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二庫資料庫

發布時間: 2023-06-29 03:21:32

① 什麼叫做二次文獻資料庫

二次文獻資料庫又稱文摘索引資料庫。文摘是指對一篇文獻(如期刊論文)的內容所做的簡略的准確的描述,如論文的目的,主要研究過程,採用的方法,主要結果與重要結論等。前頌它與全文資料庫的區別在於,它只提供題錄與文摘等而二次信息。

二次文獻的簡介

二次文獻又稱二級次文獻,是對一次文獻進行加工整理後的產物,即對無序的一次文獻的外部特徵如題名、作者、出處等進行著錄,或將其內容壓縮成簡介、提手滑要或文摘,並按照一定的學科或專業加以有序化而形成的文獻形式,如目錄、文摘雜志(慧薯鄭包括簡介式檢索刊物)等。

它們都可用作文獻檢索工具,能比較全面、系統地反映某個學科、專業或專題在一定時空范圍內的文獻線索,是積累、報道和檢索文獻資料的有效手段。

② 什麼是生物信息學中的二級資料庫

一、生物信息學資料庫的種類

分子生物信息資料庫種類繁多。歸納起來,大體可以分為4個大類:

基因組資料庫

核酸和蛋白質一級結構資料庫

生物大分子(主要是蛋白質)三維空間結構資料庫

由上述3類資料庫和文獻資料為基礎構建的二級資料庫

一級資料庫(一次資料庫) :基因組資料庫來自基因組作圖,序列資料庫來自序列測定,結構資料庫來自X射線衍射和核磁共振等結構測定。這些資料庫是分子生物學的基本數據資源,通常稱為基本資料庫、初始資料庫,也稱一次資料庫。

二級資料庫(二次資料庫) :是在一級資料庫、實驗數據、理論分析的基礎上,衍生整理而得。它是根據生命科學不同研究領域的實際需要,對基因組圖譜、核酸和蛋白質序列、蛋白質結構以及文獻等數據進行分析、整理、歸納、注釋,構建具有特殊生物學意義和專門用途的資料庫。
一般說來,一級資料庫的數據量大,更新速度快,用戶面廣,通常需要高性能的計算機伺服器、大容量的磁碟空間和專門的資料庫管理系統支撐。

二級資料庫的容量則小得多,更新速度也不像一次資料庫那樣快,也可以不用大型商業資料庫軟體支持,這類針對不同問題開發的二次資料庫的最大特點是使用方便,特別適用於計算機使用經驗不太豐富的生物學家。

序列資料庫是分子生物信息資料庫中最基本的資料庫,包括核酸和蛋白質兩類,以核苷酸鹼基順序或氨基酸殘基順序為基本內容,並附有注釋信息。

GenBank:由美國國家生物技術信息中心(National Center for Biotechnology Information, NCBI)建立(1979-1982)。該中心隸屬於美國國家醫學圖書館,位於美國家衛生研究院(NIH)內。

EMBL:由歐洲分子生物學實驗室(European Molecular Biology Laboratory, 其下有European Bioinformatics Centre)建立(1982),主要位於英國劍橋Cambridge和德國漢堡Hamburg。

DDBJ:日本DNA資料庫(DNA Data Bank of Japan)。由the National Institute of Genetics建立(1984-1987), NIG主管。

