scop資料庫

① 試述SCOP蛋白質分類方案

SCOP將PDB資料庫中的蛋白質按傳統分類方法分成α型、β型、α/β型、α+β型，並將多結構域蛋白、膜蛋白和細胞表面蛋白、N蛋白單獨分類，一共分成7種類型，並在此基礎上，按折疊類型、超家族、家族三個層次逐級分類。對於具有不同種屬來源的同源蛋白家族，SCOP資料庫按照種屬名稱將它們分成若乾子類，一直到蛋白質分子的亞基

② 構建蛋白質二級資料庫的基本原則是什麼

生物大分子三維空間結構資料庫是一類重要的生物信息學資料庫。蛋白質結構資料庫(ProreinData Bank，PDB)是1971年創建的國際上最著名、最完整的蛋白質三維結構資料庫。另外還有蛋白質分類資料庫SCOP和CATH。

③ 如何將資料庫接入oscilloscop

用函數，在總表中寫公式等於分表中的數據，在「工具-選項」中設置「自動重算」就行了

④ 簡述蛋白質的等級結構以及維持各級結構的主要作用力

蛋白質的結構可劃分為4個層次,即一級結構、二級結構、三級結構、四級結構.

其中,一級結構即基本結構,

二級、三級、四級屬於空間結構.

維持的力：

一級：主要是肽鍵,還有二硫鍵；

二級：是氫鍵 ；

三級：是次級鍵,包括：二硫鍵、氫鍵、鹽鍵、范德華力、疏水作用（主要）；

四級：是非共價鍵,包括：氫鍵、鹽鍵、范德華力、疏水作用.

(4)scop資料庫擴展閱讀：

蛋白質結構是指蛋白質分子的空間結構。蛋白質主要由碳、氫、氧、氮等化學元素組成，是一類重要的生物大分子，所有蛋白質都是由20種不同氨基酸連接形成的多聚體，在形成蛋白質後，這些氨基酸又被稱為殘基。

作用

1.構成生物體內基本物質，為生長及維持生命所必需；

2.部分蛋白質可作為生物催化劑，即酶和激素；

3.生物的免疫作用所必需的物資；

4.有些蛋白質會導致食物過敏。

化學組成

（1）單純蛋白質：僅含有AAs

（2）結合蛋白質：由AAs和其他非蛋白質化合物所組成

（3）衍生蛋白質：用化學或酶學方法得到的化合物

分子組成

基本單位：氨基酸 有不同的AAs通過肽鍵相互連接而成

蛋白質→眎→腖→多肽→二肽→多肽→氨基酸

元素組成：由碳，氫，氧，氮，硫，磷，碘，鐵，鋅等元素組成。

功能分類

（1）結構蛋白質：角蛋白，膠原蛋白，彈性蛋白

（2）有生物活性的蛋白質：酶，激素，免疫球蛋白

（3）食品蛋白質：凡可供食用，易消化，無毒和可供人類利用的蛋白質

對蛋白質結構進行分類的方法有多種，有多個結構資料庫（包括SCOP、CATH和FSSP）分別採用不同的方法進行結構分類。存放蛋白質結構的PDB資料庫中就引用了SCOP的分類。對於大多數已分類的蛋白質結構來說，SCOP、CATH和FSSP的分類是相同的，但在一些結構中還有所區別。

⑤ 蛋白質序列資料庫包含哪些內容

蛋白質資料庫

1. PIR和PSDPIR國際蛋白質序列資料庫(PSD)是由蛋白質信息資源(PIR)、慕尼黑蛋白質序列信息中心(MIPS)和日本國際蛋白質序列資料庫(JIPID)共同維護的國際上最大的公共蛋白質序列資料庫。這是一個全面的、經過注釋的、非冗餘的蛋白質序列資料庫，包含超過142,000條蛋白質序列(至99年9月)，其中包括來自幾十個完整基因組的蛋白質序列。所有序列數據都經過整理，超過99%的序列已按蛋白質家族分類，一半以上還按蛋白質超家族進行了分類。PSD的注釋中還包括對許多序列、結構、基因組和文獻資料庫的交叉索引，以及資料庫內部條目之間的索引，這些內部索引幫助用戶在包括復合物、酶－底物相互作用、活化和調控級聯和具有共同特徵的條目之間方便的檢索。每季度都發行一次完整的資料庫，每周可以得到更新部分。

