ncbi上傳序列

『壹』 在NCBI上提交DNA序列前，標記DNA怎麼做呢

1、登陸NCBI官網：網頁鏈接

2、輸入fasta文件或者是直接在搜索欄搜索該基因；

3、點擊genbank，找到基因序列；

4、當前頁點擊ctrl+F，輸入序列的具體信息就可以搜到你想要的序列。

但是您說的像是在提交前標記，這個恐怕是不行的，因為提前標記要麼是截取一段固定的序列進行上傳然後比對。提前標記在後面分析的時候也是顯示不出來的，所以建議在找到序列後標記，或者就是已知固定序列比對，保存前後序列。

『貳』 如何利用BankIt向NCBI在線提交序列

許多期刊在文章發表之前需要在文章中有序列的登錄號，並且要求你在文章發表時，序列可以被讀者索取。 NCBI的GenBank提供了兩個投遞方式： 1、在線投遞－BankIt，特點是比較方便。 2、本地投遞文件生成程序——Sequin。目前NCBI seqin有MAC, PC和UNIX不同版本。其輸出文件需要你通過電子郵件發給NCBI. 另外，上面所述一般適用於研究單個或多個功能基因的情況。如果大規模的測序如EST、 STS和GSS序列分別有專門的投遞途徑。 另外，提醒你的兩個問題： 1、對你所投序列所屬物種分類（拉丁名）要有所了解，這通常是出錯的地方（seqin） 2、在你投遞序列到發表文章之間，要注意NCBI發給你的電子郵件，它會詢問你在什麼時間將序列公布。 具體細節你可以瀏覽參考資料所指連接。

『叄』 如何向NCBI提交基因組序列

1.整理序列信息：包括病原採集地、病原的寄主、寄主症狀、採集人等基本信息；還有序列分析結果，包括序列全長大小，開放閱讀框（ORF）的長度、位置及特定ORF序列翻譯的氨基酸序列等基因水平的信息，這對於接下來的快速准確提交序列及提交成功後為全世界其他作者准確全面分享此類信息很重要；

2.登陸BackIt站點，注意到頁面右邊的「Sign in to use BankIt」標簽，點擊登錄進入。如果沒有賬號就注冊一個（注意，此賬號與NCBI賬號不通用）。

附 注冊賬號步驟，需要填寫的項目為：

Title：你的職位或頭銜

First name：名

last name：姓

login：登陸名

Affiliation：所屬機構地址，一般填寫自己學校地址

E-mail Address：通信電郵，填完後會發隨機密碼到此電郵地址，使用隨機密碼進行登陸，當然登陸後可對密碼進行重置；

3.登陸BankIt，看到如下圖所示界面，此時NCBI會自動分配一個SubmissionID，但不是最終的提交序列ID：

接下來共有九個步驟（好事多磨）：

3.1 Contact Information

填寫個人姓名、機構、電郵等資料集聯系方式，如果錯誤該頁會有ERROR提示直到正確填寫，填寫完畢點擊CONTINUE；

3.2 Reference

填寫參考作者信息（Reference author）及序列相關信息，比如該序列是否對應有文章，如單純提交序列則只需選擇Unpublished即可（Reference title項可以填入「Direct Submission」），有的話就填寫已發表文章的信息（卷、期等），接下來會問你該序列的提交者是否是序列的發現者等信息，填寫完畢點擊CONTINUE；

※提示：新版的BankIt中，接下來會有「Sequencing Technology」一項，呈現有454、Illumina、SOLiD及Other等測序方法選擇，目前為「Sanger dideoxy sequencing」即一代測序方法測序，並且所提交的序列均為「assembled sequences」，目前的「assembly program」為「Lasergene，version 7.0」。

