蛋白質資料庫

Ⅰ 蛋白質序列資料庫包含哪些內容

蛋白質資料庫

1. PIR和PSDPIR國際蛋白質序列資料庫(PSD)是由蛋白質信息資源(PIR)、慕尼黑蛋白質序列信息中心(MIPS)和日本國際蛋白質序列資料庫(JIPID)共同維護的國際上最大的公共蛋白質序列資料庫。這是一個全面的、經過注釋的、非冗餘的蛋白質序列資料庫，包含超過142,000條蛋白質序列(至99年9月)，其中包括來自幾十個完整基因組的蛋白質序列。所有序列數據都經過整理，超過99%的序列已按蛋白質家族分類，一半以上還按蛋白質超家族進行了分類。PSD的注釋中還包括對許多序列、結構、基因組和文獻資料庫的交叉索引，以及資料庫內部條目之間的索引，這些內部索引幫助用戶在包括復合物、酶－底物相互作用、活化和調控級聯和具有共同特徵的條目之間方便的檢索。每季度都發行一次完整的資料庫，每周可以得到更新部分。

PSD資料庫有幾個輔助資料庫，如基於超家族的非冗餘庫等。PIR提供三類序列搜索服務：基於文本的互動式檢索；標準的序列相似性搜索，包括BLAST、FASTA等；結合序列相似性、注釋信息和蛋白質家族信息的高級搜索，包括按注釋分類的相似性搜索、結構域搜索GeneFIND等。

PIR和PSD的網址是：http://pir.georgetown.e/。

資料庫下載地址是：ftp://nbrfa.georgetown.e/pir/。

2. SWISS-PROT

SWISS-PROT是經過注釋的蛋白質序列資料庫，由歐洲生物信息學研究所(EBI)維護。資料庫由蛋白質序列條目構成，每個條目包含蛋白質序列、引用文獻信息、分類學信息、注釋等，注釋中包括蛋白質的功能、轉錄後修飾、特殊位點和區域、二級結構、四級結構、與其它序列的相似性、序列殘缺與疾病的關系、序列變異體和沖突等信息。SWISS-PROT中盡可能減少了冗餘序列，並與其它30多個數據建立了交叉引用，其中包括核酸序列庫、蛋白質序列庫和蛋白質結構庫等。

利用序列提取系統(SRS)可以方便地檢索SWISS-PROT和其它EBI的資料庫。

SWISS-PROT只接受直接測序獲得的蛋白質序列，序列提交可以在其Web頁面上完成。

SWISS-PROT的網址是：http://www.ebi.ac.uk/swissprot/。

3. PROSITE

PROSITE資料庫收集了生物學有顯著意義的蛋白質位點和序列模式，並能根據這些位點和模式快速和可靠地鑒別一個未知功能的蛋白質序列應該屬於哪一個蛋白質家族。有的情況下，某個蛋白質與已知功能蛋白質的整體序列相似性很低，但由於功能的需要保留了與功能密切相關的序列模式，這樣就可能通過PROSITE的搜索找到隱含的功能motif，因此是序列分析的有效工具。PROSITE中涉及的序列模式包括酶的催化位點、配體結合位點、與金屬離子結合的殘基、二硫鍵的半胱氨酸、與小分子或其它蛋白質結合的區域等；除了序列模式之外，PROSITE還包括由多序列比對構建的profile，能更敏感地發現序列與profile的相似性。PROSITE的主頁上提供各種相關檢索服務。

PROSITE的網址是：http://www.expasy.ch/prosite/。

4. PDB

蛋白質數據倉庫(PDB)是國際上唯一的生物大分子結構數據檔案庫，由美國Brookhaven國家實驗室建立。PDB收集的數據來源於X光晶體衍射和核磁共振(NMR)的數據，經過整理和確認後存檔而成。目前PDB資料庫的維護由結構生物信息學研究合作組織(RCSB)負責。RCSB的主伺服器和世界各地的鏡像伺服器提供資料庫的檢索和下載服務，以及關於PDB數據文件格式和其它文檔的說明，PDB數據還可以從發行的光碟獲得。使用Rasmol等軟體可以在計算機上按PDB文件顯示生物大分子的三維結構。

RCSB的PDB資料庫網址是：http://www.rcsb.org/pdb/。

5. SCOP

蛋白質結構分類(SCOP)資料庫詳細描述了已知的蛋白質結構之間的關系。分類基於若干層次：家族，描述相近的進化關系；超家族，描述遠源的進化關系；折疊子(fold)，描述空間幾何結構的關系；折疊類，所有折疊子被歸於全α、全β、α/β、α＋β和多結構域等幾個大類。SCOP還提供一個非冗餘的ASTRAIL序列庫，這個庫通常被用來評估各種序列比對演算法。此外，SCOP還提供一個PDB-ISL中介序列庫，通過與這個庫中序列的兩兩比對，可以找到與未知結構序列遠緣的已知結構序列。

