mirna資料庫

1. miRNA構建在質粒上是用miRNA的什麼序列，cDNA還是在染色體上的基因序列，在什麼地方查

MicroRNAs（miRNAs）是在真核生物中發現的一類內源性的具有調控功能的非編碼RNA，目前發現的數量就那麼幾條，從基因組DNA上轉錄下來，經過兩次剪接，成為成熟的MiRNA。
給你三個資料庫和軟體：
miRbase：microRNA基因注釋資料庫。目前miRBase只提供了microRNA的靶標的預測軟體的鏈接（如：PicTar）。

Tarbase：一個收集已被實驗驗證的microRNA靶標資料庫。
PicTar：基於microRNA或microRNA靶標聯合作用等特徵開發的搜尋動物的microRNA靶基因的軟體，假陽性率也較低。

2. 如何在資料庫裡面找到疾病相關的microrna 表達情況

如何在資料庫裡面找到疾病相關的microrna表達情況：好像還沒有這樣的資料庫。癌症比較復雜，microRNA在癌症中的表達譜差別比較大，各階段、各類型、甚至個體之間也有差別，結論也不完全統一。可以查一下最近microRNA相關的綜述,可能會有比較全的介紹

3. 如何應用micro RNA資料庫進行靶基因的查找

是指microRNA
microRNA（簡稱miRNA）的是一個短的核糖核酸（RNA）分子。在真核細胞中發現。一個microRNA分子與其他分子RNA相比，核苷酸數較少（平均22）。miRNA作用是綁定到目標信使RNA轉錄（mRNA的）上的互補序列的轉錄後調節，通常在翻譯抑制或目標退化和基因沉默。人類基因組可能超過1000個miRNA的編碼。
miRNA在植物和動物之間的表現是完全不同的。在植物中的miRNA的互補性，其mRNA目標是近乎完美，沒有或只有很少不匹配的。 miRNA以及保守的真核生物中，被認為是古代基因調控、進化的一個重要標志。

4. 分析miRNA的資料庫都有哪些

1、starBase

一個高通量實驗數據CLIP-Seq（或稱為HITS-CLIP,PAR-CLIP,iCLIP）和mRNA降解組測序數據支持的microRNA靶標資料庫,包含了miRNA-mRNA，miRNA-lncRNA，miRNA-circRNA，miRNA-ceRNA 和RNA-protein等的調控關系。整合和構建多個流行的靶標預測軟體的交集和調控關系。最新版本發布時間：2013年11月。

2、miRbase

眾所周知的microRNA基因注釋資料庫。目前miRBase只提供了microRNA的靶標的預測軟體的鏈接（如：PicTar）。最新版本發布時間：2010年9月。

3、ChIPBase

整合CLIP-Seq和ChIP-Seq的數據探討microRNA的轉錄和轉錄後調控，構建轉錄因子->microRNA->靶標的調控網路。最新版本發布時間：2012年11月。

4、Tarbase

一個收集已被實驗驗證的microRNA靶標資料庫。最新版本發布時間：2009年1月。

5、miRecords

一個整合的microRNA靶標資料庫。整合多個靶標預測軟體的調控關系。最新版本發布時間：2010年11月。

6、targetScan

基於靶mRNA序列的進化保守等特徵搜尋動物的microRNA靶基因。是預測microRNA靶標假陽性率較低的軟體。而且是microRNA領域大牛Bartel實驗室開發的。最新版本發布時間：2009年4月。

7、PicTar

基於microRNA或microRNA靶標聯合作用等特徵開發的搜尋動物的microRNA靶基因。假陽性率也較低。是microRNA領域大牛Rajewsky實驗室開發的。最新版本發布時間：2007年3月。

8、PITA

基於靶位點的可接性和自由能預測microRNA的靶標。是著名的生物信息學家Segal實驗室開發的。最新版本發布時間：2008年8月。

9、RNA22

基於序列特徵預測microRNA的結合位點。是幾個流行的microRNA靶標預測軟體的其中一個。IBM公司的研究團隊開發的。最新版本發布時間：2007年。

10、miRanda和microRNA.org

是著名的MemorialSloan-Kettering 癌症研究中心的研究人員開發的軟體和資料庫。miRanda的最新版本又叫mirSVR。最新版本發布時間：2010年8月。

11、MicroCosm

EMBL-EBI的Enright 實驗室開發的microRNA靶標資料庫。最新版本發布時間：2010年8月。

12、miRTarBase

整合實驗證實的microRNA靶標的資料庫。最新版本發布時間：2010年10月。

13、miRGator v2.0

整合microRNA表達、靶標和疾病相關信息的資料庫。最新版本發布時間：2010年11月。

14、MiRNAMap

動物的microRNA基因及其靶標的資料庫。最新版本發布時間：2008年1月。

15、miRDB

動物microRNA靶標預測和功能注釋資料庫。最新版本發布時間：2010年8月。

16、RNAhybrid

一個基於miRNA-target配對自由能預測microRNA的靶標。最新版本發布時間：2011年6月。

17、miRGen

microRNA基因和microRNA靶標資料庫。最新版本發布時間：2007年1月。