復雜shell腳本
IT路邊社
前言
與其它的編碼規范一樣，這里所討論的不僅僅是編碼格式美不美觀的問題， 同時也討論一些約定及編碼標准。這份文檔主要側重於我們所普遍遵循的規則，對於那些不是明確強制要求的，我們盡量避免提供意見。
編碼規范對於程序員而言尤為重要，有以下幾個原因：
本文檔中的准則致力於最大限度達到以下原則：
盡管本文檔涵蓋了許多基礎知識，但應注意的是，沒有編碼規范可以為我們回答所有問題，開發人員始終需要再編寫完代碼後，對上述原則做出正確的判斷。
注 ：未明確指明的則默認為必須（Mandatory）
主要參考如下文檔:
僅建議Shell用作相對簡單的實用工具或者包裝腳本。因此單個shell腳本內容不宜太過復雜。
在選擇何時使用shell腳本時時應遵循以下原則：
可執行文件不建議有擴展名，庫文件必須使用 .sh 作為擴展名，且應是不可執行的。
執行一個程序時，無需知道其編寫語言，且shell腳本並不要求具有擴展名，所以更傾向可執行文件沒有擴展名。
而庫文件知道其編寫語言十分重要，使用 .sh 作為特定語言後綴的擴展名，可以和其他語言編寫的庫文件加以區分。
文件名要求全部小寫, 可以包含下劃線 _ 或連字元 - , 建議可執行文件使用連字元，庫文件使用下劃線。
正例:
反例：
源文件編碼格式為UTF-8。避免不同操作系統對文件換行處理的方式不同，一律使用 LF 。
每行最多不超過120個字元。每行代碼最大長度限制的根本原因是過長的行會導致閱讀障礙，使得縮進失效。
除了以下兩種情況例外：
如出現長度必須超過120個字元的字元串，應盡量使用here document或者嵌入的換行符等合適的方法使其變短。
示例：
除了在行結束使用換行符，空格是源文件中唯一允許出現的空白字元。
對從來沒有用到的或者被注釋的方法、變數等要堅決從代碼中清理出去，避免過多垃圾造成干擾。
Bash 是唯一被允許使用的可執行腳本shell。
可執行文件必須以 #!/bin/bash 開始。請使用 set 來設置shell的選項，使得用 bash echo "Process $: Done making $$$."
# 示例7：命令參數及路徑不需要引號 grep -li Hugo /dev/ "$1"
# 示例8：常規變數用雙引號，ccs可能為空的特殊情況可不用引號 git send-email --to "${reviewers}" ${ccs:+"--cc" "${ccs}"}
# 示例9：正則用單引號，$1可能為空的特殊情況可不用引號 grep -cP '([Ss]pecial||?characters*) ${1:+"$1"}
# 示例10：位置參數傳遞推薦帶引號的"$@"，所有參數作為單字元串傳遞用帶引號的"$*" # content of t.sh func_t { echo num: $# echo args: 1:$1 2:$2 3:$3 }
func_t "$@" func_t "$*" # 當執行 ./t.sh a b c 時輸出如下： num: 3 args: 1:a 2:b 3:c num: 1 args: 1:a b c 2: 3:
使用 $(command) 而不是反引號。
因反引號如果要嵌套則要求用反斜杠轉義內部的反引號。而 $(command) 形式的嵌套無需轉義，且可讀性更高。
正例：
反例：
條件測試
使用 [[ ... ]] ，而不是 [ , test , 和 /usr/bin/[ 。
因為在 [[ 和 ]] 之間不會出現路徑擴展或單詞切分，所以使用 [[ ... ]] 能夠減少犯錯。且 [[ ... ]] 支持正則表達式匹配，而 [ ... ] 不支持。參考以下示例：
盡可能使用變數引用，而非字元串過濾。
Bash可以很好的處理空字元串測試，請使用空/非空字元串測試方法，而不是過濾字元，讓代碼具有更高的可讀性。正例：
反例：
正例：
反例：
正例：
反例：
文件名擴展
當進行文件名的通配符擴展時，請指定明確的路徑。
當目錄中有特殊文件名如以 - 開頭的文件時，使用帶路徑的擴展通配符 ./* 比不帶路徑的 * 要安全很多。
應該避免使用eval。
Eval在用於分配變數時會修改輸入內容，但設置變數的同時並不能檢查這些變數是什麼。反例：
請使用進程替換或者for循環，而不是通過管道連接while循環。
這是因為在管道之後的while循環中，命令是在一個子shell中運行的，因此對變數的修改是不能傳遞給父shell的。
這種管道連接while循環中的隱式子shell使得bug定位非常困難。反例：
如果你確定輸入中不包含空格或者其他特殊符號（通常不是來自用戶輸入），則可以用for循環代替。例如：
使用進程替換可實現重定向輸出，但是請將命令放入顯式子 shell，而非 while 循環創建的隱式子 shell。例如：
總是檢查返回值，且提供有用的返回值。
