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數據上傳工具

發布時間: 2024-09-26 16:35:40

① 技術干貨:SRA 數據上傳指南

SRA,即NCBI的高通量測序資料庫,是科學研究中必不可少的數據存儲庫。對於遵循數據公開原則的論文,上傳原始數據和比對信息至關重要。本文將帶你一步步完成這個過程,確保數據的順利提交。


步驟一:准備環境和工具


首先,推薦使用FileZilla FTP客戶端(適用於Windows、Mac和Linux平台</),它是一個功能強大且易於操作的工具。


步驟二:整理數據


你的文件類型可能包括fasta/fastq、bam等,為了節省空間,建議使用Linux命令行壓縮為.gz格式</,文件名盡量採用英文字元,便於識別。


SRA上傳流程

登錄SRA提交門戶的入口是:https://submit.ncbi.nlm.nih.gov/subs/sra/</,支持第三方賬號,中國大陸用戶推薦使用微軟賬戶。



  • 填寫提交信息:從個人信息到項目描述,每一步都細致入微。

  • 項目設置:選擇「指定日期發布」並設定明確的日期,標題和描述需簡潔明了。

  • 樣本管理:選擇樣本類型,提供物種拉丁名,必要時使用特定標簽。

  • 樣本詳細信息:准備樣本屬性文件,這是上傳成功的關鍵環節。


填寫元數據表格


下載Excel模板,填寫生物樣品表格,內容包括但不限於:



  • 樣品名稱</(格式自定)

  • 物種拉丁名

  • 個體標識(無特定格式)

  • 年齡(數字+時間單位)

  • 單位信息

  • 性別(下拉選擇項)

  • 組織類型

  • 自定義填寫黃色單元格


SRA元數據填寫

在"SRA_data"工作表中,確保信息一致性,填寫如下內容:



  • 樣品名稱(與上傳保持一致)

  • 庫ID(格式不限)

  • 標題(如「方法:物種:樣本描述」)

  • 詳細描述庫策略、來源、篩選等信息,以及文件類型、文件名(R1/R2)、參考基因組(如bam文件)。


上傳過程


選擇上傳方式,推薦FTP或Aspera Command Line。獲取預載入文件夾信息後,利用FileZilla完成上傳:



  • 主機地址、用戶名、密碼及文件夾路徑

  • 注意大文件上傳可能耗時,避免非ASCII字元,並在上傳後檢查文件大小和文件夾選擇。


提交與審核


將文件上傳至SRA伺服器後,需通過網頁檢查,提交後等待人工審核</,審核通過後會收到登錄號和郵件通知。


時間規劃


為了確保論文順利發表,建議至少提前一個月開始SRA數據上傳的准備工作,以防意外延遲。

② 求一個可以把舊手機軟體個數據傳到新手機的軟體…

若使用的是vivo手機,可以通過在兩台機型的應用商店下載「互傳」軟體。使用互傳的一鍵換機功能,將數據轉移到另一部分手機。
一鍵換機支持傳輸聯系人、通話記錄、信息(不支持傳輸彩信)、日程、便簽(僅支持vivo手機)、wifi密碼、微信數據(只能vivo手機之間)、系統設置(不包括面部、鎖屏密碼和指紋)、應用(具體哪些軟體支持需要以互傳顯示的界面為准。)、圖片、音樂、視頻、錄音(目前只支持vivo手機間傳輸)。
文件傳輸支持:應用(不包含數據)、圖片、文件、視頻、聯系人。
保密櫃:手機保密櫃內文件資料一鍵換機,需文件管理在5.5.1.3及以上版本和互傳在5.1.3及以上版本才支持。

③ 有沒有批量上傳產品到某個網站的工具

要看什麼樣的產品,網站是否需要產品描述?一般單一文字或者圖片是可以批量上傳的,但還要看網站對此的具體限制

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