二庫資料庫

① 什麼叫做二次文獻資料庫

二次文獻資料庫又稱文摘索引資料庫。文摘是指對一篇文獻（如期刊論文）的內容所做的簡略的准確的描述，如論文的目的，主要研究過程，採用的方法，主要結果與重要結論等。前頌它與全文資料庫的區別在於，它只提供題錄與文摘等而二次信息。

二次文獻的簡介

二次文獻又稱二級次文獻，是對一次文獻進行加工整理後的產物，即對無序的一次文獻的外部特徵如題名、作者、出處等進行著錄，或將其內容壓縮成簡介、提手滑要或文摘，並按照一定的學科或專業加以有序化而形成的文獻形式，如目錄、文摘雜志（慧薯鄭包括簡介式檢索刊物）等。

它們都可用作文獻檢索工具，能比較全面、系統地反映某個學科、專業或專題在一定時空范圍內的文獻線索，是積累、報道和檢索文獻資料的有效手段。

② 什麼是生物信息學中的二級資料庫

一、生物信息學資料庫的種類

分子生物信息資料庫種類繁多。歸納起來，大體可以分為4個大類：

基因組資料庫

核酸和蛋白質一級結構資料庫

生物大分子(主要是蛋白質)三維空間結構資料庫

由上述3類資料庫和文獻資料為基礎構建的二級資料庫

一級資料庫（一次資料庫） ：基因組資料庫來自基因組作圖，序列資料庫來自序列測定，結構資料庫來自X射線衍射和核磁共振等結構測定。這些資料庫是分子生物學的基本數據資源，通常稱為基本資料庫、初始資料庫，也稱一次資料庫。

二級資料庫（二次資料庫） ：是在一級資料庫、實驗數據、理論分析的基礎上，衍生整理而得。它是根據生命科學不同研究領域的實際需要，對基因組圖譜、核酸和蛋白質序列、蛋白質結構以及文獻等數據進行分析、整理、歸納、注釋，構建具有特殊生物學意義和專門用途的資料庫。
一般說來，一級資料庫的數據量大，更新速度快，用戶面廣，通常需要高性能的計算機伺服器、大容量的磁碟空間和專門的資料庫管理系統支撐。

二級資料庫的容量則小得多，更新速度也不像一次資料庫那樣快，也可以不用大型商業資料庫軟體支持，這類針對不同問題開發的二次資料庫的最大特點是使用方便，特別適用於計算機使用經驗不太豐富的生物學家。

序列資料庫是分子生物信息資料庫中最基本的資料庫，包括核酸和蛋白質兩類，以核苷酸鹼基順序或氨基酸殘基順序為基本內容，並附有注釋信息。

GenBank：由美國國家生物技術信息中心(National Center for Biotechnology Information, NCBI)建立(1979-1982)。該中心隸屬於美國國家醫學圖書館，位於美國家衛生研究院(NIH)內。

EMBL：由歐洲分子生物學實驗室(European Molecular Biology Laboratory, 其下有European Bioinformatics Centre)建立（1982），主要位於英國劍橋Cambridge和德國漢堡Hamburg。

DDBJ：日本DNA資料庫(DNA Data Bank of Japan）。由the National Institute of Genetics建立（1984-1987）, NIG主管。