對於非管道命令，使用 $? 或直接通過 if 語句來檢查以保持其簡潔。
例如：
當內建命令可以完成相同的任務時，在shell內建命令和調用外部命令之間，應盡量選擇內建命令。
因內建命令相比外部命令而言會產生更少的依賴，且多數情況調用內建命令比調用外部命令可以獲得更好的性能（通常外部命令會產生額外的進程開銷）。
正例：
反例：
載入外部庫文件不建議用使用.，建議使用source，已提升可閱讀性。正例：
反例：
除非必要情況，盡量使用單個命令及其參數組合來完成一項任務，而非多個命令加上管道的不必要組合。常見的不建議的用法例如：cat和grep連用過濾字元串; cat和wc連用統計行數; grep和wc連用統計行數等。
正例：
除特殊情況外，幾乎所有函數都不應該使用exit直接退出腳本，而應該使用return進行返回，以便後續邏輯中可以對錯誤進行處理。正例：
反例：
推薦以下工具幫助我們進行代碼的規范：
原文鏈接：http://itxx00.github.io/blog/2020/01/03/shell-standards/
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⑵ 第七章 SHELL腳本
在linux里可以直接使用shell腳本進行管理，shell就是命令解釋器，把用戶的命令翻譯成機器語言，在把機器語言翻譯成人類語言返回給用戶。
shell有Bshell和Cshell區分，經常在linux裡面用的shell都是Bshell，Bshell和Cshell完全不兼容。我在Centos裡面看見支持的幾種shell解釋器有sh，bash，csh。然後用的最多的就是base（標准shell）。
shell腳本可以添加執行許可權，然後在base命令界面直接輸入腳本路徑即可執行；所有的腳本開頭要聲明腳本shell，常見的聲明是#!/bin/bash，其他的還有#!/bin/sh，#!/bin/csh
寫第一個shell腳本吧
可以使用alias命令查看系統當前的別名，也可以用alias 別名=『真實命令』 來執行；
重定向輸出是將輸出到標准輸出設備的數據重新定向到另一個地方；
將標准（鍵盤）輸入重定向到其他一個設備上；
格式：命令1 | 命令2
表示把命令1的執行結果當成命令2的執行條件
跟正則表達式不一樣啊，剛才的grep -P就是使用正則，但是這里通配符比較簡單啊。
用引號表示，其中單引號標識不解析字元串中的特殊字元，雙引號則解析特殊字元。
如果字元串中有存在$(ls)這種，那麼這個表示ls命令的執行結果啊
當然這也可以用\進行轉義
⑶ Linux如何編寫shell腳本
一般以#!/bin/sh開頭（不是必須要寫，但一定要單獨一行），指定執行這個腳本的shell程序（也可以用#!/bin/zsh或其他），然後就是堆命令了。
Linux的shell腳本支持很多功能，加上Linux高度模塊化的命令，完全可以用shell腳本寫出復雜的程序。
以上只是簡單介紹如何開始寫shell腳本，如果要寫復雜的腳本，還需要深入學習相關知識（如if——fi、case——esac等結構）。
當然，還需要給腳本加上可執行許可權(chmod +x ./file.sh），否則可以用sh ./file.sh方式執行腳本（這里的sh是執行腳本所需shell，命令也可以是zsh ./file.sh或其他）。
整個shell腳本，其實就相當於你在終端輸入的一系列命令，如果想在shell里做什麼，就先想想在終端可以做什麼吧，字元的的連接，就是直接用 "" 雙引號，輸出，變數定義無 $ 符號，但是使用時一定要加上 $ 符號。
"=" 賦值符號，兩邊一定不能有空格，這和其他語言有區別，尤其是你還有自己代碼美觀風格時特別注意，否則會報語法錯誤！
for 中的數組內容是以 " " 空格分隔，而非 "," 逗號分格。
條件判斷 [ true ] 中括弧 後面需要有一個空格，但是兩個中括弧之間不能有空格如 [[ true ]]。
while 條件判斷可以用 () 括弧，也可以用 [[ ]] 中括弧。
如果用windows寫shell,一定要注意換行符格式 而非 ， 需要藉助一些編輯器(如notepad++)更改換行符格式！
⑷ 學生信的那些事兒之七 - Linux基礎之Shell腳本編程
沿著前面的軌跡，接下來是Linux中shell腳本的學習。這對於生信工程師後續處理大量 (海量更合適些) 數據是非常非常重要的，但是同樣的，作為一個有點古板的人，對於"腳本"是什麼意思我都死磕了好久。主要覺得有些抽象，尤其是跟生信的同事討論項目分析部分的問題時，他們經常會說道這個詞，在他們意識里這是個不言自明的術語，殊不知對外行人而言 (比如我)，那簡直就是無情的"知識的詛咒"。經常是我假裝聽懂了，然後繼續討論下面的問題，形成一個模糊的印象。
