次資料庫。根據生命科學不同研究領域的實際需要，對基因組圖譜、核酸和蛋白質序列、蛋白質結構以及文獻等數據進行分析、整理、歸納、注釋，構建具有特殊生物學意義和專門用途的二次資料庫，是資料庫開發的有效途徑。近年來，世界各國的生物學家和計算機科學家合作，已經開發了幾百個二次資料庫和復合資料庫，也稱專門資料庫、專業資料庫、專用資料庫。

❺ 分子資料庫的概述

本條目介紹一下全球免費讓公眾使用的化合物及葯物分子資料庫 ，對化學及葯物研究特別有用。
（注意： 以下信息來自於美國MedKoo Biosciences， Inc。）
1.美國國家醫學圖書館化學身份證（CHEMIDPLUS）資料庫
該網頁可檢索葯物化學結構，本網站可以用葯物名稱查找其化學結構. 此外,本資料庫還可以查看毒性, 理化性質, 葯品代碼等。
2. 美國國家醫學圖書館PUBCHEM資料庫可檢索葯物化學結構
本資料庫是美 國國家健康研究所（NIH）和美國國家醫學圖書館（NLM)的大型葯物分子庫。NIH 是美國醫學研究機構，下設27個機構和中心，也是美國健康與人類服務部的一個組成部分。它是一個重要的聯邦機構，執行和支持基礎、臨床及可轉化醫學研究， 調查普通及罕見疾病的原因、治療及治癒情況。PubChem資料庫是美國國家衛生署分子庫路線圖計劃的一個組成部分，是由NIH國家生物技術信心中心開發 的一個化學結構及分子生物活性綜合資料庫.
3。 美國國家癌症研究所（NCI）抗癌葯葯物詞典
該數據收集了4000多條與癌症醫學相關的術語和化合物性質。
4. 葯物合成資料庫（Drug SynthesisDatabase）
該數據是這個葯物在線網推出的數據 庫.本資料庫提供近7000種已上市或在研葯物的葯物合成相關的信息，如葯品名、結構式、化學名、CAS登記號、分子式、分子量、化學活性、開發階段、研 究機構等。最大的優點是快速檢索合成路線，並給出參考文獻來源。
檢索條件支持模糊查詢，各輸入條件間的檢索關系為邏輯與（即AND關系）。檢索條件選擇其一即可查詢。檢索方法包括：
*葯物名稱：（註：包含通用名、商標名、研發代號、異名等）。如Loratadine、Cefpirome.
*化學名稱：（註：包含CA命名、普通命名等）。
*CAS登記號：（註：美國化學文摘登記號）。
5. 有機合成方法資料庫
Since 1921, OrganicSyntheses has provided the chemistry community with annual collections ofdetailed, reliable, and carefully checked proceres for the synthesis oforganic compounds. Some proceres describe practical methods for thepreparation of specific compounds of interest, while other proceresillustrate important synthetic methods with general utility. Each procere iswritten in considerably more detail as compared to typical experimentalproceres in other journals, and each reaction and all characterization datahas been carefully checked for reprocibility in the laboratory ofa member of the Board of Editors.
Organic Synthesesproceres may be accessed either via the tables of contents of indivialvolumes (journal mode) or by concting structure and keywordsearches (database mode). Specific in divial proceres can beaccessed via the table of contents for either the original annual volume orcollective volume in which the procere appeared. Database modeallows users to simultaneously search all volumes of Organic Syntheses bykeywords or by inputting structures and substructures. Structure searchingrequires the ChemDraw plugin which can be downloaded according to theinstructions found in the left margin. Articles from future volumes of OrganicSyntheses that are not yet incorporated in the searchable database can beaccessed on the Org Syn Express page.
6. 有機合成人名反應
該資料庫是葯物在線網推出的數據 庫.TheOrganic Name Reactions (ONR) section is intended to serve the professionalchemist and student by describing organic chemical reactions which have come tobe recognized and referred to by name within the chemistry community. A selectgroup has been chosen for addition to this section. Each reaction descriptionis designed to be informative and representative of the pertinent literature;however, it is not meant to be comprehensive. The descriptions are composed ofthe following: (1) name(s) associated with the reaction, (2) the originaland/or primary contributor(s) connected with the discovery and/or developmentof the reaction, (3) a concise description of the transformation, (4) areaction scheme, (5) key references, and (6) cross references to other ONRbased on commonalities. The index included in this section also listssupplementary terms.
7. 有機合成反應庫
該數據可是這個葯物在線網推出的資料庫.含有400多個有機合成人名反應。
8. 化學物質索引資料庫（Chemical IndexDatabase）
該資料庫是葯物在線網推出的資料庫。 本資料庫為化學物質特性資料庫，包含大量具葯理活性及生物活性的物質性質信息數據。檢索條件支持模糊查詢，各輸入條件間的檢索關系為邏輯與（即AND關 系）。化學結構式為矢量格式圖片，可利用系統自帶圖片預覽工具或支持該格式的工具進行無損縮放查看。檢索結果包括：（a) 索引信息：如物質名稱、化學結構式圖、化學文摘登記號(CAS)、CA名稱、商標名、化學結構式、分子式、分子量、元素組成等。(b) 參考文獻：提供公開物質理化性質、制備方法、分析方法、葯理葯效、臨床研究等的重要期刊、專利、綜述等極具參考價值的文獻。(c) 物質特性：包括理化特性數據，如熔點、沸點、閃點、溶解性、多晶物質狀態、光譜吸收特徵數據、葯物治療分類等.
其檢索的方法有：
*物質名稱(英文名)：（包含化學名、通用名、商標名、異名等的全名或部分(大於3個字元)，如Ceftriaxone,Adefovir.）
*CA登記號(CAS Registry Number)：
*注:美國化學文摘登記號
*參考文獻(Literature References)
*葯理活性(Keywords)
*用途(Usages)
*治療分類(Therapeutic Category)
*分子式(Molecular Formula)
*分子量(Molecular Weight)
*熔點(Melting Point)
*注:熔點值,以攝氏度為單位
*沸點(Boiling Point)
*注:沸點值,以攝氏度為單位
*解離常數(pKa)
*比旋度(Optical Rotation)
*油水分配系數(LogP)
*最大吸收值(Absorption Maximum)
*密度(Density)
*折光率(Index of Refraction)
*毒性數據(Toxicity)