SCOP的網址是：http://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop/。

6. COG

蛋白質直系同源簇(COGs)資料庫是對細菌、藻類和真核生物的21個完整基因組的編碼蛋白，根據系統進化關系分類構建而成。COG庫對於預測單個蛋白質的功能和整個新基因組中蛋白質的功能都很有用。利用COGNITOR程序，可以把某個蛋白質與所有COGs中的蛋白質進行比對，並把它歸入適當的COG簇。COG庫提供了對COG分類數據的檢索和查詢，基於Web的COGNITOR服務，系統進化模式的查詢服務等。

COG庫的網址是：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/COG。

下載COG庫和COGNITOR程序在：ftp://ncbi.nlm.nih.gov/pub/COG。

Ⅱ 我們生物化學講到蛋白質的內容，想問一下一個名詞，什麼叫「蛋白質三級結構的資料庫」

蛋白質結構可以進行預測。通過已知氨基酸序列，利用計算的手段預測蛋白質的二級結構和空間三維結構。
目前蛋白質結構資料庫 PDB中所存儲的蛋白質三維結構主要通過X 射線晶體衍射和核磁共振成像技術，蛋白質的結構檢測比序列檢測要難得多。

Ⅲ 蛋白質序列資料庫的資料庫分類

PIR資料庫按照數據的性質和注釋層次分四個不同部分，分別為PIR1、PIR2、PIR3和PIR4。PIR1中的序列已經驗證，注釋最為詳盡；PIR2中包含尚未確定的冗餘序列；PIR3中的序列尚未加以檢驗，也未加註釋; 而PIR4中則包括了其它各種渠道獲得的序列，既未驗證，也無注釋。除了PIR外，另一個重要的蛋白質序列資料庫則是SwissProt。該資料庫由瑞士日內瓦大學於1986年創建，目前由瑞士生物信息學研究所(Swiss Institute of Bioinformatics，簡稱SIB)和歐洲生物信息學研究所 EBI共同維護和管理。瑞士生物信息研究所下屬的蛋白質分析專家系統(Expert Protein Analysis System,，簡稱ExPASy)的Web伺服器除了開發和維護SwissProt資料庫外，也是國際上蛋白質組和蛋白質分子模型研究的中心，為用戶提供大量蛋白質信息資源。北京大學生物信息中心設有ExPASy的鏡象。PIR和SwissProt是創建最早、使用最為廣泛的兩個蛋白質資料庫。隨著各種模式生物基因組計劃的進展，DNA序列特別是EST序列大量進入核酸序列資料庫。蛋白質序列資料庫TrEMBL是從EMBL中的cDNA序列翻譯得到的。TrEMBL資料庫創建是於1996年[Bairoch, 2000]，意為「Translation of EMBL」。該資料庫採用SwissProt資料庫格式，包含EMBL資料庫中所有編碼序列的翻譯。TrEMBL資料庫分兩部分，SP-TrEMBL和 REM-TrEMBL。SP-TrEMBL中的條目最終將歸並到SwissProt資料庫中。而Rem-TrEMBL則包括其它剩餘序列，包括免疫球蛋白、T細胞受體、少於8個氨基酸殘基的小肽、合成序列、專利序列等。與TrEMBL類似，GenPept是由GenBank翻譯得到的蛋白質序列。由於TrEMBL和GenPept均是由核酸序列通過計算機程序翻譯生成，這兩個資料庫中的序列錯誤率較大，均有較大的冗餘度。另一個常用的蛋白質序列資料庫是已知三維結構蛋白質的一級結構序列資料庫NRL-3D[Namboodiri, 1990]。該資料庫的序列是從三維結構資料庫PDB中提取出來。

Ⅳ 蛋白質資料庫包括哪四種

PIR：蛋白質信息資源
SWISS-PROT：蛋白質序列和註解
PDB：國家實驗室蛋白質資料庫
MMDB:蛋白質分子模型資料庫

Ⅳ 蛋白質序列資料庫的介紹

指應用計算機功能分析生物學信息的資料庫。應用計算機的運演算法則，比較DNA和蛋白質序列而檢測結構、功能和序列之間的進化關系。各種基因組的序列產生大量的DNA序列數據和生物信息，已經被應用於研究基因的功能，預測以前未知的基因功能。現在人們的注意力主要集中在從僅有的氨基酸序列預測蛋白質結構和功能。

