生物系使用怎麼樣配置的電腦
1. 學習生物信息學,需要配置怎樣的電腦呢
首先的問題的是,我們需要什麼樣的計算機。
關於硬體:
需要至少4G內存,最好可以達到16G以上內存;
至少500G硬碟空間。通常一個RNA-seq的數據量為20G左右,如果再加上分析之後的結果,可能達到50G,所以即使你有500G的空間,也分析不了幾組數據。所以硬碟空間越多越好,比如說2TB或者使用高速網路存貯界質。
CPU,至少2核。因為你在運行程序時,通常100%佔到CPU,如果沒有2核,計算機多半會假死在那裡。如果有8核,或者以上更好。
GPU,很多程序開始使用GPU運算,如果能有好的GPU顯卡,也是推薦的,但不是必須的。
為了達到以上的條件,入門極的比如說Mac Pro。進階級的就是獨立server,高級的是supercomputer clusters,支持qsub之類的。或者可以購買雲計算服務。
對於操作系統,在工作站方面,推薦Mac OS。它運行穩定,與LINUX同源。需要下載安裝Xcode和wget就可以了。當然你還可以很方便的安裝office辦公軟體,以及photoshop,AI等工具。最後安裝好R/Bioconctor,就可以開始工作了。如果買了兼容機,可以安裝上Linux/UNIX系統。它在安裝上R/Bioconctor之後基本上就可以了。它的缺點是辦公軟體,繪圖軟體的安裝。最差的就是Windows了。需要安裝比如GCC編譯器,make工具,mingw64, perl, zip/unzip, tar, wget, ghostscript等等。
有了軟體及硬體,接下來的工作就是了解一些常識以武裝你的大腦,這是整個運行環境中最重要的一環。首先,你需要學習了掌握UNIX常用命令,並且不反感字元界面。其次學會安裝,設置及構建網路服務,比如apache的websever,以及mysql的資料庫服務。第三安裝及設置一個Galaxy。當然,第二步及第三步可能會有難度,可以先使用Galaxy本身的服務,但是它有很多限制,所以最好還是自己安裝一個比較好。第四步,學習一門計算機語言,比如c, python, ruby, java等,還有一門腳本式語言工具,比如perl。第五步,學習使用R/Bioconctor。第六步,統計學。
至此,你的NGS分析環境就設置完成了。如果快的話,你可以兩三個月就設置完成,達到起步的階段,之後就是漫長的學習過程。慢的話,四年本科也不一定學到多少。