❻ 生物學資料庫都有哪些

分子生物學資料庫大全：核酸資料庫、基因表達資料庫、蛋白資料庫、糖資料庫、專利資料庫等國際頂尖資料庫列表可以在生物幫那裡找到的，我一般找資料，最新資訊都是到那裡的，他們比較專業，權威，也比較全面，技術文檔，視頻，產品都蠻豐富的。年來大量生物學實驗的數據積累，形成了當前數以百計的生物信息資料庫。它們各自按一定的目標收集和整理生物學實驗數據，並提供相關的數據查詢、數據處理的服務。

❼ 分子生物信息資料庫的DBCat

DBCat本身也是一個具有一定數據格式的資料庫。DBCat按DNA、RNA、蛋白質、基因圖譜、結構、文獻等分類，其中大部分資料庫是可以免費下載的公用資料庫。 此外，國際上許多生物信息中心建有生物信息學和基因組信息資源網路導航系統其中美國Oak Ride國家實驗室人類基因組信息資源導航系統和英國基因組圖譜資源中心(Human Genome Mapping Resource Centere，簡稱HGMP)的GenomeWeb所列網址最為詳盡，搜集了世界各地基因組中心、基因組資料庫、基因組圖譜、基因組實驗材料、基因突變、遺傳疾病、以及生物技術公司、實驗規程、網路教程、用戶手冊等幾百個網址。

❽ 2. NCBI包含哪些資料庫如何檢索到所要的信息

日本DNA資料庫DDBJ、歐洲分子生物學實驗室資料庫EMBL以及其它幾個知名科研機構
有Entrez、Entrez Programming Utilities、MyNCBI、PubMed、PubMed Central、EntrezGene、NCBI Taxonomy Browser、BLAST、BLAST Link (BLink)、ElectronicPCR等共計36種檢索方法
國家生物技術信息中心(National Center for Biotechnology Information, 簡稱NCBI) 是美國國家醫學圖書館(NLM)的一部分(該圖書館是美國國家衛生研究所的一部分).NCBI位於馬里蘭州的貝塞斯達， 建立於1988年· NCBI保管GenBank的基因測序數據和Medline的生物醫學研究論文索引· 所有的這些資料庫都可以通過Entrez搜索引擎在線訪問·

❾ 什麼是生物信息學中的二級資料庫

一、生物信息學資料庫的種類

分子生物信息資料庫種類繁多。歸納起來，大體可以分為4個大類：

基因組資料庫

核酸和蛋白質一級結構資料庫

生物大分子(主要是蛋白質)三維空間結構資料庫

由上述3類資料庫和文獻資料為基礎構建的二級資料庫

一級資料庫（一次資料庫） ：基因組資料庫來自基因組作圖，序列資料庫來自序列測定，結構資料庫來自X射線衍射和核磁共振等結構測定。這些資料庫是分子生物學的基本數據資源，通常稱為基本資料庫、初始資料庫，也稱一次資料庫。

二級資料庫（二次資料庫） ：是在一級資料庫、實驗數據、理論分析的基礎上，衍生整理而得。它是根據生命科學不同研究領域的實際需要，對基因組圖譜、核酸和蛋白質序列、蛋白質結構以及文獻等數據進行分析、整理、歸納、注釋，構建具有特殊生物學意義和專門用途的資料庫。
一般說來，一級資料庫的數據量大，更新速度快，用戶面廣，通常需要高性能的計算機伺服器、大容量的磁碟空間和專門的資料庫管理系統支撐。

二級資料庫的容量則小得多，更新速度也不像一次資料庫那樣快，也可以不用大型商業資料庫軟體支持，這類針對不同問題開發的二次資料庫的最大特點是使用方便，特別適用於計算機使用經驗不太豐富的生物學家。

序列資料庫是分子生物信息資料庫中最基本的資料庫，包括核酸和蛋白質兩類，以核苷酸鹼基順序或氨基酸殘基順序為基本內容，並附有注釋信息。

GenBank：由美國國家生物技術信息中心(National Center for Biotechnology Information, NCBI)建立(1979-1982)。該中心隸屬於美國國家醫學圖書館，位於美國家衛生研究院(NIH)內。

EMBL：由歐洲分子生物學實驗室(European Molecular Biology Laboratory, 其下有European Bioinformatics Centre)建立（1982），主要位於英國劍橋Cambridge和德國漢堡Hamburg。

DDBJ：日本DNA資料庫(DNA Data Bank of Japan）。由the National Institute of Genetics建立（1984-1987）, NIG主管。

二級資料庫的形式：大多以web界面為基礎，具有文字信息、表格、圖形、圖表等方式顯示資料庫內容。

一級資料庫與二級資料庫之間並無明確的界限。（例如：GDB、AceDB、SCOP、CATH等都已經具有二級資料庫的特色）。