網路上的解釋是：腳本（Script）是一種批處理文件的延伸，是一種純文本保存的程序，一般來說的計算機腳本程序是確定的一系列控制計算機進行運算操作動作的組合，在其中可以實現一定的邏輯分支等。不知道你能不能看懂，反正我開始的時候真是一知半解。
鳥哥私房菜的解釋是：shell script是利用 shell 的功能所寫的一個"程序"，這個程序是使用純文本文件，將一些shell的語法與命令(含外部命令)寫在裡面，搭配正則表達式、管道命令與數據流重定向等功能，以達到我們所想要的處理的目的。不明覺厲，好像更看不懂了···
Jude 的簡單粗暴大白話解釋是：腳本就是Linux中很多命令按照一定規則的組合，以實現某個特定的功能。Linux中有很多簡單的命令，往往只是進行了簡單的對話，比如 cd 就是進入到某個目錄，簡單直接。但是如果我想進入某個目錄A，然後在目錄A中創建目錄B，再在目錄B中創建文本C呢？當然可以一步一步操作，如果想要一步到位呢，那就可以用腳本，把三個命令寫在一起，一起執行。好像有點啰嗦···
或者從英語的角度去理解，腳本的對應英文是Script，而這個單詞的中文釋義中還有劇本的意思。劇本就好理解了啊，劇本就是導演(生信工程師)基於某個主旨(要實現的目標)按照一定的手法(規則)所寫的一個故事。不管是哪個演員，都得按照劇本演。所以，學好英語對於生信也是有幫助的~
按照腳本的復雜程度可以分為：
這個無需多說，其實就是若干個簡單命令的順序排列，執行腳本後會按照命令的前後關系從前往後一一執行。
相對於簡單的基本腳本，結構化的命令腳本可以施加邏輯流程式控制制，從而改變程序(命令)執行的順序。基本腳本中的命令就是從上往下執行，但是結構化的命令腳本可以根據邏輯判斷重復或者跳過某些命令。
常用的結構化命令(語句)有：
後面還有什麼嵌套循環啊啥的，不過我覺得上面的7中命令學到家了，應該可以應付大部分在生信分析裡面的應用了。
記得高中的時候，物理老師(也是班主任)在給我們講解習題時有個有意思的套路：不管什麼難題現在下面寫個"答："，以示自己解決問題的決心，也是一種正向的心理暗示。腳本編寫也是有套路的，不過總的來說還是比較簡單。
對於簡單的腳本(超級簡單的那種)，直接幾個命令連在一起即可，中間用"；"隔開。
對於更長更復雜的腳本，一般需要創建一個文本，並在裡面編輯。這就涉及到了文本編輯器，比較常用和簡單的一般有nano和vim，實在很簡單，規則也容易理解，教程隨手可得，不多說。
比如用vim創建了一個腳本之後，具體的語法(套路)：
ok，腳本寫完了，怎麼讓腳本開始工作呢？這有涉及到之前講過的環境變數和相對路徑、絕對路徑了。方法有三：
就這么多吧，應該有點感覺到了，剩下的就是狂練狂練了~
⑸ Shell腳本
因為-c的意思是command，所以bash -c後面應該跟一個command。
shell運行腳本的兩種方法：
1、bash xx.sh
2、bash -c "cmd string"
使用bash -c需要注意兩點：
1、bash -c "cmd string"接的是shell命令字元串，用雙引號括起來
2、bash -c "/path/to/file"接的是文件絕對路徑，用雙引號括起來，並且文件需要可執行許可權
參考鏈接：
1.1、 linux shell -c,【bash】關於shell中 bash -c 執行命令或者可執行文件
1.2、 【bash】關於shell中 bash -c 執行命令或者可執行文件
示例：/usr/libexec/PlistBuddy -c "cmd string"
參考鏈接： XCode添加自定義Run Script Phase
由於PlistBuddy並不在Mac默認的Path里，所以我們得通過絕對路徑來引用這個工具：
參考鏈接： PlistBuddy簡單使用
⑹ 在Ubuntu下編寫shell腳本讀取文件
需求功能：
創建測試用例文件 text ：
創建shell腳本：
運行結果：
利用 awk 'END{print NR}' [文件名] 來輸出行數：
在shell腳本中添加該功能：
運行結果：
上面的shell文件只是把文件名寫死在腳本中，並沒有實際使用意義，所以需要編寫一個指令來指定需要讀取的文件，就像 vim [文件名] 一樣
「$1」 代表第1個參數，也就是在 read 之後緊跟的參數，將其作為文件名傳入：
將腳本移動至環境變數對應的目錄中：（可以自己更改 /bin/xxx 來決定運行命令的名稱，但注意不能重復）
sudo mv read /bin/read
然後添加運行許可權：
sudo chmod 755 /bin/read
打開終端的目錄可以是任何位置，通過以下命令即可運行shell腳本：
sudo read [文件路徑]
同理，我們還可以自己為復雜指令編寫shell腳本，來提高命令的使用效率，例如開關ss服務，打開銳捷客戶端認證等等。