pythongraphlab
① GraphX類似的軟體有哪些
圖計算領域除了GraphX, 還有GraphScope, GraphLab, PowerGraph, Giraph, NetworkX等等。GraphScope,目前在GitHub上有開源的。
② 圖計算軟體GeaBase和Graphscope有什麼區別
一個是圖資料庫,一個是圖數據分析,可以理解為GeaBase是存儲數據的櫃子,GraphScope就是在這個櫃子里找東西的整個過程。但是GraphScope號稱是一站式的平台,所以它裡面應該也有些圖資料庫基礎的功能。
③ 如何安裝GraphLab Create
可以從官網下載安裝包安裝,或者使用pip自動安裝 參考: python | 如何用pip安裝模塊和包
④ 如何安裝GraphLab Create
可以從官網下載安裝包安裝,或者使用pip自動安裝參考:Python|如何用pip安裝模塊和包
⑤ windows怎麼安裝 graphlab-create python package
可以從官網下載安裝包安裝,或者使用pip自動安裝
參考:
Python | 如何用pip安裝模塊和包
http://jingyan..com/article/466506583fec5af549e5f825.html
⑥ 圖計算引擎Neo4j和Graphscope有什麼區別
Neo4j是單機系統,主要做圖資料庫。GraphScope是由阿里巴巴達摩院智能計算實驗室研發的圖計算平台,是全球首個一站式超大規模分布式圖計算平台,並且還入選了中 國科學技術協會「科創中 國」平台。Graphscope的代碼在github.com/alibaba/graphscope上開源。SSSP演算法上,GraphScope單機模式下平均要比Neo4j快176.38倍,最快在datagen-9.2_zf數據集上快了292.2倍。
⑦ 數據分析工具有哪些 python
IPython
IPython 是一個在多種編程語言之間進行交互計算的命令行 shell,最開始是用 python 開發的,提供增強的內省,富媒體,擴展的 shell
語法,tab 補全,豐富的歷史等功能。IPython 提供了如下特性:
更強的交互 shell(基於 Qt 的終端)
一個基於瀏覽器的記事本,支持代碼,純文本,數學公式,內置圖表和其他富媒體
支持交互數據可視化和圖形界面工具
靈活,可嵌入解釋器載入到任意一個自有工程里
簡單易用,用於並行計算的高性能工具
由數據分析總監,Galvanize 專家 Nir Kaldero 提供。
GraphLab Greate 是一個 Python 庫,由 C++ 引擎支持,可以快速構建大型高性能數據產品。
這有一些關於 GraphLab Greate 的特點:
可以在您的計算機上以交互的速度分析以 T 為計量單位的數據量。
在單一平台上可以分析表格數據、曲線、文字、圖像。
最新的機器學習演算法包括深度學習,進化樹和 factorization machines 理論。
可以用 Hadoop Yarn 或者 EC2 聚類在你的筆記本或者分布系統上運行同樣的代碼。
藉助於靈活的 API 函數專注於任務或者機器學習。
在雲上用預測服務便捷地配置數據產品。
為探索和產品監測創建可視化的數據。
由 Galvanize 數據科學家 Benjamin Skrainka 提供。
Pandas
pandas 是一個開源的軟體,它具有 BSD 的開源許可,為 Python
編程語言提供高性能,易用數據結構和數據分析工具。在數據改動和數據預處理方面,Python 早已名聲顯赫,但是在數據分析與建模方面,Python
是個短板。Pands 軟體就填補了這個空白,能讓你用 Python 方便地進行你所有數據的處理,而不用轉而選擇更主流的專業語言,例如 R 語言。
整合了勁爆的 IPyton 工具包和其他的庫,它在 Python 中進行數據分析的開發環境在處理性能,速度,和兼容方面都性能卓越。Pands
不會執行重要的建模函數超出線性回歸和面板回歸;對於這些,參考 statsmodel 統計建模工具和 scikit-learn 庫。為了把 Python
打造成頂級的統計建模分析環境,我們需要進一步努力,但是我們已經奮斗在這條路上了。
由 Galvanize 專家,數據科學家 Nir Kaldero 提供。
PuLP