PSD資料庫有幾個輔助資料庫，如基於超家族的非冗餘庫等。PIR提供三類序列搜索服務：基於文本的互動式檢索；標準的序列相似性搜索，包括BLAST、FASTA等；結合序列相似性、注釋信息和蛋白質家族信息的高級搜索，包括按注釋分類的相似性搜索、結構域搜索GeneFIND等。

PIR和PSD的網址是：http://pir.georgetown.e/。

資料庫下載地址是：ftp://nbrfa.georgetown.e/pir/。

2. SWISS-PROT

SWISS-PROT是經過注釋的蛋白質序列資料庫，由歐洲生物信息學研究所(EBI)維護。資料庫由蛋白質序列條目構成，每個條目包含蛋白質序列、引用文獻信息、分類學信息、注釋等，注釋中包括蛋白質的功能、轉錄後修飾、特殊位點和區域、二級結構、四級結構、與其它序列的相似性、序列殘缺與疾病的關系、序列變異體和沖突等信息。SWISS-PROT中盡可能減少了冗餘序列，並與其它30多個數據建立了交叉引用，其中包括核酸序列庫、蛋白質序列庫和蛋白質結構庫等。

利用序列提取系統(SRS)可以方便地檢索SWISS-PROT和其它EBI的資料庫。

SWISS-PROT只接受直接測序獲得的蛋白質序列，序列提交可以在其Web頁面上完成。

SWISS-PROT的網址是：http://www.ebi.ac.uk/swissprot/。

3. PROSITE

PROSITE資料庫收集了生物學有顯著意義的蛋白質位點和序列模式，並能根據這些位點和模式快速和可靠地鑒別一個未知功能的蛋白質序列應該屬於哪一個蛋白質家族。有的情況下，某個蛋白質與已知功能蛋白質的整體序列相似性很低，但由於功能的需要保留了與功能密切相關的序列模式，這樣就可能通過PROSITE的搜索找到隱含的功能motif，因此是序列分析的有效工具。PROSITE中涉及的序列模式包括酶的催化位點、配體結合位點、與金屬離子結合的殘基、二硫鍵的半胱氨酸、與小分子或其它蛋白質結合的區域等；除了序列模式之外，PROSITE還包括由多序列比對構建的profile，能更敏感地發現序列與profile的相似性。PROSITE的主頁上提供各種相關檢索服務。

PROSITE的網址是：http://www.expasy.ch/prosite/。

4. PDB

蛋白質數據倉庫(PDB)是國際上唯一的生物大分子結構數據檔案庫，由美國Brookhaven國家實驗室建立。PDB收集的數據來源於X光晶體衍射和核磁共振(NMR)的數據，經過整理和確認後存檔而成。目前PDB資料庫的維護由結構生物信息學研究合作組織(RCSB)負責。RCSB的主伺服器和世界各地的鏡像伺服器提供資料庫的檢索和下載服務，以及關於PDB數據文件格式和其它文檔的說明，PDB數據還可以從發行的光碟獲得。使用Rasmol等軟體可以在計算機上按PDB文件顯示生物大分子的三維結構。

RCSB的PDB資料庫網址是：http://www.rcsb.org/pdb/。

5. SCOP

蛋白質結構分類(SCOP)資料庫詳細描述了已知的蛋白質結構之間的關系。分類基於若干層次：家族，描述相近的進化關系；超家族，描述遠源的進化關系；折疊子(fold)，描述空間幾何結構的關系；折疊類，所有折疊子被歸於全α、全β、α/β、α＋β和多結構域等幾個大類。SCOP還提供一個非冗餘的ASTRAIL序列庫，這個庫通常被用來評估各種序列比對演算法。此外，SCOP還提供一個PDB-ISL中介序列庫，通過與這個庫中序列的兩兩比對，可以找到與未知結構序列遠緣的已知結構序列。

SCOP的網址是：http://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop/。

6. COG

蛋白質直系同源簇(COGs)資料庫是對細菌、藻類和真核生物的21個完整基因組的編碼蛋白，根據系統進化關系分類構建而成。COG庫對於預測單個蛋白質的功能和整個新基因組中蛋白質的功能都很有用。利用COGNITOR程序，可以把某個蛋白質與所有COGs中的蛋白質進行比對，並把它歸入適當的COG簇。COG庫提供了對COG分類數據的檢索和查詢，基於Web的COGNITOR服務，系統進化模式的查詢服務等。

