酶的資料庫

A. 常用的查詢蛋白質結構以及序列的資料庫主要有哪些

1. PIR和PSD
PIR國際蛋白質序列資料庫(PSD)是由蛋白質信息資源(PIR)、慕尼黑蛋白質序列信息中心(MIPS)和日本國際蛋白質序列資料庫(JIPID)共同維護的國際上最大的公共蛋白質序列資料庫，可在這里下載。這是一個全面的、經過注釋的、非冗餘的蛋白質序列資料庫，其中包括來自幾十個完整基因組的蛋白質序列。所有序列數據都經過整理，超過99%的序列已按蛋白質家族分類，一半以上還按蛋白質超家族進行了分類。PSD的注釋中還包括對許多序列、結構、基因組和文獻資料庫的交叉索引，以及資料庫內部條目之間的索引，這些內部索引幫助用戶在包括復合物、酶－底物相互作用、活化和調控級聯和具有共同特徵的條目之間方便的檢索。每季度都發行一次完整的資料庫，每周可以得到更新部分。
PSD資料庫有幾個輔助資料庫，如基於超家族的非冗餘庫等。PIR提供三類序列搜索服務：基於文本的互動式檢索；標準的序列相似性搜索，包括BLAST、FASTA等；結合序列相似性、注釋信息和蛋白質家族信息的高級搜索，包括按注釋分類的相似性搜索、結構域搜索GeneFIND等。
2. SWISS-PROT
SWISS-PROT是經過注釋的蛋白質序列資料庫，由歐洲生物信息學研究所(EBI)維護。資料庫由蛋白質序列條目構成，每個條目包含蛋白質序列、引用文獻信息、分類學信息、注釋等，注釋中包括蛋白質的功能、轉錄後修飾、特殊位點和區域、二級結構、四級結構、與其它序列的相似性、序列殘缺與疾病的關系、序列變異體和沖突等信息。SWISS-PROT中盡可能減少了冗餘序列，並與其它30多個數據建立了交叉引用，其中包括核酸序列庫、蛋白質序列庫和蛋白質結構庫等。
利用序列提取系統(SRS)可以方便地檢索SWISS-PROT和其它EBI的資料庫。SWISS-PROT只接受直接測序獲得的蛋白質序列，序列提交可以在其Web頁面上完成。
3. PROSITE
PROSITE資料庫收集了生物學有顯著意義的蛋白質位點和序列模式，並能根據這些位點和模式快速和可靠地鑒別一個未知功能的蛋白質序列應該屬於哪一個蛋白質家族。有的情況下，某個蛋白質與已知功能蛋白質的整體序列相似性很低，但由於功能的需要保留了與功能密切相關的序列模式，這樣就可能通過PROSITE的搜索找到隱含的功能motif，因此是序列分析的有效工具。PROSITE中涉及的序列模式包括酶的催化位點、配體結合位點、與金屬離子結合的殘基、二硫鍵的半胱氨酸、與小分子或其它蛋白質結合的區域等；除了序列模式之外，PROSITE還包括由多序列比對構建的profile，能更敏感地發現序列與profile的相似性。PROSITE的主頁上提供各種相關檢索服務。
4. PDB
蛋白質數據倉庫(PDB)是國際上唯一的生物大分子結構數據檔案庫，由美國Brookhaven國家實驗室建立。PDB收集的數據來源於X光晶體衍射和核磁共振(NMR)的數據，經過整理和確認後存檔而成。目前PDB資料庫的維護由結構生物信息學研究合作組織(RCSB)負責。RCSB的主伺服器和世界各地的鏡像伺服器提供資料庫的檢索和下載服務，以及關於PDB數據文件格式和其它文檔的說明，PDB數據還可以從發行的光碟獲得。使用Rasmol等軟體可以在計算機上按PDB文件顯示生物大分子的三維結構。
5. SCOP
蛋白質結構分類(SCOP)資料庫詳細描述了已知的蛋白質結構之間的關系。分類基於若干層次：家族，描述相近的進化關系；超家族，描述遠源的進化關系；折疊子(fold)，描述空間幾何結構的關系；折疊類，所有折疊子被歸於全α、全β、α/β、α＋β和多結構域等幾個大類。SCOP還提供一個非冗餘的ASTRAIL序列庫，這個庫通常被用來評估各種序列比對演算法。此外，SCOP還提供一個PDB-ISL中介序列庫，通過與這個庫中序列的兩兩比對，可以找到與未知結構序列遠緣的已知結構序列。
6. COG
蛋白質直系同源簇(COGs)資料庫是對細菌、藻類和真核生物的21個完整基因組的編碼蛋白，根據系統進化關系分類構建而成。COG庫對於預測單個蛋白質的功能和整個新基因組中蛋白質的功能都很有用。利用COGNITOR程序，可以把某個蛋白質與所有COGs中的蛋白質進行比對，並把它歸入適當的COG簇。COG庫提供了對COG分類數據的檢索和查詢，基於Web的COGNITOR服務，系統進化模式的查詢服務等。

