biolinux

⑴ putty連接不上

請提供你的linux 版本，以及你linux /etc/hosts.allow 的內容
network error: connection refused
不是你使用putty的問題,連接被拒絕可能是因為你要ssh/telnet的系統做過安全設置,比如限定某些特定IP才能登錄,最好先在linux系統中查查有沒有類似的設定

有沒有試過從linux ping xp，，不知道能不能通？

首先檢查系統ssh服務是否啟動
#ps -ef |grep sshd 看看有沒有進程,沒有的話就
#/etc/rc.d/init.d/sshd start
如果沒有被啟動說明沒有裝載，需要重新下載並安裝

在/etc/目錄下設置hosts.allow與hosts.deny
優先順序為先檢查hosts.deny，再檢查hosts.allow,後者設定可越過前者限制，
你既然是一個電腦上的，你就設置hosts.allow就可以了
在文尾添加
ALL:ALL

再試一試，還不行的話-----再說

⑵ 學習生物信息學，需要配置怎樣的電腦呢

首先的問題的是，我們需要什麼樣的計算機。

關於硬體：

需要至少4G內存，最好可以達到16G以上內存；

至少500G硬碟空間。通常一個RNA-seq的數據量為20G左右，如果再加上分析之後的結果，可能達到50G，所以即使你有500G的空間，也分析不了幾組數據。所以硬碟空間越多越好，比如說2TB或者使用高速網路存貯界質。

CPU，至少2核。因為你在運行程序時，通常100%佔到CPU，如果沒有2核，計算機多半會假死在那裡。如果有8核，或者以上更好。

GPU，很多程序開始使用GPU運算，如果能有好的GPU顯卡，也是推薦的，但不是必須的。

為了達到以上的條件，入門極的比如說Mac Pro。進階級的就是獨立server，高級的是supercomputer clusters，支持qsub之類的。或者可以購買雲計算服務。

對於操作系統，在工作站方面，推薦Mac OS。它運行穩定，與LINUX同源。需要下載安裝Xcode和wget就可以了。當然你還可以很方便的安裝office辦公軟體，以及photoshop，AI等工具。最後安裝好R/Bioconctor，就可以開始工作了。如果買了兼容機，可以安裝上Linux/UNIX系統。它在安裝上R/Bioconctor之後基本上就可以了。它的缺點是辦公軟體，繪圖軟體的安裝。最差的就是Windows了。需要安裝比如GCC編譯器，make工具,mingw64, perl, zip/unzip, tar, wget, ghostscript等等。

有了軟體及硬體，接下來的工作就是了解一些常識以武裝你的大腦，這是整個運行環境中最重要的一環。首先，你需要學習了掌握UNIX常用命令，並且不反感字元界面。其次學會安裝，設置及構建網路服務，比如apache的websever，以及mysql的資料庫服務。第三安裝及設置一個Galaxy。當然，第二步及第三步可能會有難度，可以先使用Galaxy本身的服務，但是它有很多限制，所以最好還是自己安裝一個比較好。第四步，學習一門計算機語言，比如c, python, ruby, java等，還有一門腳本式語言工具，比如perl。第五步，學習使用R/Bioconctor。第六步，統計學。

至此，你的NGS分析環境就設置完成了。如果快的話，你可以兩三個月就設置完成，達到起步的階段，之後就是漫長的學習過程。慢的話，四年本科也不一定學到多少。

⑶ linux 2.6的shell腳本中如何kill掉 sleep進程

你是說找到系統中所有名字為sleep的進程ID，並且殺死它們，是嗎？

我沒有LINUX平台測試，我使用的HP-UX，下面的代碼你可能需要適當調整才可以使用。

下面的命令可以找出系統中的所有進程：
ps -e

要查找所有名稱為sleep的經常，有的系統可以給ps使用-n參數，例如：
ps -n sleep

但是通用一點的辦法是在ps -e的結果裡面grep，下面的命令即可：
ps -e | grep sleep

前面的ps命令輸出了進程的ID、終端等信息，如果只需要ID內容，可以使用cut -c來獲取，例如：
ps -e | cut -c1-6

獲取上面輸出的所有PID到內存變數的shell語句是：
pids=`ps -e | cut -c1-6`

⑷ 不用Windows系統可以使用biolinux嗎

可以呀
你想用什麼都行。
只不過win使用人數比較多，普及比較廣。

⑸ colinux用putty登陸失敗

把SSH裝上試試
具體如何裝我也不清楚,因為不同版本的linux的安裝方式是不一樣的,不過具休的步驟都可以上網找得到的.
安裝之後一般是不需要做什麼修改的.但聽說有的版本還是要進行配置的,因為它不允許root用戶進行遠程登錄

