菌株資料庫

1. 怎麼在EBI資料庫上批量下載搜索到的某個菌的不同亞種的某個基因的序列

我記得ensembl有個comparative genomics，可以找到不同物種同一個基因或是同系物或旁系物的序列，然後直接進行比對，找到保守區域，感覺跟題主的需求相似，就是需要看一下ensembl是否包含你感興趣的那些細菌亞種的基因組數據

2. 自然界分離出一個新菌株怎麼確定一個菌株是新種

16S rDNA測序，某些保守序列測序，在NCBI上比對確定屬。

與屬內的每個種的標准菌株進行DNA雜交，雜交率小於70%，還有測復性溫度

全細胞可溶性蛋白SDS—PAGE，碳源使用，氮源使用，酶圖譜

很多東西。。。。

3. 如何查找細菌的基因庫位置

菌蛋白負責重組無數的生化過程，而這些過程對病原體的有效傳播至關重要。最近的研究發現體內細菌的豐度與體外研究的數據並不相關。這是發現抗菌靶標的一個主要缺點，因為許多體外假陰性都沒有進行進一步測試。因此，了解細菌感染是如何在體內發生的，以及感染宿主需要哪些細菌基因是至關重要的。

BacFITBase是一個手工管理的細菌基因資料庫，通過轉座子突變測量，整理宿主感染期間的體內相關信息。其包含橫跨10個不同組織的15種病原細菌和5個宿主脊椎動物的信息。

4. 如何查詢細菌基因的編號

根據你現在已有的核苷酸序列，前往NCBI（在google裡面搜索），點擊右側欄目裡面的blast，找不到，自己ctrl+F查，然後選擇nucleictide blast我記得貌似是的，然後輸入相關序列，後面選擇資料庫，選擇你要的，然後blast就能獲得你的序列對應的細菌基因，然後再點那個基因就能夠知道編號

5. NCBI資料庫有多少完整的細菌基因組序列該如何查閱

如果是基因組信息的話，選擇框里先選擇：Nucleotide
然後，輸入序列號或者輸入你要找的基因的名稱
找到以後，點擊FASTA，可以下載，也可以直接復制。
一般都是存TXT格式，這樣用軟體分析才能載入

6. 如何建立細菌資料庫

找個箱子 多找幾個 都消消毒 箱子上貼上標簽 ok了 如果是資料的話 就建一個 access資料庫 或 sql server 2000 或 2003 如果數據量大的話 建議用 sql server的資料庫

7. 日本細菌戰資源庫有哪些史料資源

「日本細菌戰資源庫」以國家圖書館從海外徵集的日本細菌戰檔案為基本素材，對原始文件進行逐頁整理標引後建成。內容包括日本細菌武器研究與試驗、日本對華實施細菌戰、日本使用活人進行人體試驗、日軍針對戰俘及平民的暴行、盟軍對日本涉細菌戰科研人員和軍人進行調查、盟軍關於組織戰爭罪行審判等方面的史料1萬余頁。

這些檔案還系統揭示了遠東國際軍事法庭審判期間，美國為獲取日本細菌戰所謂「研究成果」，阻礙司法公正，犧牲中國人民追究日本細菌戰罪責的權利，與日本達成秘密交易的內幕,是研究日本細菌戰罪行重要的一手史料。

資料庫下設日本細菌戰檔案、人物索引、地名索引、機構索引、疾病索引、相關報告、伯力審判庭審記錄、相關歷史事件8個子庫，並為每份檔案撰寫了中文提要，實現了原始檔案頁級深度標引和全庫知識點檢索定位。

(7)菌株資料庫擴展閱讀

「日本細菌戰資源庫」上線

9月2日，國家圖書館發布「日本細菌戰資源庫」、《侵華日軍細菌戰檔案匯編》等文獻整理成果。今起，資料庫面向全社會免費公益使用。

配合「日本細菌戰資源庫」發布，國家圖書館還推出《侵華日軍細菌戰檔案匯編》，將這些一手史料原汁原味影印出版，以方便專業學者研究使用。同時，發布會現場還陳列了「抗日戰爭文獻史料叢編」「對日戰犯審判文獻資料叢刊」「近代日本對華調查資料叢編」等系列抗戰史料1000餘冊。