B. 哪裡可以查到各種酶的米氏常數（Km）值網站、資料庫、書籍都可以。

各種酶對各種底物的米氏常數都不一樣。

C. 列舉常用的生物信息學資料庫及序列對比常用軟體及特點

一般來說所用的分析工具有在線跟下載的 下面簡要列舉一些常用在線軟體的使用 1、使用VecScreen工具，分析下列未知序列，輸出序列長度、載體序列的區域、可能使用的克隆載體都有哪些。一、步驟：
打開google 首頁，搜索VecScreen，進入VecScreen首頁，復制序列，運行，View report。
二、結果：
輸出序列長度918bp，
載體序列的區域456bp——854bp.
克隆載體：M13mp18 phage，pGEM-13Zf(+)，pBR322，pRKW2。
2、使用相應工具，分析下列未知序列的重復序列情況，輸出重復序列的區域、包含的所有重復序列的類型、重復序列的總長度及Masked Sequence。
一、步驟：
進入google首頁，進入ICBI主頁，對序列進行BLAST。得出序列是human的。
進入google首頁，搜索RepeatMasker，進入RepeatMasker主頁，進入RepeatMasking，復制序列，DNA source選擇human，運行！點擊超鏈接，在結果中選擇
Annotation File ：RM2sequpload_1287631711.out.html
3、使用CpGPlot/CpGReport/Isochore工具，分析下列未知序列，輸出CpG島的長度、區域、GC數量、所佔的百分比及Obs/Exp值。一、步驟：
進入google首頁，搜索CpGPlot，進入CpGPlot主頁，program中選擇cpgreport復制序列，運行！
二、結果：

CpG島的長度：385bp
區域：48——432；
GC數量：Sum C+G=297，百分數=77.14
Obs/Exp：1.01
4、預測下面序列的啟動子，輸出可能的啟動子序列及相應的位置。一、步驟：
進入google首頁，進入ICBI主頁，對序列進行BLAST。得出序列是human的
進入google首頁，搜索Neural Network Promoter Prediction，進入主頁，復制序列，選擇eukaryote，運行！
二、結果：

位置：711—761 ，1388—1438，1755—1805；
5、運用Splice Site Prediction工具分析下面序列，分別輸出內含子－外顯子剪接位點給體和受體的區域及剪接處位置的鹼基。一、步驟：
進入google首頁，進入ICBI主頁，對序列進行BLAST。得出序列是human的
進入google首頁，搜索Splice Site Prediction，進入主頁，復制序列。Organism選擇Human or other。其他默認，運行！
二、結果：
供體：

受體：
6、對下面序列進行六框翻譯，利用GENESCAN綜合分析(首先確定給定序列的物種來源)哪個ORF是正確的，輸出六框翻譯（抓圖）和GENESCAN結果(包括predicted genes/exons 和 predicted peptide sequence(s) 兩個部分)。一、步驟：
進入google首頁，進入ICBI主頁，對序列進行BLAST。得出序列是Zea的
進入google首頁；搜索NCBI，進入主頁，選擇all resources（A~Z），選擇O，選擇ORF finder。復制序列，默認，運行！
二、結果：ORF圖
三、步驟：進入google首頁，搜索GENESCAN，進入主頁，Organism:Maize， ，其他默認，運行！
四、結果：
G7、進入REBASE限制性內切酶資料庫，輸出AluI、MboI、EcoI三種內酶的Recognition Sequence和Type。
一、步驟：進入google首頁，google in English，搜索REBASE，進入主頁， 分別輸入AluI、MboI、EcoI，運行！
在MboI中選擇第一個，EcoI選擇第二個。
二、結果：
ENSCAN圖
8、使用引物設計工具，針對下列未知序列設計一對引物，要求引物長度為20-25bp，擴增產物長度300-500bp，退火溫度為50-60℃。請寫出選擇的一對引物（Forward Primer and Reverse Primer）、及相應的GC含量、引物的位點、Tm值和產物長度。一、步驟：進入google首頁，搜索genefisher，進入主頁，復制fasta格式，chechk input， sunmit， ； ；設置一下引物長度為20-25bp，擴增產物長度300-500bp，退火溫度為50-60℃； 。
二、結果：

