代謝通路資料庫
❶ 植物代謝的主要通路有哪些
代謝的方式肯定不一樣，因為代謝所需要的酶類都不盡相同
❷ 如何查找一個基因參與的代謝通路
一般現在的科技服務公司如果做了kegg pathway資料庫注釋的話，都會做代謝通路圖的注釋，可以從結果文件中的代謝通路圖查找，找到想要的代謝通路圖後，再分析哪些基因在基因組上存在。
謝通路是kegg資料庫里的pathway資料庫。可以通過全基因組預測了編碼基因後，進行pathway資料庫注釋，從注釋結果的功能信息中通過關鍵字查找。一般都能找到。如果找不到，有可能是關鍵字不對或者基因組中沒有這樣的代謝通路功能基因。
❸ 怎麼做基於KEGG的生物通路富集分析
如何利用KEGG定位基因屬於哪個代謝通路
代謝通路：目前在通路資料庫(PATHWAY database) 中代謝通路是建立得最好的，有大約90個參考代謝途徑的圖形。每個參考代謝途徑是一個由酶或EC號組成的網粻丁綱股蕺噶告拴梗莖絡。
利用如下方法可通過計算機構建出生物體特有 的代謝通路：
先根據基因的序列相似性和位置相關性確定基因組中酶的基因。
然後合理地安排EC號。
最後將基因組中的基因和參照通路中用EC號編號的基因產物 結合起來。
❹ 代謝組學 如何查找代謝通路
幫您查了一個編程代碼可以解決：
use my package clusterProfiler
http://bioconctor.org/packages/devel/bioc/html/clusterProfiler.html
> require(clusterProfiler)
> data(gcSample)
> gcSample[[3]]
[1] "4905" "10383" "10953" "645958" "7280" "10381" "5869" "5985"
[9] "23197" "290" "309" "10577" "23071" "121504" "2495" "653226"
[17] "84617"
> x <- enrichKEGG(gcSample[[3]])
Warning messages:
1: 'l2e' is deprecated, use 'list2env' instead
2: 'l2e' is deprecated, use 'list2env' instead
> summary(x)
pathwayID Description GeneRatio BgRatio
05130 hsa05130 Pathogenic Escherichia coli infection 4/17 59/5504
04145 hsa04145 Phagosome 5/17 159/5504
04540 hsa04540 Gap junction 4/17 90/5504
04962 hsa04962 Vasopressin-regulated water reabsorption 2/17 44/5504
pvalue qvalue geneID Count
05130 2.554952e-05 0.005397106 10383/7280/10381/84617 4
04145 8.823916e-05 0.009219728 10383/7280/10381/5869/84617 5
04540 1.352278e-04 0.010247594 10383/7280/10381/84617 4
04962 7.871612e-03 0.376048432 4905/5869 2
❺ kegg資料庫包括哪些代謝通路
基因功能定位這個很復雜，可以專門開一篇文章了，暫且到此。
假設我們現在有了基因序列及其功能，我們接下來也會知道該基因合成了哪些蛋白，參與了哪些化學反應。
代謝是細胞內各種化學反應的總稱，一個代謝途徑包括代謝的前提、產物和酶。
❻ 轉錄組分析怎樣尋找代謝通路基因
般的轉錄組測序可以得到大量差異表達基因和調控代謝通路，但由於基因與表型難以直接關聯，導致關鍵信號通路難以確定，因此往往達不到預期研究目的。相信很多做過轉錄組測序的老師都深有體會。總感覺中間缺少了一步？沒錯，就是代謝物！代謝物是基因型與表型之間的橋梁，代謝物的變化更能直接揭示基因的功能，因此能夠更有效地揭示生物學及其生化、分子機理。在植物研究中，目前代謝組+轉錄組的策略已經被廣泛運用於植物生理、生長發育、及逆境脅迫研究中。
那麼如何進行代謝組與轉錄組的關聯分析？總的來說，是基於「參與同一生物過程中的基因或代謝物具有相同或相似的變化規律」這一原理進行分析的。舉個例子，研究不同顏色品種的菊花顏色差異的原因，首先通過代謝物檢測，發現不同顏色品種的菊花積累的花青素類型和含量並不一致；然後進行轉錄組測序，在眾多差異基因及代謝通路中，我們可以重點研究與花青素合成相關的代謝通路上的基因，從而一方面快狠准地找到導致顏色差異的功能基因，另一方面代謝組的結果也相當於是對轉錄組結果的驗證。
❼ 植物代謝的主要通路有哪些有沒有文獻鏈接英文中文都可以，急！
植物代謝的主要通路有哪些
植物水分代謝包括植物對水分的吸收、運輸、利用和散失的過程。
植物對水分的吸收方式包括吸脹作用和滲透作用。其中滲透性吸水是植物細胞吸水的主要方式。吸收水分的主要部位是根尖成熟區表皮細胞。
水在植物體內的運輸途徑主要是通過根和莖的導管來進行的，水分從土壤進入植物體內後進入大氣的主要途徑是：土壤-根毛-皮層-內皮層-中柱鞘-根木質部-莖、葉木質部-葉肉細胞-氣孔-大氣。
植物吸收的水分90%以上通過上述的蒸騰作用散失到大氣中去，只有少量的水分在植物體內參與光合作用、呼吸作用等生命活動。
❽ 緊急求助，代謝組學的代謝通路富集分析和MYROLE該怎麼用
代謝組學的代謝通路富集分析和MYROLE該怎麼用
代謝組學是對一系列相似的生物樣本中的代謝物進行比較分析的學科。代謝物在生物系統中起著至關重要的作用，因此代謝組學可用於發現和鑒定生物標志物，或更好地了解葯物或疾病對已知和未知生物通路的影響。成功的代謝物組學研究依賴於有效的代謝物提取。對於非靶向代謝組學研究，需要提取細胞和體液中的多種代謝物，並去除無需分析的蛋白質等成分。再加上代謝物的理化性質多樣，豐度動輒相差若干數量級，更進一步增加了提取的難度。液液萃取這種兩相分離方法常被用於代謝物的提取。液液萃取中有機溶劑和水溶液的性質、體積、溶劑比例、水溶液的pH 值都必須仔細考慮。這些因素會顯著影響提取的代謝物數量和實驗的重現性。本應用報告介紹了採用液液萃取提取紅細胞代謝物的方法。結果表明，調整水相/有機相的比例對於兩相分離非常重要。同時水相pH 值對提取的代謝物數量也有很大影響，為了提取盡可能多的代謝物，需要採用多個pH 值進行提取。
❾ 怎麼利用kegg資料庫分析基因組分析代謝途徑
最簡單，但是未必最有效的辦法，但是最快
抽個樣本，把你的目標基因打上標記，然後建立一個模型，比如決策樹等等
模型質量不錯的情況下跑全庫，然後找出分類結果為你目標分類的記錄
❿ 預測硫循環代謝通路的網址有哪些
代謝通路：目前在通路資料庫(PATHWAY database) 中代謝通路是建立得最好的，有大約90個參考代謝途徑的圖形。每個參考代謝途徑是一個由酶或EC號組成的網路。利用如下方法可通過計算建出生物體特有 的代謝通路：
先根據基因的序列相似性和位置相關性確定基因組中酶的基因。
然後合理地安排EC號。
最後將基因組中的基因和參照通路中用EC號編號的基因產物 結合起來。