二級資料庫的形式：大多以web界面為基礎，具有文字信息、表格、圖形、圖表等方式顯示資料庫內容。

一級資料庫與二級資料庫之間並無明確的界限。（例如：GDB、AceDB、SCOP、CATH等都已經具有二級資料庫的特色）。

③ 二維資料庫的概念和模型

概念模式：資料庫系統中全局數據邏輯結構的描述，全體用戶公共數據視圖；
數據模型的概念：是數據特徵的抽象，從抽象層次上描述了系統的靜態特徵、動態行為和約束條件，為資料庫系統的信息表與操作提供一個抽象的框架。描述了數據結構、數據操作及數據約束。
E-R模型的基本概念
（1）實體：現實世界中的事物；
（2）屬性：事物的特性；
（3）聯系：現實世界中事物間的關系。實體集的關系有一對一、一對多、多對多的聯系。
E-R模型三個基本概念之間的聯接關系：實體是概念世界中的基本單位，屬性有屬性域，每個實體可取屬性域內的值。一個實體的所有屬性值叫元組。
E-R模型的圖示法：（1）實體集表示法； （2）屬性表法； （3）聯系表示法。
層次模型的基本結構是樹形結構，具有以下特點：
（1）每棵樹有且僅有一個無雙親結點，稱為根；
（2）樹中除根外所有結點有且僅有一個雙親。
從圖論上看，網狀模型是一個不加任何條件限制的無向圖。
關系模型採用二維表來表示，簡稱表，由表框架及表的元組組成。一個二維表就是一個關系。
在二維表中凡能唯一標識元組的最小屬性稱為鍵或碼。從所有侯選健中選取一個作為用戶使用的鍵稱主鍵。表A中的某屬性是某表B的鍵，則稱該屬性集為A的外鍵或外碼。
關系中的數據約束：
（1）實體完整性約束：約束關系的主鍵中屬性值不能為空值；
（2）參照完全性約束：是關系之間的基本約束；
（3）用戶定義的完整性約束：它反映了具體應用中數據的語義要求。

④ 如何實現兩個Oracle資料庫的數據同步

為方便完成指定數據表的同步操作，可以採用dblink與merge結合的方法完成。

操作環境： 此資料庫伺服器ip為192.168.196.76,有center與branch兩個庫，一般需要將center的表數據同步到branch，center為源庫，branch為目標庫，具體步驟如下：

1.在源庫創建到目標庫的dblink

create database link branch --輸入所要創建dblink的名稱，自定義
connect to dbuser identified by 「password」 --設置連接遠程資料庫的用戶名和密碼
using '192.168.196.76/branch'; --指定目標資料庫的連接方式，可用tns名稱

正常情況下，如果創建dblink成功，可採用該方式訪問到遠程資料庫的表.

3.通過merge語句完成表數據同步

此例中需要將center庫中的tb_sys_sqlscripe表同步到branch，簡單的語法如下:

merge into tb_sys_sqlscripe@branch b using tb_sys_sqlscripe c on (b.pk=c.pk) --從center將表merge到branch,同步的依據是兩個表的pk

when matched then update set b.sqlscripe=c.sqlscripe,b.author=c.author --如果pk值是相同則將指定表的值更新到目標表

when not matched then --如果pk值不一至，則將源表中的數據整條插入到目標表中

insert values (c.pk, c.fk, c.createtime, c.lastmodifytime,c.author,c.mole,c.deleteflag, c.scripttype);

commit; --記得merge後必須commit,否則更改未能提交

4.為方便每次需要同步時自動完成同步工作，可將該語句做成存儲過程或腳本來定時執行或按要求手動執行,簡單說一下創建腳本的方法:

a.創建merge文件夾

b.先將merge語句寫完整後，存到merge.sql文件中

c.新建merge.bat文件，編輯後寫入以下內容

sqlplus user/password@serverip/database @"%cd%merge.sql"

⑤ 資料庫主要分為哪兩種類型

資料庫主要分為關系資料庫和非關系型資料庫（NoSQL）。

1、關系資料庫

關系型資料庫，存儲的格式可以直觀地反映實體間的關系。關系型資料庫和常見的表格比較相似，關系型資料庫中表與表之間是有很多復雜的關聯關系的。

常見的關系型資料庫有Mysql，SqlServer等。在輕量或者小型的應用中，使用不同的關系型資料庫對系統的性能影響不大，但是在構建大型應用時，則需要根據應用的業務需求和性能需求，選擇合適的關系型資料庫。

2、非關系型資料庫（NoSQL）

指分布式的、非關系型的、不保證遵循ACID原則的數據存儲系統。NoSQL資料庫技術與CAP理論、一致性哈希演算法有密切關系。NoSQL資料庫適合追求速度和可擴展性、業務多變的應用場景。

(5)二庫資料庫擴展閱讀

關系資料庫分為兩類：一類是桌面資料庫，例如Access、FoxPro和dBase等；另一類是客戶/伺服器資料庫，例如SQL Server、Oracle和Sybase等。桌面資料庫用於小型的、單機的應用程序，它不需要網路和伺服器，實現起來比較方便，但它只提供數據的存取功能。

客戶/伺服器資料庫主要適用於大型的、多用戶的資料庫管理系統，應用程序包括兩部分：一部分駐留在客戶機上，用於向用戶顯示信息及實現與用戶的交互；另一部分駐留在伺服器中，主要用來實現對資料庫的操作和對數據的計算處理。