如何在conda中安裝需要編譯的軟體

1. 鎬庢牱鐢╟onda瀹夎卭pencv

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2. 【生信基礎】conda 安裝R和R包

conda 安裝R環境，主要命令如下：

2.激活創建的環境,後面安裝的包和軟體都會在此環境中進行

3.安裝所需要的包

4.關閉此環境

安裝完R環境後，export 相應的path，如下

安裝相關的包，例如ballgown：

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
install.packages("BiocManager")

BiocManager::install("ballgown")

注意，如果不export 相應的path，R安裝包時很容易找不到相應的程序，如：
/bin/sh: x86_64-conda_cos6-linux-gnu-c++: command not found

3. conda 中配置 jupyter notebook 環境 踩過的坑

這個過程僅需要兩步：

（註：本人使用過程中，特別慢導致最後出現「Time Out」的超時錯誤，故在後面添加了豆瓣源，可以加快升級速度），建議使用如下命令：python -m pip install --upgrade pip -i https://pypi.douban.com/simple/
成功後可以輸入 pip --version 查看pip版本。

輸入命令：pip install tensorflow-cpu==2.2.0 -i https://pypi.douban.com/simple/
等待安裝結束即可完成安裝。

安裝完成後，可以輸入"python"命令進入python環境，再輸入命令：import tensorflow，沒有報錯即說明安裝成功。
查看tensorflow版本，如下方式：

輸入exit()，即可退出python環境。
也可以在(base)中輸入 jupyter notebook，在jupyter環境中輸入命令查看。

前奏：自行安裝anaconda，並創建虛擬環境

首先安裝ipykernel
在terminal下執行命令行：conda install ipykernel
在虛擬環境下創建kernel文件
在terminal下執行命令行：conda install -n 環境名稱 ipykernel
比如我的虛擬環境叫python27（後面舉例都默認這個虛擬環境），那麼我的就是：conda install -n python27 ipykernel

激活conda環境
在terminal下執行命令行：
windows版本:activate 環境名稱 我的命令是：activate python27
linux版本:source activate 環境名稱我的命令是：activate python27

將環境寫入notebook的kernel中
python -m ipykernel install --user --name 環境名稱 --display-name "在jupyter中顯示的環境名稱"

這里引號裡面的名稱自己可以隨便起，用於在jupyter裡面做標識，這里我仍然在jupyter裡面叫python27，所以我的命令是：python -m ipykernel install --user --name python27 --display-name "python27"

打開notebook伺服器
在terminal下執行命令行jupyter notebook

上面的相關步驟就可以完成jupyter的相關配置，但是如果經常需要用jupyter notebook，那麼最好在創建虛擬環境的時候便安裝好ipykernel
命令：conda create -n 環境名稱 python=3.5 ipykernel

另外刪除kernel環境：
jupyter kernelspec remove 環境名稱

1、 解決anaconda中jupyter無法import已安裝模塊問題

4. Miniconda使用體驗

生信入門的第一步就是要學會安裝軟體，但有些軟體的安裝和編譯比較麻煩，這個時候就會懷念windows系統的方便。
根據生信技能樹和菜鳥團里的介紹，linux系統也有這種自動式的安裝軟體的方式，因此，開始體驗使用conda來安裝軟體。

安裝簡單，只需要在伺服器上運行即可

此時會在home目錄下生成miniconda3的文件夾，並更新下環境變數。

註：如果安裝後不想在終端前顯示（base）

conda install fastqc(軟體名)

which fastqc 查看軟體安裝位置

conda list 可以查看已安盯裂裝軟體列表，conda默認安裝軟體的最新版本，如果想安裝指定版本的某個軟體，可以先用「conda search 軟體名」搜索軟體版本。

星號標記的表示是已經安裝的版本。要 安裝其他版本 ，輸入：

conda install 軟體名=版本號

這時conda會先卸載已安裝版本，然後重新安裝指定版本。

如果想要安裝列表中的軟體，可進入該軟體的conda主頁，比如cutadapt[ https://anaconda.org/bioconda/cutadapt ]

裡面會告訴應該使用什麼命令~

安裝完後的軟體在miniconda2文件肆差夾裡面的pkgs文件夾下面。

conda config --add channels

查看已經添加的channels

conda config --get channels

conda config --remove channels

conda update conda

conda remove 軟體名

source activate 軟體名 #把目錄添加進環境變數

source deactivate #從環境變數裡面 刪去

conda info -e

例子：

安裝snakemake，snakemake已經整理成Python包，可以直接使用 pip 進行安裝，不過需要的Python3的環境，利用 conda 進行安裝：

試試 snakemake -h 看看安裝成功沒有？

但是可能網路會不太好，可能需要多幾次進行安凱雹閉裝。

參考：

用Miniconda，Bioconda來安裝常見的生物信息學軟體 | 生信菜鳥團 [ http://www.bio-info-trainee.com/1906.html] ；

http://www.biotrainee.com/thread-838-1-1.html 。

5. python工具包如何安裝

python安裝工具包的方式總結一下：
1.、在spyder中安裝:
打開命令窗口：選擇Tools下的「open command prompt」，輸入：pip install 安裝包名字==版本號
例如：pip install numpy==1.13.3
2、在anaconda中安裝：
打開Anaconda Prompt，輸入：conda install -c conda-forge 安裝包名字==版本號

例如：conda install -c conda-forge numpy=1.13.3
3、在cmd中安裝：
在python的安裝包下的Scripts目錄下，打開命令窗口（也可以直接在文件加下按住Shift，點擊滑鼠右鍵，選擇「在此處打開 命令窗
口」），輸入：pip install 安裝包名字==版本號 或者： easy_install 安裝包名字==版本號 （pip找不到的包可以試一下）
例如：pip install numpy==1.13.3
4、卸載相應的安裝包
將對應命令中的install改成uninstall即可。

推薦學習《Python教程》。