GC含量：

引物的位點：

Tm值：

產物長度：。

9、將下面的序列用NEBcutter 2.0工具分析，用產生平末端及有四個酶切位點的酶進行酶切，並用抓圖提交膠圖（view gel），要求1.4% agarose和Marker為100bp DNA Ladder。
一、步驟：
進入google首頁，進入ICBI主頁，對序列進行BLAST，得知是linear。
進入google首頁，搜索NEBcutter 2.0，進入主頁，選擇linear，運行！選擇custom digest， ，把「1」改為「4」，選擇平末端，後digest。View gel。選擇1.4% agarose和Marker為100bp。
二、結果：

然後就是蛋白質的了一般都在expasy里swiss-prot 適用於檢索的 compute pi/mw 求理論分子量 分子量 protparam物理化學性質 protscale親水性疏水性 peptidemass分析蛋白酶和化學試劑處理後的內切產物
NCBI(www.ncbi.nlm.nih.gov)-GenBank資料庫

資料庫相似性搜索——核酸序列與核酸資料庫比較（BLASTN）
蛋白質序列與資料庫中蛋白質序列比較（BLASTP）
兩序列比對（Align two sequences）

DNA序列分析——ORF Finder(www.ncbi.nlm.nih.gov/gorf/gorf.html)

分析實驗序列外顯子部分——GENSCAN（http://genes.mit.e/GENSCAN.html）
分析實驗序列的可能酶切位點——NEBcutter2.0 (http://tools.neb.com/NEBcutter2/index.php)
註： Custom digest -- view gel

限制性內切酶資料庫——REBASE(http://rebase.neb.com/rebase/rebase.html)

設計引物擴增實驗序列——Genefisher
Primer 3

蛋白質序列分析及結構預測：
1.預測蛋白質的分子量及等電點:ExPASy（Compute pI/Mw）
2.分析蛋白質的基本物理化學性質：ExPASy（ProtParam）
3.分析蛋白質的親水性和疏水性：ExPASy（ProtScale）
4.分析蛋白質在各種蛋白酶和各種化學試劑處理後的內切產物：ExPASy（PeptideMass） [* ：kinase K]
5.分析蛋白質的信號肽：ExPASy（SignalP）
6.預測蛋白質的二級結構：ExPASy（Jpred 3）

多物種分子系統發育分析：EMBL（www.ebi.ac.uk/embl/)--Toolbox--Clustal2W

人脂聯素蛋白質序列：NP_004788
人類胰島素生長因子IB前體：P05019

D. 如何在NCBI上查鹵代酶的基因序列，最好有詳細步驟，再有如何篩選就更好了，鞠躬，感激不盡......

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/，在下拉菜單中選擇gene或者nucleotide，在搜索欄輸入要查的基因的全稱或者縮寫 再輸入種屬名，比如人的就輸入homo點搜索，結果中找到你要的基因條目，進去有詳細介紹，全序列，mRNA序列，蛋白序列的鏈接
你要從什麼來源的DNA擴增序列，人的還是動物的？具體的基因名字說一下

E. 怎樣去查一個酶的基因序列

確定這個酶的種類，如果是RNA就通過鹼基配對得到DNA。如果是蛋白質，就檢測得到蛋白質類型查找對應氨基酸序列，再得到RNA DNA。但因為一種氨基酸可以由多種序列決定，而且蛋白質有一定的空間結構影響其功能，加之在轉錄翻譯過程中細胞會對其進行修飾，所以沒有專業的知識和儀器，要倒推是比較困難的

F. 求助：在哪裡能查到酶的三維結構

蛋白質結構資料庫，一般用PDB，還有其他衍生出來的資料庫，比如DSSP，HSSP等等。 如果要差序列結構，在NCBI中也可以差，EMBL中也都有，不過建議在PDB中查看，將文件下載下來，用一些常用的軟體進行查看，並且可以看到一級，二級等高級結構。