有什麼問題可以Email:[email protected]

⑹ win8 環境下安裝biolinux雙系統

Step 1
在Windows操作系統下，清空某個硬碟分區，或從已有的分區中分割出新分區。Ubuntu將安裝在這個分區中。可以使用一些知名磁碟工具軟體（分區助手、DiskGenius等）來分割新區。
示例：

如上圖所示，C盤是Win8.1的系統盤，E盤是我從原本的C盤中分割出的新分區（在使用工具進行分割時，可以不把分割出的空間作為新分區，因為我們要獲得的是一塊未被使用的空間）。
Step 2
確定空白分區後，刪除該分區，使其在Windows資源管理器中不可見。
可以通過右鍵點擊「這台電腦」圖標，進入「管理」功能的「磁碟管理」界面，選擇空白分區，右鍵「刪除卷」。

上圖是對E盤執行「刪除卷」操作前的磁碟狀態。
下圖是對E盤執行「刪除卷」操作後的磁碟狀態：

現在，在Windows操作系統下，原先的E盤已不可見，且不可使用。資源管理器中只剩下C盤：

Step 3
在Windows操作系統下安裝EasyBCD這款軟體。安裝成功後，打開軟體，顯示語言選擇「簡體中文」。
在左側工具列表中選擇「添加新條目」，在右側功能區選擇右上角的「NeoGrub」選項卡，點擊「安裝」按鈕。如下圖所示：

安裝後，點擊「配置」按鈕，會打開一個名為「menu.lst」的記事本文件。清空文件內容，寫入下面的文字：
title Install Ububtu
root (hd0,0)
kernel (hd0,0)/vmlinuz.efi boot=casper iso-scan/filename=/ubuntu-14.04-desktop-amd64.iso ro quiet splash locale=zh_CN.UTF-8
initrd (hd0,0)/initrd.lz
如下圖所示，注意空格：

注意1：文件第2、3、4行出現的「(hd0,0)」指向的是當前系統盤的位置，我這里是C盤。但假如C盤並非首個分區，而是第二個，需要修改為「(hd0,1)」，依此類推。
注意2：文件第三行，「ubuntu-14.04-desktop-amd64.iso」是我的Ubuntu系統鏡像的文件名，將其修改為你的。
注意3：文件第三行出現了「vmlinuz.efi」，由於我安裝的Ubuntu是64位操作系統，此處必須是「vmlinuz.efi」，不能缺少擴展名。
Step 4
使用壓縮工具打開Ubuntu鏡像文件，將「.disk」文件夾和casper文件夾內的「initrd.lz」和「vmlinuz.efi」文件復制到C盤根目錄，再將Ubuntu系統鏡像文件復制到C盤根目錄：

Step 5
重啟計算機，在啟動界面看到操作系統選擇項，選擇「NeoGrub引導載入器」：

之後出現Ubuntu選擇界面，選擇「Install Ubuntu」。

注意：此處有可能出現「File not found」錯誤：

原因一般是在之前的「menu.lst」文件內的參數沒有配置好，但不需要重啟計算機進行設置，因為啟動界面已經給我們臨時修改參數的方法：

依然選擇「InstallUbuntu」，按鍵盤e進入修改界面：

對上圖中的三處「(hd0,0)」進行修改，前面的0代表是第幾塊硬碟，「0」代表第一塊；後面的0代表是某塊硬碟內的第幾個分區。此處的修改方法也已經給出，鍵盤e修改，鍵盤d刪除，鍵盤b確認並啟動：

注意：Win7、Win8系統在安裝時，默認會在系統盤之前創建一個幾百兆大小的系統專用分區，所以如果C盤是系統盤，此處參數一般是「hd(0,1)」
Step 6
成功進入Ubuntu試用界面後，桌面上有兩個文件。
按Ctrl+Alt+T打開終端，輸入「sudo umount –l /isodevice」，取消光碟驅動器掛載，否則在後面安裝過程中可能會無限卡進度：