二級資料庫的形式:大多以web界面為基礎,具有文字信息、表格、圖形、圖表等方式顯示資料庫內容。

一級資料庫與二級資料庫之間並無明確的界限。(例如:GDB、AceDB、SCOP、CATH等都已經具有二級資料庫的特色)。

③ 二維資料庫的概念和模型

概念模式:資料庫系統中全局數據邏輯結構的描述,全體用戶公共數據視圖;
數據模型的概念:是數據特徵的抽象,從抽象層次上描述了系統的靜態特徵、動態行為和約束條件,為資料庫系統的信息表與操作提供一個抽象的框架。描述了數據結構、數據操作及數據約束。
E-R模型的基本概念
(1)實體:現實世界中的事物;
(2)屬性:事物的特性;
(3)聯系:現實世界中事物間的關系。實體集的關系有一對一、一對多、多對多的聯系。
E-R模型三個基本概念之間的聯接關系:實體是概念世界中的基本單位,屬性有屬性域,每個實體可取屬性域內的值。一個實體的所有屬性值叫元組。
E-R模型的圖示法:(1)實體集表示法; (2)屬性表法; (3)聯系表示法。
層次模型的基本結構是樹形結構,具有以下特點:
(1)每棵樹有且僅有一個無雙親結點,稱為根;
(2)樹中除根外所有結點有且僅有一個雙親。
從圖論上看,網狀模型是一個不加任何條件限制的無向圖。
關系模型採用二維表來表示,簡稱表,由表框架及表的元組組成。一個二維表就是一個關系。
在二維表中凡能唯一標識元組的最小屬性稱為鍵或碼。從所有侯選健中選取一個作為用戶使用的鍵稱主鍵。表A中的某屬性是某表B的鍵,則稱該屬性集為A的外鍵或外碼。
關系中的數據約束:
(1)實體完整性約束:約束關系的主鍵中屬性值不能為空值;
(2)參照完全性約束:是關系之間的基本約束;
(3)用戶定義的完整性約束:它反映了具體應用中數據的語義要求。

④ 如何實現兩個Oracle資料庫的數據同步

為方便完成指定數據表的同步操作,可以採用dblink與merge結合的方法完成。

操作環境: 此資料庫伺服器ip為192.168.196.76,有center與branch兩個庫,一般需要將center的表數據同步到branch,center為源庫,branch為目標庫,具體步驟如下:

1.在源庫創建到目標庫的dblink

create database link branch --輸入所要創建dblink的名稱,自定義
connect to dbuser identified by 「password」 --設置連接遠程資料庫的用戶名和密碼
using '192.168.196.76/branch'; --指定目標資料庫的連接方式,可用tns名稱

正常情況下,如果創建dblink成功,可採用該方式訪問到遠程資料庫的表.

3.通過merge語句完成表數據同步

此例中需要將center庫中的tb_sys_sqlscripe表同步到branch,簡單的語法如下:

merge into tb_sys_sqlscripe@branch b using tb_sys_sqlscripe c on (b.pk=c.pk) --從center將表merge到branch,同步的依據是兩個表的pk

when matched then update set b.sqlscripe=c.sqlscripe,b.author=c.author --如果pk值是相同則將指定表的值更新到目標表

when not matched then --如果pk值不一至,則將源表中的數據整條插入到目標表中

insert values (c.pk, c.fk, c.createtime, c.lastmodifytime,c.author,c.mole,c.deleteflag, c.scripttype);

commit; --記得merge後必須commit,否則更改未能提交

4.為方便每次需要同步時自動完成同步工作,可將該語句做成存儲過程或腳本來定時執行或按要求手動執行,簡單說一下創建腳本的方法:

a.創建merge文件夾

b.先將merge語句寫完整後,存到merge.sql文件中

c.新建merge.bat文件,編輯後寫入以下內容

sqlplus user/password@serverip/database @"%cd%merge.sql"

⑤ 資料庫主要分為哪兩種類型

資料庫主要分為關系資料庫和非關系型資料庫(NoSQL)。

1、關系資料庫

關系型資料庫,存儲的格式可以直觀地反映實體間的關系。關系型資料庫和常見的表格比較相似,關系型資料庫中表與表之間是有很多復雜的關聯關系的。

常見的關系型資料庫有Mysql,SqlServer等。在輕量或者小型的應用中,使用不同的關系型資料庫對系統的性能影響不大,但是在構建大型應用時,則需要根據應用的業務需求和性能需求,選擇合適的關系型資料庫。

2、非關系型資料庫(NoSQL)

指分布式的、非關系型的、不保證遵循ACID原則的數據存儲系統。NoSQL資料庫技術與CAP理論、一致性哈希演算法有密切關系。NoSQL資料庫適合追求速度和可擴展性、業務多變的應用場景。



(5)二庫資料庫擴展閱讀

關系資料庫分為兩類:一類是桌面資料庫,例如Access、FoxPro和dBase等;另一類是客戶/伺服器資料庫,例如SQL Server、Oracle和Sybase等。桌面資料庫用於小型的、單機的應用程序,它不需要網路和伺服器,實現起來比較方便,但它只提供數據的存取功能。

客戶/伺服器資料庫主要適用於大型的、多用戶的資料庫管理系統,應用程序包括兩部分:一部分駐留在客戶機上,用於向用戶顯示信息及實現與用戶的交互;另一部分駐留在伺服器中,主要用來實現對資料庫的操作和對數據的計算處理。

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