G. 分子生物信息資料庫的二次資料庫

二次資料庫種類繁多，以核酸資料庫為基礎構建的二次資料庫有基因調控轉錄因子資料庫TransFac，真核生物啟動子資料庫EPD，克隆載體資料庫Vector，密碼子使用表資料庫CUTG等。以蛋白質序列資料庫為基礎構建的二次資料庫有蛋白質功能位點資料庫Prosite，蛋白質功能位點序列片段資料庫Prints，同源蛋白家族資料庫Pfam，同源蛋白結構域資料庫Blocks。以具有特殊功能的蛋白為基礎構建的二次資料庫有免疫球蛋白資料庫Kabat，蛋白激酶資料庫PKinase等。以三維結構原子坐標為基礎構建的資料庫為結構分子生物學研究提供了有效的工具，如蛋白質二級結構構象參數資料庫DSSP，已知空間結構的蛋白質家族資料庫FSSP，已知空間結構的蛋白質及其同源蛋白資料庫HSSP等。蛋白質回環分類資料庫則是用於蛋白質結構、功能和分子設計研究的專門資料庫。此外，酶、限制性內切酶、輻射雜交、氨基酸特性表、序列分析文獻等，也屬於二次資料庫或專門資料庫。 法國生物信息研究中心Infobiogen生物信息資料庫目錄DBCat搜集了主要400多個資料庫的名稱、內容、數據格式、聯系地址、網址等詳細信息，使用戶對目前生物信息資料庫有一個詳盡的了解。

H. 怎麼查酶的晶體結構

蛋白結構的相關信息一般要到PDB資料庫上面查。
登陸PDB資料庫，然後輸入酶的英文名稱，查詢就可以了。

I. 如何在KEGG資料庫中查找關注pathway

1．打開KEGG資料庫首頁，鏈接如下：http://www.genome.jp/kegg/，如下所示：

點擊「KEGG PATHWAY」字樣鏈接，可見如下界面：

一直往下看，會發現KEGG數據針對pathway做了分類，主要包含Metabolism、Genetic Information Processing、Environmental Information Processing、Cellular Process、Organismal Systems、Human Diseases、Drug Development七個方向，並針對每個方向還有更為細致的分類，例如Metabolism包含Carbohydratemetabolism、Energy metabolism、Lipid metabolism等，各位看官可以根據您的研究方向或感興趣通路選擇具體的pathway進行查看。

2．假如我們關注Carbohydrate metabolism下的Pentose phosphate pathway，點擊後獲得如下界面：

其中最上面的Reference pathway表示我們目前查看的通路是所有物種通用的pathway，下面的一段文字是對這個pathway的介紹，再下面網路圖顯示此pathway具體信息。

其中帶有Pentosephosphate pathway字樣的方框點擊開可發現對這個通路的其他信息介紹，同時可看到這個通路的ID（map00030），這個用map開頭+數字組成的ID表示所有物種通用的通路ID，如果是某一特定物種的ID，會以該物種的3個字母簡寫名字+數字組成，例如hsa00030。在網路圖中方框表示的是參與反應的酶，例如1.1.1.47，這是酶的ECnumber，國際酶學委員會賦予的編號。

小圓圈表示化學反應中的化合物，例如beta-D-Glucose（C00221）。箭頭代表的是反應方向，虛線表示此反應可以通過中間產物或其中途徑發生聯系。大橢圓表示與此通路相關的另一個pathway。如果您想要只關注human的Pentose phosphate pathway，就可以在Reference pathway處進行選擇，之後點擊Go即可。

這個時候您會發現在第一行顯示與不選擇物種時有一定區別，會標記為human信息，同時點擊網路圖中的帶有Pentose phosphate pathway的方框，裡面會有human的這個通路的信息，包含了human該通路的pathway ID（hsa00030）和介紹。

網路圖本身也有變化，部分方框為淺綠色，其他不變。其中淺綠色方框為人類含有的酶，例如3.1.1.17，把滑鼠放在上面會有相關信息顯示。白色方框的酶在人類中不含有，把滑鼠放在上面不會有任何信息顯示。

淺綠色方框可以點擊開查看詳細信息，例如點擊3.1.1.17，獲得如下界面，Entry為該酶在KEGG資料庫中的ID，Gene name為此酶的簡化名，Difinition為此酶的通用名字EC number，KO是在KEGG資料庫中該酶的同源序列號，Pathway中羅列出了該酶參與的通路，除此之外，還顯示很多其他信息，例如編碼該酶的三級結構（Structure）、基因序列（NT seq）和氨基酸序列（AA seq）等信息。

注意哦，上圖的右上角，有一個Help字樣，如果您對此頁面中信息不清楚，可以點擊Help，頁面里對每項都有相應的詳細介紹。

如果您知道自己關注通路的ID，可以直接在第一步的基礎上直接搜索，也可以獲得特定物種的通路信息，例如上面的human的Pentosephosphate pathway，ID為hsa00030，我們就可以直接用這個ID進行搜索，具體操作為在步驟1的第二幅圖中填入ID號，選擇物種has，點擊Go即可，頁面如下：

在出現的頁面中，點擊hsa00030這個通路即可。