線性編程是一種優化,其中一個對象函數被最大程度地限制了。PuLP 是一個用 Python
編寫的線性編程模型。它能產生線性文件,能調用高度優化的求解器,GLPK,COIN CLP/CBC,CPLEX,和GUROBI,來求解這些線性問題。
由 Galvanize 數據科學家 Isaac Laughlin 提供
Matplotlib
matplotlib 是基於 Python 的
2D(數據)繪圖庫,它產生(輸出)出版級質量的圖表,用於各種列印紙質的原件格式和跨平台的互動式環境。matplotlib 既可以用在 python 腳本,
python 和 ipython 的 shell 界面 (ala MATLAB? 或 Mathematica?),web 應用伺服器,和6類 GUI
工具箱。
matplotlib 嘗試使容易事情變得更容易,使困難事情變為可能。你只需要少量幾行代碼,就可以生成圖表,直方圖,能量光譜(power
spectra),柱狀圖,errorcharts,散點圖(scatterplots)等,。
為簡化數據繪圖,pyplot 提供一個類 MATLAB 的介面界面,尤其是它與 IPython
共同使用時。對於高級用戶,你可以完全定製包括線型,字體屬性,坐標屬性等,藉助面向對象介面界面,或項 MATLAB 用戶提供類似(MATLAB)的界面。
Galvanize 公司的首席科學官 Mike Tamir 供稿。
Scikit-Learn
Scikit-Learn 是一個簡單有效地數據挖掘和數據分析工具(庫)。關於最值得一提的是,它人人可用,重復用於多種語境。它基於
NumPy,SciPy 和 mathplotlib 等構建。Scikit 採用開源的 BSD 授權協議,同時也可用於商業。Scikit-Learn
具備如下特性:
分類(Classification) – 識別鑒定一個對象屬於哪一類別
回歸(Regression) – 預測對象關聯的連續值屬性
聚類(Clustering) – 類似對象自動分組集合
降維(Dimensionality Rection) – 減少需要考慮的隨機變數數量
模型選擇(Model Selection) –比較、驗證和選擇參數和模型
預處理(Preprocessing) – 特徵提取和規范化
Galvanize 公司數據科學講師,Isaac Laughlin提供
Spark
Spark 由一個驅動程序構成,它運行用戶的 main 函數並在聚類上執行多個並行操作。Spark
最吸引人的地方在於它提供的彈性分布數據集(RDD),那是一個按照聚類的節點進行分區的元素的集合,它可以在並行計算中使用。RDDs 可以從一個 Hadoop
文件系統中的文件(或者其他的 Hadoop 支持的文件系統的文件)來創建,或者是驅動程序中其他的已經存在的標量數據集合,把它進行變換。用戶也許想要 Spark
在內存中永久保存 RDD,來通過並行操作有效地對 RDD 進行復用。最終,RDDs 無法從節點中自動復原。
Spark 中第二個吸引人的地方在並行操作中變數的共享。默認情況下,當 Spark
在並行情況下運行一個函數作為一組不同節點上的任務時,它把每一個函數中用到的變數拷貝一份送到每一任務。有時,一個變數需要被許多任務和驅動程序共享。Spark
支持兩種方式的共享變數:廣播變數,它可以用來在所有的節點上緩存數據。另一種方式是累加器,這是一種只能用作執行加法的變數,例如在計數器中和加法運算中。
⑧ NetworkX和Graphscope哪個運算速度更快
近年來,全球大數據進入加速發展時期,數據量呈現指數級爆發式增長,而這些大量數據中不同個體間交互產生的數據以圖的形式表現,如何高效地處理這些圖數據成為了業界及其關心的問題。很過用普通關系數據無法跑出來的結果,用圖數據進行關聯分析會顯得異常高效。
提到處理圖數據,我們首先想到NetworkX,這是網路計算上常用的Python包,可提供靈活的圖構建、分析功能。但是我們使用NetworkX跑大規模圖數據時,不僅經常碰到內存不足的問題,而且分析速度很慢,究其原因,是NetworkX只支持單機運行。通過網上搜索,新發現了一個名為GraphScope的系統不僅號稱兼容NetworkX的API,而且支持分布式部署運行,性能更優。針對GraphScope和NetworkX的處理能力,我們參考圖計算中常用的測試框架LDBC,通過一組實驗來對比下二者的性能。
一、實驗介紹