3.3 Nucleotide

包括三個小項：Submission Release Date（期望NCBI什麼時候公布你的序列）、16S
rRNA submissions（該序列是否為16S rRNA）、Sequence(s) and Definition
Line(s)（會提示問你該序列是否為全長genomic
DNA、線狀或環狀等、序列長度，需要復制序列或提交FASTA格式文件），如若序列長度與復制序列或FASTA文件長度不同則會有提示，需要重新提交序列，依次選擇即可。一般選擇「Immediately after Processing」，「非16S rRNA」，「genomic DNA」，「circular」，「complete」等信息，然後將全序列粘貼到下方的空格中，別忘了在上方寫上總核苷酸數。完後審查看有沒有錯誤，繼續CONTINUE；

3.4 Organism

填寫Organism（病原物）的名字，即序列公開顯示時候的標題（如MYVYNV分離物序列「Malvastrum yellow vein Yunnan virus isolate SC226-5, complete genome"），點擊CONTINUE後會出現自動檢索項目，核對後（有可能會進行選擇）繼續CONTINUE；

3.5 Submission Category

提交范疇，是否直接提交或通過第三方Annotation提交（不是太清楚什麼意思，可能指的是從EMBL和DDBJ中導入的數據吧），一般為直接提交，如下圖示選擇Original，繼續CONTINUE；

3.6 Source modifier

選擇該病原物的種類，比如質粒、線粒體等；

Source
modifier下拉菜單及後面的Value設置：進一步選擇該病原物獲取信息，比如Country、Host、Clone、Collection
date、Strain/Isolate等，至少三項（Organelle/Location為細胞器/位置，該項可以不填寫），否則該項不通過，盡量信息全面真實，需要繼續添加則點擊Add，填寫完畢查看下方已填寫表格進行信息核對，然後CONTINUE；

3.7 Primers

PCR引物項目，可選項目，不想填寫可CONTINUE；

3.8 Features（※）

該步驟重要！將用到之前准備的內容，比如序列內ORFs等信息的填寫，並根據之前的選項來填寫該步驟，比如需要將DNA翻譯為氨基酸序列並進行復制粘貼等，該步操作只需將之前准備信息錄入即可，比較耗時；

點擊下方「ADD」鍵，頁面將切換為↓

在這里我們需要錄入更多與該序列有關的信息，最主要的就是錄入之前已經整理好的序列裡面的開放閱讀框（ORF）信息：Genetic Code設置為」Standard「，5'和3'都勾選上，Protein Name/Protein Description項都填寫，將特定區域（ORF）的核苷酸序列翻譯為氨基酸序列後（除去末端的終止子）復制到下方的」Amino Acid Sequence「框中，依次錄入即可。在這里越詳細越好，具體參照實際操作；

3.9 Review and Correct

對已填寫信息進行復核及提交，並被告知在2個工作日之內會收到NCBI電郵，需要進一步對序列進行審查核對；

4.至此，基本序列提交已經完工，剩下的事情就是等待審核，大概兩個工作日後會收到來自NCBI工作人員的電郵，如有問題會通知你進一步修改信息直到完全無誤，包括以後的接受序列號，即你的序列會出現在NCBI裡面世界上唯一的一個界面里。

『肆』 ncbi提交序列問題

這封郵件是告訴你已經提交序列成功了，查找這個序列的ID （也就是 Genbank accession number
）是
BankIt1691102 BankIt1691102 KJ195333 （Genbank accession number一般是2位字母+6位數字，即KJ195333， 前面那一串不知道是什麼東東）
你或者別人寫文章的時候引用你提交的序列時需要註明這個Genbank accession number。
你可以在Genbank向公眾釋放這些序列前提交你的文章。

你上傳的結果並不會自動錄入Genbank。Genbank有專門的工作人員會檢查你上傳的序列以及做好注釋。

由於你沒有指定你提交的序列什麼時候向公眾發表，所以NCBI那邊的人默認是他們把這些數據處理好就自動向公眾發表（也就是大家都可以查得到），若果你不想這樣，請發郵件給他們（[email protected]）。更多內容請見他們帖出來網址。

