pbs腳本

① ANSYS cfx 在linux系統上的命令行

在.def文件所在的同一個文件夾里編輯.pbs文件，然後鍵入或者粘貼以下.pbs代碼中的命令（把我添加的注釋刪掉）進去，然後運行qsub test.pbs即可。

#!/bin/sh-f
#PBS-Ncfx_test%作業名稱
#PBS-qbatch%作業序列
#PBS-lnodes=cu01:ppn=2+cu05:ppn=2%使用的節點和每個節點使用的核數，cu01需要換成實際的節點名稱
#PBS-lwalltime=00:02:00%作業運行時間

##################################################################
#具體路徑根據實際情況修改，或者（親測）直接刪掉這幾行應該也能運行
source/opt/intel/composer_xe_2015/bin/compilervars.shintel64
source/opt/intel/composer_xe_2015.1.133/mkl/bin/intel64/mklvars_intel64.sh
source/opt/intel/impi/5.0.2.044/intel64/bin/mpivars.sh
########################################################cd$PBS_O_WORKDIR
cat$PBS_NODEFILE>/$PBS_O_WORKDIR/nodefile

input=test.def%所在目錄下的.def文件

#注意修改cfx5solve的實際路徑
date
#並行運行，串列將-start-method後改成"Serial",後面刪掉。
nohup/opt/ansys_inc/v150/CFX/bin/cfx5solve-def$input-double-start-method"HPMPIDistributedParallel"-par-distcu01*2,cu05*2
date

exit

② WBS與PBS的區別

WBS：Work Breakdown Structure ,即工作分解結構。是通過將細分化了的所有項目要素統一編碼，使其代碼化，WBS還可以充當一個共同的信息交換語言，為項目的所有信息建立一個共同的定義。這樣，將所有的要素在一個共同的基礎上相關聯，在此基礎上建立信息系統之間的所有信息溝通。應用WBS作為信息的共同基礎的最大優點是，為監控及預測費用、進度、實施不同的項目信息，WBS的應用給所有的項目管理人員提供了一個均可以與之作對比的一致基準，並且在大型項目中，由於參加者眾多及人員可能發生的變化，使所用的全部名詞對所有的參加者都具有相同意義是很重要的，而WBS通過代碼和代碼字典的編制可使這一點得到保證。

PBS是一個批處理作業和計算機系統資源管理軟體包。它原本是按照POSIX 1003.2d批處理環境來開發的。這樣，它就可以接受批處理作業、shell腳本和控制屬性，作業運行前對其儲存並保護，然後運行作業，並且把輸出轉發回提交者。

PBS可以被安裝並配置運行在單機系統或多個系統組來支持作業處理。由於PBS的靈活性，多個系統可以以多種方式組合。

③ 什麼是PBS

1. 介紹
此文檔用來為系統管理員提供構建、安裝、配置並且管理PBS所需的一些信息。很可能有一些重要的信息項被漏掉了。這類文檔中沒有更加完善的了，到目前為止，它已經被好幾個不同的管理員在不同的站點進行了更新，當然仍是比較欠缺。

1.1. 什麼是PBS?
PBS是一個批處理作業和計算機系統資源管理軟體包。它原本是按照POSIX 1003.2d批處理環境來開發的。這樣，它就可以接受批處理作業、shell腳本和控制屬性，作業運行前對其儲存並保護，然後運行作業，並且把輸出轉發回提交者。

PBS可以被安裝並配置運行在單機系統或多個系統組來支持作業處理。由於PBS的靈活性，多個系統可以以多種方式組合。

1.2. PBS的組件
PBS包括四個主要的組件：命令組件、作業伺服器、作業執行組件和作業調度器。這里給出每一部分的簡要描述來幫助你在安裝過程中做出決定。

命令組件：

PBS支持與POSIX1003.2d相一致的命令行和圖形介面兩種命令方式。這些命令用於提交、監視、修改和刪除作業。命令可以被安裝在任何PBS支持的系統類型上，並且不需要在本地安裝任何其它的PBS組件。共有三種類型的命令：任何已授權用戶可以使用的命令；操作員命令；管理員命令；操作員和管理員命令需要不同的訪問許可權。

作業伺服器：

作業伺服器是PBS的中心。在本文檔中，它一般被稱作伺服器或被稱為可執行文件的名字pbs_server。所有命令和其它守護進程都通過IP網路和伺服器通信。伺服器的主要功能就是提供基本的批處理服務，例如接收/創建一個批處理作業，修改作業，保護作業免受系統宕機的影響並運行作業。

作業執行器：

作業執行器是一個守護進程，它真正地把作業放入執行隊列。這一進程，pbs_mon，被非正式地命名為Mom，正如它是所有正在執行的作業的母親（mother）一樣。當Mom從一個伺服器那裡接收一個作業拷貝時就將它放入執行隊列。Mom創建一個和用戶登陸會話盡可能一致的新的會話。例如，如果用戶的登陸shell是csh，那麼Mom就創建一個會話，在此會話中.login和.cshrc一樣運行。當伺服器指示需要那麼做時，Mom也負責把作業的輸出返回給用戶。