為了比較兩者的計算效率,先用阿里雲拉起了配置為8核CPU,32GB內存的四台ECS,設計了三組比較實驗,分別是NetworkX單機下的計算性能,GraphScope單機多worker的計算性能以及GraphScope分布式多機多worer的計算性能。
數據上,我們選取了SNAP開源的圖數據集twitter,來自 LDBC數據集的datagen-7_5-fb,datagen-7_7-zf和datagen-8_0-fb作為實驗數據,以下是數據集的基本信息:
· Twitter: 81,307個頂點,1,768,135條邊
· Datagen-7_5-fb: 633,432個頂點,34,185,747條邊,稠密圖
· Datagen-7_7-zf: 13,180,508個頂點,32,791,267條邊,稀疏圖
· Datagen-8_0-fb: 1,706,561個頂點,107,507,376條邊,這個數據集主要測試兩個系統可處理的圖規模能力
實驗設計上我選擇常用的SSSP、BFS、PageRank、WCC演算法,以及較高復雜度的All Pair shortest Path length演算法,以載圖時間,內存佔用和計算時間這三個指標為依據,對兩個系統進行計算性能的比較。
NetworkX是一個單機系統,在實驗中只考慮NetworkX在單機環境下的運行時間;GraphScope支持分布式運行,故進行兩個配置,一個是單機4worker,另外一個配置是4台機器,每台機器4個worker。
二、實驗結果
首先,GraphScope的載圖速度比NetworkX顯著提升。
在前三個圖數據集中,無論是GraphScope的單機多worker模式,還是GraphScope的分布式模式,載圖速度都比NetworkX快:
GraphScope單機模式載圖速度平均比NetworkX快5倍,最高紀錄——在datagen-7_5-fb上比NetworkX快了6倍。
分布式模式下GraphScope的載圖時間比NetworkX平均快了27倍,最高紀錄——在datagen-7_7-zf數據集上比NetworkX快了63倍。
在datagen-8_0-fb數據集上,NetworkX因內存溢出無法載圖,GraphScope單機多worker和GraphScope分布式載圖時間分別為142秒和13.6秒。
表一:載圖時間對比
載圖時間
NetworkX
GraphScope單機
GraphScope分布式
twitter
11.2
3.1
1.8
datagen-7_5-fb
256
45.6
36.6
datagen-7_7-zf
316
71.3
50
datagen-8_0-fb
OOM
142
13.6
其次,GraphScope的內存使用效率比NetworkX顯著提升。
在datagen-8_0-fb數據集上,NetworkX在32G的內存上無法載完圖,而GraphScope僅需要24G的內存即可載入在datagen-8_0-fb數據集。
表二:內存佔用對比
內存佔用
NetworkX
GraphScope
datagen-7_5-fb
14G
6G
datagen-7_7-zf
28G
18G
datagen-8_0-fb
OOM
24G
再次,GraphScope的計算速度比NetworkX顯著提升。
SSSP演算法上,GraphScope單機多worker模式平均要比NetworkX快22倍,最快在datagen-7_7-zf數據集上快了32倍。GraphScope分布式模式下平均要比NetworkX快103倍,最快datagen-7_5-fb數據集上快了182倍。
表三: SSSP計算時間對比(單位:秒)
SSSP
NetworkX
GraphScope單機
GraphScope分布式
twitter
2.45
1.32
0.28
datagen-7_5-fb
37.9
1.21
0.31
datagen-7_7-zf
5.84
0.18
0.03
datagen-8_0-fb
OOM
2.76
0.82
BFS演算法上,GraphScope單機多worker模式平均要比NetworkX快13倍,最快datagen-7_5-fb數據集上快了22倍。GraphScope分布式模式下平均要比NetworkX快16倍,最快在datagen-7_5-fb數據集上快了28倍。
表四: BFS計算時間對比(單位:秒)
BFS
NetworkX
GraphScope單機