注意：注意空格，而且「-l」中的「l」是大寫字母「L」的小寫形態。不是數字1，也不是字母「i」。
Step 7
雙擊桌面圖標「安裝Ubuntu14.04 LTS」，開始安裝Ubuntu。
如果你連接了網路，可以選擇「安裝中下載更新」，會延長安裝時間，也可以在安裝完Ubuntu系統後再下載安裝更新。
在「安裝類型」界面會有多個安裝選項：

如果選擇第一項，Ubuntu會自動進行分區安裝，之後與Windows操作系統共存為雙系統。對分區沒有細致要求的用戶選擇此項即可，本教程即可直接跳過步驟Step7、Step8。如果要自定義分區，選擇「其它選項」。此處，我選擇「其他選項」。
下圖顯示的是我們整個硬碟的分區狀態：

我們要將Ubuntu安裝在「空閑」分區內。選擇「空閑」分區，再點擊左下方紅線處的加號，進行分區。
關於Linux的分區掛載，很多帶有定勢思維的Windows用戶還在理解的道路上艱難爬行，分區不是本文重點，此事應當閱讀關於Linux分區的專業文章。
根目錄「/」是必須存在的，可以分8G給「/」。
交換分區swap不是必須存在的，可以不給其分配空間，這同樣意味著，你可以將所有空間分給「/」。
「/boot」不是必須存在的，如果你的硬碟是Ubuntu單系統，推薦為其分配空間，一般小於200M，並且將它設置為第一分區；如果你的硬碟不是單系統，而是像本文所述的雙系統，不必分配空間。
「/home」用於保存用戶的文件，如果你要向其中保存大量數據，需要分配較多空間。
「/user」 主要用於保存應用程序文件，如果你要安裝很多程序，需要分配較多空間。可以考慮為其分配最大空間。
分區時需要選擇文件系統類型，選擇「Ext4」即可。
注意：如果你的內存較小，交換分區大小應該超過物理內存大小，但要小於物理內存大小乘以2；如果你的內存足夠大，交換分區分配1G到2G即可，甚至可以不分配。但如果你要安裝一些強制需要交換分區的軟體，則必須進行分配，如果你不確定以後安裝的某款軟體是否強制需要交換分區，最好進行分配，一般1G即可。
Step 8
分區完成後，開始安裝。
如果你沒有分配交換空間，系統會給出提示，跳過即可。
安裝完成後，選擇重啟。如果一切正常，可以看到如下圖所示的Ubuntu樣式的啟動項選擇界面：

上圖可以看出，Win8.1已經成功安裝。
Step 9 收尾工作
在系統啟動界面，Win8.1系統處於最後一項，如果需要讓Win8.1處於第一項，可以這樣設置：
1、進入Ubuntu系統。
2、Ctrl+Alt+T打開終端，輸入「sudo nautilus」，以root許可權打開資源管理器。
3、找到「30_os-prober」文件，將其名稱修改為「06_os-prober」即可：

進入Windows系統，清除C盤下之前復制的文件。
打開EasyBCD，在之前的「添加新條目」功能中，點擊「刪除」按鈕，清除「NeoGrub」引導。

⑺ 惠普筆記本裝ubuntu（win7下；准確的說是一個叫biolinux的系統，基於ubuntu12.04），無法進入ubuntu系統

丫的這用的是grub4dos（基於grub的）啊，ubuntu默認用的都是grub2了啊。問題是沒有啟動菜單。
解決方法有：
一、grub命令行啟動ubuntu（進入上面的命令行）：
kernel (hd0,x)/boot/vmlinuz-xx ro root=/dev/hdax splash
initrd (hd0,x)/boot/initrd-xx
boot

上面的xx可用TAB補齊，x看ubuntu安裝在那個分區號中的了（USB啟動後掛在ubuntu的分區後可以：ls -l /dev/disk/by-label來查看x號，但這里的x如果小於4應該要-1，sdax不用-1）。
http://blog.csdn.net/computerms/article/details/7453211
二、把grub2作為默認的引導項：
用你的USB啟動電腦，掛在ubuntu的系統分區到指定目錄（如：/media/ubuntu，目錄需要root許可權(sudo)手動建立），終端執行（重新安裝grub2）：sudo grub-install --root-directory=/media/ubuntu
重啟後應該沒有問題了。
重啟後可在終端執行：sudo update-grub更新grub2啟動菜單，自動查找win7的啟動項。