COG庫的網址是：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/COG。

下載COG庫和COGNITOR程序在：ftp://ncbi.nlm.nih.gov/pub/COG。

⑥ 蛋白質結構和功能多樣性的直接和根本原因是什麼

一、直接原因：
1、氨基酸種類不同；
2、數目成百上千；
3、排列順序千變萬化；
4、肽鏈的空間結構千差萬別。
二、根本原因
根本原因是由於基因的多樣性和基因選擇性表達。
組成蛋白質的氨基酸約20種。人體內有8種氨基酸是人體細胞不能合成、必須從環境中直接獲取的，叫必需氨基酸，另外12種是人體細胞能夠合成的氨基酸叫非必需氨基酸。
(6)scop資料庫擴展閱讀
一、蛋白質的功能
（1）結構物質，如肌肉、羽毛、蛛絲；
（2）催化作用，如絕大多數酶；
（3）運輸作用，如血紅蛋白、載體蛋白；
（4）調節作用，如胰島素降血糖；
（5）免疫作用，如抗體。
二、結構特點
每種氨基酸至少都含有一個氨基（－NH2）和一個羧基（－COOH），並都有一個氨基和一個羧基連在同一個碳原子上，此外還連接一個氫原子和一個R基團，所以各種氨基酸之間的區別在於R基的不同。如甘氨酸的R基是（－H），丙氨酸的R基是（－CH3）。
參考資料來源：搜狗網路-蛋白質結構
參考資料來源：搜狗網路-蛋白質

⑦ 蛋白質三維結構資料庫的功能

PDB是目前最主要的收集生物大分子(蛋白質、核酸和糖)2.5維（以二維的形式表示三維的數據）結構的資料庫,是通過X射線單晶衍射、核磁共振、電子衍射等實驗手段確定的蛋白質、多糖、核酸、病毒等生物大分子的三維結構資料庫。隨著晶體衍射技術的不斷改進,結構測定的速度和精度也逐步提高。90年代以來,隨著多維核磁共振溶液構象測定方法的成熟,使那些難以結晶的蛋白質分子的結構測定成為可能。蛋白質分子結構資料庫的數據量迅速上升。據2000年5月統計，PDB資料庫中已經存放了1萬2千多套原子坐標,其中大部分為蛋白質，包括多肽和病毒。此外,還有核酸、蛋白和核酸復合物以及少量多糖分子。核酸三維結構測定進展迅速。PDB資料庫中已經收集了800多套核酸結構數據。
PDB資料庫允許用戶用各種方式以及布爾邏輯組合(AND、OR和NOT)進行檢索，可檢索的欄位包括功能類別、PDB代碼、名稱、作者、空間群、解析度、來源、入庫時間、分子式、參考文獻、生物來源等項。用戶不僅可以得到生物大分子的各種注釋、坐標、三維圖形、VAML等,並能從一系列指針連接到與PDB有關的資料庫，包括SCOP、CATH、Medline、ENZYME、SWISS-3DIMAGE等。可通過FTP下載PDB數據。所有的PDB文件均有壓縮和非壓縮版以適應用戶傳輸需要。PDB的電子公告版BBS和電子郵件興趣小組(Mailing List)為用戶提供了交流經驗和發布新聞的空間。在PDB的伺服器上還提供與結構生物學相關的多種免費軟體如Rasmol、Mage、PDBBrowser、3DB Brower等。

⑧ Oracle里，scope=both或者scop=pfile這個選項是做什麼用的謝謝你。

應該是scope=both和scope=spfile
Oracle 裡面有個叫做spfile的東西，就是動態參數文件，裡面設置了Oracle 的各種參數。所謂的動態，就是說你可以在不關閉資料庫的情況下，更改資料庫參數，記錄在spfile裡面。更改參數的時候，有4種scope選項。scope就是范圍
++ scope=spfile 僅僅更改spfile裡面的記載，不更改內存，也就是不立即生效，而是等下次資料庫啟動生效。有一些參數只允許用這種方法更改
++ scope=memory 僅僅更改內存，不改spfile。也就是下次啟動就失效了
++ scope=both 內存和spfile都更改
++ 不指定scope參數，等同於scope=both.