GraphScope分布式
twitter
1.53
0.16
0.17
datagen-7_5-fb
44.68
2.52
1.56
datagen-7_7-zf
7.98
0.75
0.72
datagen-8_0-fb
OOM
11.02
5.73
PageRank演算法上,GraphScope單機多worker模式平均要比NetworkX快62倍,最快twitter數據集上快了80倍。GraphScope分布式模式下平均要比NetworkX快65倍,最快在twitter數據集上快了71倍。
另外,PageRank計算過程中,NetworkX在datagen-7_7-zf上內存溢出,沒有完成計算,GraphScope單機多worker模式和分布式模式計算時間分別為25秒和22秒;
表五:PageRank計算時間對比(單位:秒)
PageRank
NetworkX
GraphScope單機
GraphScope分布式
twitter
24.01
0.37
0.33
datagen-7_5-fb
300
6.73
5.17
datagen-7_7-zf
OOM
19.31
7.79
datagen-8_0-fb
OOM
24.96
21.88
WCC演算法上,GraphScope單機多worker模式平均要比NetworkX快44倍,最快在datagen-7_7-zf數據集上快了104倍。GraphScope分布式模式下平均要比NetworkX快76倍,最快datagen-7_5-fb數據集上快了194倍。
表六: WCC計算時間對比(單位:秒)
WCC
NetworkX
GraphScope單機
GraphScope分布式
twitter
0.6392
0.0296
0.0233
datagen-7_5-fb
26.03
0.25
0.13
datagen-7_7-zf
83.19
14.57
12.98
datagen-8_0-fb
OOM
0.34
0.4991
在復雜度極高的All pair shortest path length演算法上,NetworkX在twitter圖上即內存溢出,無法計算。GraphScope在分布式模式下完成了twitter圖的All pair shortest path length計算,耗時76分鍾。
表七: All Pair Shortest Path Length(單位:秒)
APSP
NetworkX
GraphScope單機
GraphScope分布式
twitter
OOM
OOM
4575.87
三、總結
從實驗結果可以看到,在同等條件下,無論在載圖時間、內存佔用和計算時間上,GraphScope都要大大優於NetworkX,性能優化可以達到幾十倍甚至上百倍。
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@網路演算法工具 networkX igraph 的性能問題
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支持交互數據可視化和圖形界面工具
靈活,可嵌入解釋器載入到任意一個自有工程里
簡單易用,用於並行計算的高性能工具
由數據分析總監,Galvanize 專家 Nir Kaldero 提供。
GraphLab Greate 是一個 Python 庫,由 C++ 引擎支持,可以快速構建大型高性能數據產品。
這有一些關於 GraphLab Greate 的特點:
可以在您的計算機上以交互的速度分析以 T 為計量單位的數據量。
在單一平台上可以分析表格數據、曲線、文字、圖像。
最新的機器學習演算法包括深度學習,進化樹和 factorization machines 理論。
可以用 Hadoop Yarn 或者 EC2 聚類在你的筆記本或者分布系統上運行同樣的代碼。
藉助於靈活的 API 函數專注於任務或者機器學習。
在雲上用預測服務便捷地配置數據產品。
為探索和產品監測創建可視化的數據。
由 Galvanize 數據科學家 Benjamin Skrainka 提供。
Pandas
pandas 是一個開源的軟體,它具有 BSD 的開源許可,為 Python
編程語言提供高性能,易用數據結構和數據分析工具。在數據改動和數據預處理方面,Python 早已名聲顯赫,但是在數據分析與建模方面,Python