Ⅵ 列舉兩個蛋白質次級資料庫

oracle資料庫
mysql資料庫
access資料庫
DB2
在大學的計算機教科書中，資料庫是被這樣解釋的：資料庫是
計算機應用系統
中的一種專門管理數據資源的系統。數據有多種形式，如文字、數碼、符號、圖形、圖像以及聲音等。數據是所有
計算機系統
所要處理的對象。人們所熟知的一種處理辦法是製作文件，即將處理過程編成程序文件，將所涉及的數據按程序要求組織成
數據文件
，用程序文件來調用。數據文件與程序文件保持著一定的對應關系。在計算機應用迅速發展的情況下，這種文件式方法便顯出不足。比如，它使得數據通用性差，不便於移植，在不同文件中存儲大量重復信息、浪費存儲空間、更新不便等。
資料庫系統
便能解決上述問題。資料庫系統不從具體的應用程序出發，而是立足於數據本身的管理，它將所有數據保存在資料庫中，進行科學的組織，並藉助於
資料庫管理系統
，以它為中介，與各種應用程序或應用系統介面，使之能方便地使用資料庫中的數據。
這段說明介紹的確非常詳細，不過你可能看得頭暈眼花了，其實簡單地說資料庫就是一組經過計算機整理後的數據，存儲在一個或多個文件中，而管理這個資料庫的軟體就稱之為資料庫管理系統。一般一個資料庫系統（Database
System）可分為資料庫（Database）與數據管理系統（Database
Management
System，DBMS）兩個部分。

Ⅶ 為什麼說swiss-prot是重要的蛋白質序列資料庫

SWISS-PROT是含有詳細注釋內容的蛋白質序列資料庫，由歐洲生物信息學中心（EBI）維護，目前已合並入 UniProt資料庫，旨在幫助基因組和蛋白質組以及相關的分子生物學研究人員提供有關蛋白質氨基酸序列的最新信息。
SWISS-PROT中盡可能減少了冗餘序列，並與其它30多個數據建立
了交叉引用，其中包括核酸序列庫、蛋白質序列庫和蛋白質結構庫等。SWISS-PROT資料庫包含了EMBL核酸序列資料庫中被經過仔細檢查和准確注釋了
的蛋白質序列，一般地，任何蛋白質序列數據的搜尋和比較都應從SWISS-PROT開始。

SWISS-PROT蛋白質序列數據由大量序列條目組成，每一個序列條目
有其自己的格式。為了標准化的目的，SWISS-PROT的格式與EMBL核酸序列資料庫的格式盡可能類似。SWISS-PROT涉及已知蛋白質的序列、
引用文獻信息、分類學信息、注釋等，注釋中包括蛋白質的功能、轉錄後修飾、特殊位點和區域、二級結構、四級結構、與其它序列的相似性、序列殘缺與疾病的關
系、序列變異體和沖突等信息。利用序列提取系統(SRS)可以方便地檢索SWISS-PROT和其它EBI的資料庫。SWISS-PROT只接受直接測序
獲得的蛋白質序列，序列提交可以在其Web頁面上完成。

Ⅷ 做蛋白質亞細胞定位分析使用什麼資料庫

預測蛋白質的亞細胞定位，是通過生物信息學的方法的。
或者你在NCBI資料庫中比對到了編碼類似蛋白的基因，如果該基因有人做過亞細胞定位的實驗，你也可以大概知道其編碼的蛋白質在細胞內部的定位。不同物種，不同基因家族成員有可能有區別。最終還是需要實驗來驗證的。
功能基因研究中，經常會進行基因編碼的蛋白質的亞細胞定位的，
如待定位蛋白和GFP、YFP、RFP等融合後，觀察融合蛋白在細胞內的定位，
或者將預測部位（如該蛋白可能在液泡膜上）的蛋白提取出來，進行western實驗，來驗證等。
希望對你有幫助吧

Ⅸ 蛋白質分子量在什麼資料庫查

敢問樓主是怎麼知道蛋白分子量的呢？如果有蛋白樣品，可以通過二級質譜獲得蛋白的氨基酸序列，然後在蛋白數據中比對就可以知道是什麼蛋白了。

Ⅹ 在pdb 資料庫上下載蛋白質

你直接在PBD主頁上的pbd ID or text 里輸入你的蛋白ID，也就是1SA1和1SA0，就能查到你要的蛋白質了。蛋白ID旁邊有個Download Files，點擊後選擇你要下載的文件格式即可下載。