作業調度器：

作業調度器是另一個守護進程，這一進程包括site』 policy[1]，這一策略控制著哪一個作業被運行，在那個節點運行，什麼時候運行。因為每一個site對於什麼是好的或者有效的策略都有它自己的想法，PBS允許每一個site來創建它自己的調度器。當運行的時候，調度器就可以和不同的Moms進行通信來獲知系統資源的狀態；和伺服器進行通信來獲知要執行的作業的有效性。與伺服器之間的介面是通過和命令組件一樣的API。實際上，調度器僅僅作為伺服器的批處理管理器出現的。

除了上面主要的部分之外，PBS也提供了一個應用編程介面，API，命令組件用它來和伺服器進行通信。這一API在和PBS一起完成的第三部分的man pages中描述。A site[1]如果願意可以利用這些API來實現新的命令。

④ PATH=${OPEN_MPI}/bin:$PATH 是什麼意思，在pbs腳本里看到

路徑賦值吧

⑤ 如何編寫PBS作業的腳本

我就是完全在linux工作的人,包括用matlab 我沒有出現樓主出現的情況,相反,我的matlab無論安裝,還是運行都要比win下快n多,在win下,硬碟一直閃的情況在linux下沒有出現! 我用的是matlab 2006b. 系統archlinux tips:我喜歡用這樣的方式打開matlab m...

⑥ pbs排隊任務提交後看不到

linux對多核CPU的支持還是不完美，可能是linux系統問題，重裝下系統或改別的版本試試

⑦ pbs腳本怎麼設置指定節點計算

利用chrome等瀏覽器的開發者工具，具體如下 1、打開開發者工具 2、切換到Element，並選中你要查看的DOM節點 3、右側欄切換到Event Listeners並查看

⑧ pbs腳本怎麼注釋

1 用 #注釋
比如
<?php
# 這里是注釋
$str = 1;
?>
2 用
/* 裡面寫注釋 */

⑨ pbs提交任務怎樣創建一個腳本

1． 打開 MS 界面， 建立相關模型， 並且在 Castep 的 Calculatiton 對話框中設置相關參數； 2． 不要單擊 Run 進行 Castep 計算工作，而要在 Calculation 對話框中選擇 Files -> Save Files，此時會在 Project Explorer 中出現一個新的目錄，其中包括了使用命令行運行 Castep 的輸入文件； 3． 使用 Windows 的文件管理器進入該目錄(相關 Project 名稱.files\Documents 下)， 能夠 看到所需要的輸入文件。 注意，由於 castep 計算所需的.cell 文件是隱藏文件，因此需要在「工具|文件夾選項」 中選擇「顯示隱藏文件」 。 將以下文件拷貝到 SGI Prism 的相關路徑下， *.cell、*.param。 此外，需要將計算所需的贗勢文件拷貝到 SGI Prism 相關路徑下。 （在 CASTEP | Calculation | Electronic 的 more 下 Potential 中可以看到所使用的贗 勢 文 件 ， 該 文 件 的 路 徑 在 Windows 系 統 的 <MS 安 裝 路 徑 >\MS Modeling 3.2\Data\Resources\Quantum\Castep\Potentials 中，請將所出現的贗勢文件全部拷貝到 SGI Prism 機器上，否則會導致計算失敗） 4． 使用帳號登陸到 SGI Prism 下，進入相關文件夾（文件夾中包括剛才所有的文件） ， 並執行命令： > chmod 777 *.* > /home/msi/ms/CASTEP/bin/RunCASTEP.sh -np n seedname 註：-np 表示使用多 CPU 進行並行運算； n 表示所使用的 CPU 數目 seedname 表示計算作業的名稱， 例如相關參數文件為 Al.param， Seedname 則 為 Al，不帶後綴名 5． 計算完成後，請將該目錄中所有的文件下載到本地機器上，並放到剛才在 Visualizer 下新建的目錄中； 6． 在 Visualizer 的 Project Explorer 中單擊右鍵，選擇刷新，即可看到剛才所有計算得 到的結果，並可在 MS 中進行分析。 DMol3 1． 打開 MS 界面， 建立相關模型， 並且在 DMol 的 Calculatiton 對話框中設置相關參數； # 2． 不要單擊 Run 進行 DMol 計算工作，而要在 Calculation 對話框中選擇 Files -> Save Files，此時會在 Project Explorer 中出現一個新的目錄，其中包括了使用命令行運行 DMol3 的輸入文件； 3． 使用 Windows 的文件管理器進入該目錄(相關 Project 名稱.files\Documents 下)， 能夠 看到所需要的輸入文件。 注意，由於 DMol3 計算所需的.car 和.mdf 文件是隱藏文件，因此需要在「工具|文件 夾選項」中選擇「顯示隱藏文件」 。