這些成果涉及軍事、政治、經濟、社會、交通、國際、抗戰損失、戰犯審判等方面，集中全面反映抗日戰爭時期中國社會各方面真實狀況，具有極高的史料價值和文獻研究價值。

8. 菌株的序列已提交給genbank資料庫還能申請專利嗎

GenBank 是一個有來自於70,000多種生物的核苷酸序列的資料庫。每條紀錄都有編碼區（CDS）特徵的注釋，還包括氨基酸的翻譯。GenBank屬於一個序列資料庫的國際合作組織，包括EMBL和DDBJ。

9. 生物催化和生物降解的資料庫及網址有哪些

生物催化和生物降解的資料庫及網址有哪些
生物降解作用
生物降解是引起有機污染物分解的最重要的環境過程之一.水環境中化合物的生物降解依賴於微生物通過酶催化反應分解有機物.當微生物代謝時,一些有機污染物作為食物源提供能量和提供細胞生長所需的碳；另一些有機物,不能作為微生物的唯一碳源和能源,必須由另外的化合物提供.因此,有機物生物降解存在兩種代謝模式：生長代謝(Growth metabolism)和共代謝(Cometabolism).這兩種代謝特徵和降解速率極不相同,下面分別進行討論.
1．生長代謝
許多有毒物質可以像天然有機化合物那樣作為微生物的生長基質.只要用這些有毒物質作為微生物培養的唯一碳源便可鑒定是否屬生長代謝.在生長代謝過程中微生物可對有毒物質進行較徹底的降解或礦化,因而是解毒生長基質去毒效應和相當快的生長基質代謝意味著與那些不能用這種方法降解的化合物相比,對環境威脅小.
一個化合物在開始使用之前,必須使微生物群落適應這種化學物質,在野外和室內試驗表明,一般需要2—50天的滯後期,一旦微生物群體適應了它,生長基質的降解是相當快的.由於生長基質和生長濃度均隨時間而變化,因而其動力學表達式相當復雜.Monod方程是用來描述當化合物作為唯一碳源時,化合物的降解速率：
式中：c——污染物濃度；
B——細菌濃度；
Y——消耗一個單位碳所產生的生物量；
μmax——最大的比生長速率；
Ks——半飽和常數,即在最大比生長速率μmax一半時的基質濃度.
Monod方程式在實驗中已成功地應用於唯一碳源的基質轉化速率,而不論細菌菌株是單一種還是天然的混合的種群.Paris等用不同來源的菌株,以馬拉硫磷作唯一碳源進行生物降解(如圖3—34所示).分析菌株生長的情況和馬拉硫磷的轉化速率,可以得到Monod方程中的各種參數：μmax =0.37h－1,Ks=2.17μmol／L(0.716mg／L),Y=4.1×1010cell／μmol(1.2 ×1011cell／mg)
Monod方程是非線性的,但是在污染物濃度很低時,即Ks>>c,則式可簡化為：
－dc／dt=Kb2·B·c』
式中：Kb2——二級生物降解速率常數.

10. 「日本細菌戰資源庫」是什麼

「日本細菌戰資源庫」是以國家圖書館從海外徵集的日本細菌戰檔案為基本素材，對原始文件進行逐頁整理標引後建成的資料庫。

內容包括日本細菌武器研究與試驗、日本對華實施細菌戰、日本使用活人進行人體試驗、日軍針對戰俘及平民的暴行、盟軍對日本涉細菌戰科研人員和軍人進行調查、盟軍關於組織戰爭罪行審判等方面的史料1萬余頁。

日本細菌戰檔案還系統揭示了遠東國際軍事法庭審判期間，美國為獲取日本細菌戰所謂「研究成果」，阻礙司法公正，犧牲中國人民追究日本細菌戰罪責的權利，與日本達成秘密交易，最終導致幾乎所有細菌戰部隊成員逃脫了法律起訴的內幕，是研究日本細菌戰罪行重要的一手史料。

(10)菌株資料庫擴展閱讀：

日本細菌戰資源庫向社會免費開放

從9月2日起，資料庫面向全社會提供免費公益使用，展示史實史證，助力學術研究，「讓歷史說話，用史實發言」。

配合「日本細菌戰資源庫」發布,國家圖書館還推出《侵華日軍細菌戰檔案匯編》，將這些一手史料原汁原味影印出版，以方便專業學者研究使用。同時，發布會現場還陳列了「抗日戰爭文獻史料叢編」「對日戰犯審判文獻資料叢刊」「近代日本對華調查資料叢編」等系列抗戰史料1000餘冊。

這些成果涉及軍事、政治、經濟、社會、交通、國際、抗戰損失、戰犯審判等方面，集中全面反映抗日戰爭時期中國社會各方面真實狀況，具有極高的史料價值和文獻研究價值。