大概就是這樣。

『伍』 如何向NCBI提交序列

1.整理序列信息：包括病原採集地、病原的寄主、寄主症狀、採集人等基本信息;還有序列分析結果，包括序列全長大小，開放閱讀框(ORF)的長度、位置及特定ORF序列翻譯的氨基酸 序列等基因水平的信息，這對於接下來的快速准確提交序列及提交成功後為全世界其他作者准確全面分享此類信息很重要;
2.登陸BackIt站點，注意到頁面右邊的「Sign in to use BankIt」標簽，點擊登錄進入。如果沒有賬號就注冊一個(注意，此賬號與ncbi 賬號不通用)。
附 注冊賬號步驟，需要填寫的項目為：
Title：你的職位或頭銜
First name：名
last name：姓
login：登陸名
Affiliation：所屬機構地址，一般填寫自己學校地址
E-mail Address：通信電郵，填完後會發隨機密碼到此電郵地址，使用隨機密碼進行登陸，當然登陸後可對密碼進行重置;
3.登陸BankIt，看到如下圖所示界面，此時NCBI會自動分配一個SubmissionID，但不是最終的提交序列ID：
接下來共有九個步驟(好事多磨)：
3.1 Contact Information
填寫個人姓名、機構、電郵等資料集聯系方式，如果錯誤該頁會有ERROR提示直到正確填寫，填寫完畢點擊CONTINUE;
3.2 Reference
填寫參考作者信息(Reference author)及序列相關信息，比如該序列是否對應有文章，如單純提交序列則只需選擇Unpublished即可(Reference title項可以填入「Direct Submission」)，有的話就填寫已發表文章的信息(卷、期等)，接下來會問你該序列的提交者是否是序列的發現者等信息，填寫完畢點擊CONTINUE;
※提示：新版的BankIt中，接下來會有「Sequencing Technology」一項，呈現有454、Illumina、SOLiD及Other等測序方法選擇，目前為「Sanger dideoxy sequencing」即一代測序方法測序，並且所提交的序列均為「assembled sequences」，目前的「assembly program」為「Lasergene，version 7.0」。

『陸』 請問下這個NCBI序列怎麼看

這封郵件是告訴你已經提交序列成功了，查找這個序列的id
（也就是
genbank
accession
number
）是
bankit1691102
bankit1691102
kj195333
（genbank
accession
number一般是2位字母+6位數字，即kj195333，
前面那一串不知道是什麼東東）
你或者別人寫文章的時候引用你提交的序列時需要註明這個genbank
accession
number。
你可以在genbank向公眾釋放這些序列前提交你的文章。
你上傳的結果並不會自動錄入genbank。genbank有專門的工作人員會檢查你上傳的序列以及做好注釋。
由於你沒有指定你提交的序列什麼時候向公眾發表，所以ncbi那邊的人默認是他們把這些數據處理好就自動向公眾發表（也就是大家都可以查得到），若果你不想這樣，請發郵件給他們（[email protected]）。更多內容請見他們帖出來網址。
大概就是這樣。

『柒』 有人在NCBI上上傳過含有幾個不同基因的序列嗎

在NCBI主頁上方search欄左邊有一個database選擇框，點擊下拉三角形選擇nucleotide（如圖紅框）在search欄輸入基因名搜索即可。 以人的orc1基因為例， 在搜索結果中選擇mRNA和complete cds序列的結果都可以，如下 點擊進入序列文件查看詳情，以...
首先打開NCBI網站首頁,然後在search一欄中選擇nucleotide,在框中輸入你要的基因序列名稱,點擊search就行.然後會出來很多結果,因為很多基因是同名的,或是一個基因在不同種屬中不一樣,尋找你要的基因序列就行了.注意的是,要確定你的基因名稱是否是統一的,我以前就是找一個基因費了很多事,之後發現是自己沒有用通用的.找到基因序列,蛋白序列就很容易了,因為結果中會顯示該基因的蛋白序列.你也可以在開始search的時候選protein,找到的就是蛋白序列了.多嘗試就好了,其實很簡單,英文不錯的話,更簡單.要有耐心.