染色體資料庫

『壹』 請教千人基因組資料庫中的一些問題~~~~~求前輩詳細指教

vega:vertebrate genome annotation database;
HUGO:Human Genome Organization;
HGNC:The HUGO Gene Nomenclature Committee;
ENSEMBL:http://ke..com/view/2028023.htm;
CCDS:The consensus coding sequence;
括弧里註明的是該基因詮釋的來源----不同的資料庫。
圖中最左邊的是Y染色體，右面的三列應該是做的統計。
第一列，genes和known genes表示在Y染色體對應的位置基因的數量，已知基因用紅色柱，所有基因用空心柱，紅色柱越長表示該區域的基因我們了解的越精細。
第二列，是統計DNA的GC含量和重復序列的比例，各有符號表示，根據顏色可辨別。
第三列，是統計突變位點，柱的長短代表了該區域的DNA的突變幾率的大小。

『貳』 染色體檢查 46,XY,Yqh+是什麼意思

1、46：46條染色體。

2、XY：男性。

3、Yqh+：表示Y染色體長臂異常增大。

46,XY,Yqh+：表示Y染色體長臂異常增大的有46條染色體的男性。

人類染色體可分為兩種類型：常染色體（體染色體）和性染色體（異體染色體）。某些遺傳特徵與一個人的性別有關，並通過性染色體傳播。常染色體因此包含其餘部分的遺傳信息。常染色體和性染色體的復制、有絲分裂和減數分裂過程一致。

(2)染色體資料庫擴展閱讀

人類細胞有23對染色體（22對常染色體和一對性染色體），即每個細胞共有46個染色單體。除此之外，人類細胞還有數百個線粒體染色體拷貝。人類基因組的測序提供了關於每條染色體的大量信息。下表是根據Sanger Institute在脊椎動物基因組注釋（VEGA）資料庫中的人類基因組信息編制的染色體統計數據。基因數量是估計值，因為它部分基於基因預測。總染色體長度也是估計值，是基於未測序異染色質區域的大小估計的。

一、常用正常和異常染色體代號：

1、A-G成染色體組。

2、1-22常染色體序號。

3、X，Y性染色體。

4、+，二放在常染色體號或組的符號之前時，表示整個染色體的增加或丟失；放在染色體壁、結構或其它符號之後時，表示染色體長度的增加或減少。

5、：表示斷裂。

6、∷斷裂和連接。

7、q染色體長臂。

二、注意事項：

一般是直接到醫院檢查即可，沒有特殊的注意的。

『叄』 為什麼同一個基因兩個資料庫裡面的染色體定位不一樣到底用哪一個呢

你看一下他們的參考文獻和錄入時間。如果都一樣，那說明其中一個資料庫出錯了。發信去詢問。如果參考文獻和錄入時間不一樣，一般要新的那個。
還有就是你確定是同一個基因，發來我看看

『肆』 目前染色體多態性資料庫全覆蓋該區域什麼意思

可能是該片段重復沒見報道，且非遺傳自父母，故胎兒發生自身突變可能性大。因沒有文獻報道，故建議讓晶元檢測單位再次確認該重復區域存在哪些功能基因，請他們列出。再次搜索資料庫。否則難以決定胎兒是否可以保留。晶元報告單還提示：大多數遺傳自父母，外顯率低；你的情況是自發突變，外顯率也低？這是一個非常擾人的問題。建議進一步求助與晶元檢測方。

『伍』 y染色體資料庫的建設，怎樣才能做好這項工作

Y染色體的功能和演化研究一直是科研熱點，由此也引發過Y染色體是否會退化、消失的爭論。日前，夏威夷大學生物發生研究所的副教授莫妮卡·沃德（Monika Ward）發現，只要2個Y染色體基因Sry和Eif2s3y，就能代替整條Y染色體，令小鼠產生可使卵細胞受精的精細胞，並培育出可成活後代。研究結果今天發表在《科學》上。

『陸』 有沒有可以直接查植物染色體數目的資料庫謝謝解答！

網頁鏈接

CCDB server - Chromosome Counts Database

『柒』 胎兒15號染色體長臂存在大小約2.38mb的拷貝數重復，查詢公共資料庫#顯示:15號染色體重復區

指導意見： 現在的情況考慮是不正常，需要根據你的情況在醫生指導下來確定具體的情況的。再進行調理。

『捌』 怎麼查到一條染色體上的著絲粒以及端粒所在位置,例如釀酒酵母的,給個資料庫的,最好包括多個物種的.

額。。。。

『玖』 unigene，gene和homologene資料庫有何不同

前者收錄相對完整的genome或chromosome序列及其圖譜信息，並作了可視化處理。
後者的數據一部分來自前者，但是序列提交者需要先在NCBI注冊一個project，經認可後序列被收錄。後者既可以是完整的基因組/染色體序列，也可以是該project中所獲得的序列片斷或者拼接。除此之外，後者還包含一些和project相關的鏈接。

『拾』 NCBI選擇資料庫

原理很簡單後者是前者的子集。chromosome只包含所有已經測序的基因組數據。估計你的序列可能只是在高等生物中保守，所以才會出現選擇chromosome資料庫時相似數量下降非常多。

在做BLAST的時候，我們通常需要根據不同的目的選擇不同的資料庫。例如，要看一下測的序列是不是子集所期望的序列，以及，那nr資料庫是最好的選擇。至於以誰為准，因需要解決的問題而異。讀一下blast每個資料庫的定義，對於你選擇資料庫最有幫助。有一個基本原則是：nr資料庫可以滿足絕大多數的需求。少數特殊需求可以通過其他資料庫完成，例如最近30天內的更新序列，搜索新基因這是必查的；題目中的chromosome資料庫是只包含了全基因組或全染色體的數據。詳參NCBI Blast說明。

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/blastcgihelp.shtml#nucleotide_databases