是個短板。Pands 軟體就填補了這個空白,能讓你用 Python 方便地進行你所有數據的處理,而不用轉而選擇更主流的專業語言,例如 R 語言。
整合了勁爆的 IPyton 工具包和其他的庫,它在 Python 中進行數據分析的開發環境在處理性能,速度,和兼容方面都性能卓越。Pands
不會執行重要的建模函數超出線性回歸和面板回歸;對於這些,參考 statsmodel 統計建模工具和 scikit-learn 庫。為了把 Python
打造成頂級的統計建模分析環境,我們需要進一步努力,但是我們已經奮斗在這條路上了。
由 Galvanize 專家,數據科學家 Nir Kaldero 提供。
PuLP
線性編程是一種優化,其中一個對象函數被最大程度地限制了。PuLP 是一個用 Python
編寫的線性編程模型。它能產生線性文件,能調用高度優化的求解器,GLPK,COIN CLP/CBC,CPLEX,和GUROBI,來求解這些線性問題。
由 Galvanize 數據科學家 Isaac Laughlin 提供
Matplotlib
matplotlib 是基於 Python 的
2D(數據)繪圖庫,它產生(輸出)出版級質量的圖表,用於各種列印紙質的原件格式和跨平台的互動式環境。matplotlib 既可以用在 python 腳本,
python 和 ipython 的 shell 界面 (ala MATLAB? 或 Mathematica?),web 應用伺服器,和6類 GUI
工具箱。
matplotlib 嘗試使容易事情變得更容易,使困難事情變為可能。你只需要少量幾行代碼,就可以生成圖表,直方圖,能量光譜(power
spectra),柱狀圖,errorcharts,散點圖(scatterplots)等,。
為簡化數據繪圖,pyplot 提供一個類 MATLAB 的介面界面,尤其是它與 IPython
共同使用時。對於高級用戶,你可以完全定製包括線型,字體屬性,坐標屬性等,藉助面向對象介面界面,或項 MATLAB 用戶提供類似(MATLAB)的界面。
Galvanize 公司的首席科學官 Mike Tamir 供稿。
Scikit-Learn
Scikit-Learn 是一個簡單有效地數據挖掘和數據分析工具(庫)。關於最值得一提的是,它人人可用,重復用於多種語境。它基於
NumPy,SciPy 和 mathplotlib 等構建。Scikit 採用開源的 BSD 授權協議,同時也可用於商業。Scikit-Learn
具備如下特性:
分類(Classification) – 識別鑒定一個對象屬於哪一類別
回歸(Regression) – 預測對象關聯的連續值屬性
聚類(Clustering) – 類似對象自動分組集合
降維(Dimensionality Rection) – 減少需要考慮的隨機變數數量
模型選擇(Model Selection) –比較、驗證和選擇參數和模型
預處理(Preprocessing) – 特徵提取和規范化
Galvanize 公司數據科學講師,Isaac Laughlin提供
Spark
Spark 由一個驅動程序構成,它運行用戶的 main 函數並在聚類上執行多個並行操作。Spark
最吸引人的地方在於它提供的彈性分布數據集(RDD),那是一個按照聚類的節點進行分區的元素的集合,它可以在並行計算中使用。RDDs 可以從一個 Hadoop
文件系統中的文件(或者其他的 Hadoop 支持的文件系統的文件)來創建,或者是驅動程序中其他的已經存在的標量數據集合,把它進行變換。用戶也許想要 Spark
在內存中永久保存 RDD,來通過並行操作有效地對 RDD 進行復用。最終,RDDs 無法從節點中自動復原。
Spark 中第二個吸引人的地方在並行操作中變數的共享。默認情況下,當 Spark
在並行情況下運行一個函數作為一組不同節點上的任務時,它把每一個函數中用到的變數拷貝一份送到每一任務。有時,一個變數需要被許多任務和驅動程序共享。Spark
支持兩種方式的共享變數:廣播變數,它可以用來在所有的節點上緩存數據。另一種方式是累加器,這是一種只能用作執行加法的變數,例如在計數器中和加法運算中。
⑩ 圖計算框架有哪些Graphscope怎麼樣
1.一切的起源:Pregel 雖然圖計算本身的歷史比計算機的還要長,但如果說要找一個現代圖計算框架的起源的話,由 Google 在 10 年的 SIGMOD 上公開的 Pregel 系統應該是眾望所歸的。 ...